Les pathogènes protozoaires intestinaux les plus importants sont
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Giardia duodenalis (précédemment connu comme G lamblia, G intestinalis, voir Giardiase Giardiase La giardiase (lambliase) est une infection par le protozoaire flagellé Giardia duodenalis (G. lamblia, G. intestinalis). L'infection peut être asymptomatique ou déclencher des symptômes allant... en apprendre davantage )
Les membres du phylum Microsporidia étaient classés parmi les protozoaires mais sont maintenant, d'après des études ADN, considérés comme des champignons ou en sont très proches.
Des parasites pathogènes et des microrganismes non pathogènes commensaux multiples peuvent être présents dans l'intestin en même temps.
Les protozoaires intestinaux se propagent par voie orofécale, et sont à l'origine d'infections largement répandues dans les régions aux structures sanitaires inadéquates et où le traitement de l'eau n'est pas adapté. Elles sont également fréquentes aux États-Unis dans les lieux où se produisent des incontinences fécales ou lorsque l'hygiène est défectueuse, comme cela peut se produire dans les établissements psychiatriques et dans les crèches. Aux États-Unis, il est parfois arrivé que de vastes épidémies d'infections intestinales à protozoaires d'origine alimentaire ou hydrique se produisent (p. ex., plusieurs épidémies d'infections par Cyclospora cayetanensis attribuées à des bacs à légumes frais contaminés en 2018 et à une épidémie massive de Cryptosporidium d'origine hydrique à Milwaukee en 1993). Certains protozoaires digestifs sont propagés par des pratiques sexuelles impliquant un contact oro-anal et plusieurs espèces de protozoaires entraînent des infections opportunistes aiguës en cas de SIDA.
Les maladies systémiques à protozoaires sont discutées ailleurs et comprennent le paludisme Paludisme Le paludisme est une infection à Plasmodium spp. La symptomatologie comprend une fièvre (qui peut être périodique), des frissons, des sueurs, une diarrhée, des douleurs abdominales, une détresse... en apprendre davantage , la babésiose Babésiose La babésiose est une infection due aux protozoaires Babesia spp. Les infections peuvent être asymptomatiques ou entraîner une maladie semblable au paludisme avec fièvre et anémie hémolytique... en apprendre davantage 
, la toxoplasmose Toxoplasmose La toxoplasmose est une infection due à Toxoplasma gondii. Les symptômes peuvent être inexistants ou aller d'une lymphadénopathie bénigne, une maladie de type mononucléose, à des troubles du... en apprendre davantage 
, la leishmaniose Leishmaniose La leishmaniose est due à différentes espèces de Leishmania. Les manifestations comprennent des syndromes cutanés, viscéraux et muqueux. La leishmaniose cutanée se manifeste par des lésions... en apprendre davantage 
, la maladie de Chagas Maladie de Chagas La maladie de Chagas est une infection par Trypanosoma cruzi, transmise par des piqûres d'insecte Triatominae ou, moins fréquemment, par l'ingestion de jus de canne à sucre ou d'aliments contaminés... en apprendre davantage 
et la trypanosomiase africaine Trypanosomiase africaine La trypanosomiase africaine est une infection due à des protozoaires du genre Trypanosoma brucei spp, transmis par la morsure d'une mouche tsé-tsé. Les symptômes comprennent des lésions cutanées... en apprendre davantage 
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Diagnostic
Le diagnostic repose sur la symptomatologie fonctionnelle ou l'examen clinique et est difficile; l'analyse des selles à la recherche des Ag ou de l'ADN du parasite et l'examen microscopique des selles à la recherche des kystes ou des microrganismes sont nécessaires.
Des tests de recherche d'Ag fécaux sont sensibles et spécifiques et sont disponibles pour
Le diagnostic microscopique peut nécessiter plusieurs prélèvements de selles avec des méthodes de concentration et des colorations spéciales; le laboratoire doit donc être informé de l'agent ou des agents pathogènes suspectés. Des techniques diagnostiques semi-invasives, telles qu'une biopsie endoscopique, sont nécessaires pour certains patients (voir tableau Types de prélèvement et de techniques pour le diagnostic microscopique des infections parasitaires Types de prélèvement et de techniques de diagnostic microscopique des infections parasitaires Les parasites de l'homme sont des microrganismes qui vivent sur ou dans une personne et tirent leurs nutriments de cette personne (l'hôte). Il existe 3 types de parasites: Microrganismes unicellulaires... en apprendre davantage ).
Un diagnostic moléculaire par des analyses par PCR (polymerase chain reaction) est disponible pour de nombreux protozoaires entériques.
