Os exames laboratoriais podem identificar diretamente os microrganismos (p. ex., visualmente, com microscópio, por meio do crescimento do microrganismo em cultura) ou indiretamente (p. ex., identificando anticorpos contra o microrganismo). Tipos gerais de exames incluem
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Exames imunológicos (testes de aglutinação como aglutinação em látex, imunoensaios enzimáticos, Western blot, ensaios de precipitação e testes de fixação do complemento)
A cultura costuma ser o padrão-ouro para a identificação de microrganismos, mas os resultados podem não estar disponíveis por dias ou semanas e nem todos os patógenos podem ser cultivados, o que a faz ser substituída por testes alternativos. Quando um patógeno é identificado, o laboratório também pode determinar sua sensibilidade aos antimicrobianos. Às vezes métodos moleculares podem ser utilizados para detectar os genes específicos da resistência.
Alguns testes (p. ex., coloração de Gram, cultura de rotina para aeróbios) podem detectar inúmeros patógenos e são realizados rotineiramente para diversas doenças com suspeita de infecção. Entretanto, como alguns patógenos podem não ser detectados por esses testes, os médicos devem estar cientes das limitações de cada teste para cada patógeno suspeito. Nesses casos, os médicos devem solicitar testes específicos para o patógeno suspeito (p. ex., colorações ou meios de cultura especiais), ou solicitar ao laboratório testes mais específicos.