Les pathogènes protozoaires intestinaux les plus importants sont
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Cryptosporidium species (voir Cryptosporidiose)
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Cyclospora cayetanensis (voir Cyclosporose)
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Cystoisospora (Isospora) belli (voir Cystoisosporose)
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Entamoeba histolytica (voir Amibiase)
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Giardia duodenalis (précédemment connu comme G lamblia, G intestinalis, voir Giardiase)
Les membres du phylum Microsporidia étaient classés parmi les protozoaires mais sont maintenant, d'après des études ADN, considérés comme des champignons ou en sont très proches.
Des parasites pathogènes et des microrganismes non pathogènes commensaux multiples peuvent être présents dans l'intestin en même temps.
Les protozoaires intestinaux se propagent par voie orofécale, et sont à l'origine d'infections largement répandues dans les régions aux structures sanitaires inadéquates et où le traitement de l'eau n'est pas adapté. Elles sont également fréquentes aux États-Unis dans les lieux où se produisent des incontinences fécales ou lorsque l'hygiène est défectueuse, comme cela peut se produire dans les établissements psychiatriques et dans les crèches. Aux États-Unis, il est parfois arrivé que de vastes épidémies d'infections intestinales à protozoaires d'origine alimentaire ou hydrique se produisent (p. ex., plusieurs épidémies d'infections par Cyclospora cayetanensis attribuées à des bacs à légumes frais contaminés en 2018 et à une épidémie massive de Cryptosporidium d'origine hydrique à Milwaukee en 1993). Certains protozoaires digestifs sont propagés par des pratiques sexuelles impliquant un contact oro-anal et plusieurs espèces de protozoaires entraînent des infections opportunistes aiguës en cas de SIDA.
Les maladies systémiques à protozoaires sont discutées ailleurs et comprennent le paludisme, la babésiose, la toxoplasmose, la leishmaniose, la maladie de Chagas et la trypanosomiase africaine.
Diagnostic
Le diagnostic repose sur la symptomatologie fonctionnelle ou l'examen clinique et est difficile; l'analyse des selles à la recherche des Ag ou de l'ADN du parasite et l'examen microscopique des selles à la recherche des kystes ou des microrganismes sont nécessaires.
Des tests de recherche d'Ag fécaux sont sensibles et spécifiques et sont disponibles pour
Le diagnostic microscopique peut nécessiter plusieurs prélèvements de selles avec des méthodes de concentration et des colorations spéciales; le laboratoire doit donc être informé de l'agent ou des agents pathogènes suspectés. Des techniques diagnostiques semi-invasives, telles qu'une biopsie endoscopique, sont nécessaires pour certains patients (voir tableau Types de prélèvement et de techniques pour le diagnostic microscopique des infections parasitaires).
Un diagnostic moléculaire par des analyses par PCR (polymerase chain reaction) est disponible pour de nombreux protozoaires entériques.
