Der Arzt kann einige Blasen- und Harnröhrenprobleme diagnostizieren (zum Beispiel Blasentumoren, Steine in der Blase, gutartige Prostatavergrößerung), indem er durch ein flexibles röhrenförmiges Instrument schaut (Zystoskop, eine Art Endoskop). Ein Zystoskop hat ungefähr den Durchmesser eines Bleistifts und etwa 15 bis 30 cm davon werden in die Harnröhre oder Blase eingeführt. Die meisten Zystoskope sind faseroptisch und verfügen über eine Lichtquelle und eine kleine Kamera, sodass der Arzt das Innere der Blase und der Harnröhre sehen kann. Viele Zystoskope haben darüber hinaus Werkzeuge, mit denen der Arzt eine Gewebeprobe aus der Blasenauskleidung entnehmen kann.
Die Zystoskopie kann bei vollem Bewusstsein durchgeführt werden, da der Eingriff keine Schmerzen sondern nur geringe Unannehmlichkeiten verursacht. Der Arzt führt in der Regel vor dem Eingriff ein anästhetisches Gel in die Harnröhre ein. Zu den möglichen Komplikationen zählen leichte Blutungen und Infektionen.
(Siehe auch Beurteilung von Nieren- und Harnwegserkrankungen.)