El cultivo es el crecimiento microbiano en un medio nutritivo sólido o líquido; el aumento del número de microorganismos facilita su identificación. El cultivo también facilita la realización de pruebas de sensibilidad a antimicrobianos.
La comunicación con el laboratorio tiene una importancia esencial. Aunque la mayoría de las muestras se cultivan en medios generales (p. ej., agar con sangre o chocolate), algunos patógenos requieren la inclusión de nutrientes o inhibidores específicos (véase tabla Medios selectivos para el aislamiento de bacterias comunes) u otras condiciones especiales para la incubación (p. ej., una temperatura específica, concentración de oxígeno o dióxido de carbono, o duración). Si se sospecha uno de estos patógenos de cultivo más difícil o si el paciente ha estado tomando antimibióticos, se debe informar al laboratorio. También se informa el origen de la muestra para que el laboratorio pueda diferenciar los patógenos de la flora normal específica de esa localización.
Recolección de muestras
La toma de la muestra es importante. Para el diagnóstico de las enfermedades infecciosas, la regla general es tomar la muestra donde está la infección. En las lesiones cutáneas, se deben tomar muestras de los bordes, y no del centro.
Se desaconseja el uso de hisopos. Sin embargo, si se utiliza un hisopo, se prefiere uno flocado, ya que permite recolectar más muestra. Los hisopos utilizados para los ensayos moleculares deben ser compatibles con el ensayo molecular específico que se desea realizar. Un tipo erróneo de torunda o un mal hisopado pueden producir un resultado falso negativo. Los hisopos con aplicador de madera son tóxicos para algunos virus. Los hisopos de algodón son tóxicos para algunas bacterias, como Chlamydias.
Los hemocultivos requieren la descontaminación y desinfección de la piel (p. ej., con yodopovidona, secado y eliminación con alcohol al 70%). Por lo general se usan varias muestras, cada una obtenida de un sitio diferente; se las toma simultáneamente con los picos de fiebre si es posible. La flora normal de la piel que crece en una sola muestra de hemocultivo generalmente se interpreta como contaminación.
Si se obtiene una muestra de sangre de una vía central, debe obtenerse también una muestra de sangre periférica para ayudar a diferenciar una bacteriemia de una infección del catéter. Los cultivos de los catéteres infectados suelen dar resultados positivos más rápidamente y contienen una mayor carga microbiana que las muestras de sangre periférica obtenidas al mismo tiempo. Algunos hongos, sobre todo los filamentosos (p. ej., especies de Aspergillus), en general no pueden cultivarse en la sangre.
La muestra debe transportarse rápidamente, en el medio correcto y en condiciones que limiten el crecimiento de cualquier flora normal que la haya contaminado. Para una cuantificación precisa del patógeno debe impedirse su crecimiento excesivo; las muestras deben llevarse al laboratorio inmediatamente, o refrigerarse si este transporte se ve demorado (como ocurre en la mayoría de los casos).
Consideraciones especiales para la cultura
Algunos cultivos requieren consideraciones especiales.
Las bacterias anaerobias no deben cultivarse en muestras de sitios donde forman parte de la flora normal, porque puede ser imposible la diferenciación entre patógenos y flora. Las muestras deben protegerse del aire, lo que puede ser complicado. Existen medios de transporte anaeróbicos para muestras de hisopados. Sin embargo, las muestras líquidas (p. ej., el contenido de abscesos) son superiores a las muestras por hisopado para la recuperación de bacterias anaerobias. Las muestras líquidas deben recogerse con una jeringa a la cual se ha extraído todo el aire (para minimizar el contacto de la muestra con el oxígeno) y enviarse al laboratorio en la jeringa (tapada, sin la aguja), o transferirse a un vial de transporte anaeróbico.
Las micobacterias son difíciles de cultivar. Las muestras que contienen flora normal (p. ej., el esputo) deben primero descontaminarse y concentrarse. Mycobacterium tuberculosis y algunas otras micobacterias crecen lentamente. El crecimiento de M. tuberculosis típicamente es más rápido en medios líquidos que en medios sólidos; el uso rutinario de sistemas automatizados con medios líquidos puede producir el crecimiento dentro de las 2 semanas, en comparación con ≥ 4 semanas necesarias para medios sólidos como el agar de Lowenstein-Jensen. Además, puede haber pocos microorganismos presentes en la muestra. La obtención de varias muestras del mismo sitio puede ayudar a aumentar el rendimiento. Las muestras deben cultivarse durante 8 semanas antes de descartarse. M. ulcerans, que causa úlcera de Buruli, requiere hasta 12 semanas a 32° C en agar de Lowenstein-Jensen. Si se sospecha una micobacteria atípica, el laboratorio debe ser notificado.
Los virus generalmente se cultivan a partir de hisopados y muestras de tejidos; suelen ser transportados en medios que contienen agentes antibacterianos y antifmicóticos. Las muestras se inoculan en cultivos de tejidos que permitan el crecimiento del virus sospechado e inhiban a otros microorganismos. Los virus que son muy lábiles (p. ej., varicela-zóster) deben inocularse en cultivos de tejidos dentro de la hora de haber sido obtenidos. Los cultivos en tejidos estandarizados son más sensibles. La técnica de cultivo celular en frasco ampolla (shell vial culture), en la que la muestra se centrifuga sobre una monocapa celular dentro de un frasco, proporciona resultados más rápidos (2 días frente a 7 a 14 días). Algunos virus comunes no se pueden detectar usando métodos de cultivo de rutina y requieren métodos alternativos para el diagnóstico (véase tabla Pruebas de diagnóstico para algunos patógenos virales), como los siguientes:
Enzimoinmunoensayo para el virus de Epstein-Barr, el virus de la hepatitis B, el virus de la hepatitis E, el HIV y el virus linfotrópico T humano
Pruebas serológicas para el virus de la hepatitis A y el virus de la hepatitis D
Métodos basados en ácidos nucleicos para HIV, gripe, virus sincitial respiratorio (RSV), SARS-CoV2
Las muestras de hongos obtenidas de sitios no estériles deben inocularse en medios que contengan agentes antibacterianos. Debe permitirse el crecimiento de las cepas aisladas durante 3 a 4 semanas antes de considerar la muestra negativa y descartarla.
