Тест-культура – рост микробов на питательной твердой или жидкой среде; увеличение числа организмов упрощает идентификацию. Культура также облегчает тестирование антибактериальной восприимчивости.
Взаимодействие с лабораторией важно. Хотя большинство образцов материала высевают на среды общего назначения (например, кровяной или шоколадный агар), некоторые болезнетворные микроорганизмы требуют включения определенных питательных веществ (см. таблицу Селективные среды для выделения самых распространенных бактерий [Selective Media for Isolation of Common Bacteria]), определенных питательных веществ и ингибиторов или других специальных условий для инкубации (например определенные температура, концентрация кислорода или углекислого газа, время инкубации). При подозрении на присутствие одного из этих патогенных микроорганизмов или если пациент ранее принимал противомикробные препараты, об этом необходимо предупредить лабораторию. Об источнике образца сообщают такие данные, чтобы лаборатория могла дифференцировать возбудителей от нормальной микрофлоры.
Забор образцов
Забор образца важен. Для диагностики инфекционного заболевания проверенным методом является образец с места развития инфекции. При исследовании поражений кожи не рекомендуется использовать их центральную часть для взятия образца, только переднюю кромку.
Использование ватных тампонов не рекомендуется. Тем не менее, в случае использования тампона, предпочтительным является флок-тампон, поскольку он может сохранить больше образца. Тампоны, используемые в молекулярных анализах должны соответствовать конкретному молекулярному анализу, для которого они предназначены. Неправильный тип тампона может привести к ложноотрицательным результатам. Деревянные стержни палочки для мазка токсичны к некоторым вирусам. Ватные тампоны для забора материала могут быть токсичны для некоторых бактерий, включая хламидии.
Гемокультуры требуют дезактивации и дезинфекции кожи (например, мазку повидон йода дают высохнуть и удаляют 70%-ным спиртом). Обычно используются множественные образцы, каждый из отдельного места; забор желательно проводить на высоте лихорадки, если это возможно. Нормальная флора кожи, которая растет даже в одном образце крови, интерпретируется как заражение.
Если проба крови получена из центральной вены или артерии, образец периферической крови также должен быть взят, чтобы помочь дифференцировать системную бактериемию от инфекции катетера. Культуры с зараженных катетеров обычно становятся положительными быстрее и содержат больше организмов, чем одновременно взятые культуры периферической крови. Некоторые грибы, особенно плесневые (например, виды Aspergillus spp), обычно из крови не высеваются.
Образец следует быстро транспортировать, в правильной среде и в условиях, которые ограничивают рост любой другой потенциально заражающей флоры. Для точного определения количества болезнетворного микроорганизма должен быть предотвращен дополнительный патогенный рост; экземпляры должны быть немедленно транспортированы в лабораторию или, если транспорт задерживается, помещены в холодильник (в большинстве случаев).
Особенности культивирования
Некоторые культуры имеют свои особенности.
Анаэробные бактерии не следует высевать из тех участков организма, где они являются частью естественной микрофлорой, поскольку дифференциация возбудителей от такой микрофлоры может оказаться невозможной. Образцы проб должны быть защищены от воздуха. Для мазков используются анаэробные транспортные среды. Тем не менее, для сохранения анаэробных бактерий жидкие образцы (например, содержание абсцесса) использовать лучше, чем образцы с тампонов. Жидкие образцы должны быть отобраны с помощью шприца, из которого извлекли весь воздух (чтобы свести к минимуму контакт образца с кислородом) и отправлены в лабораторию в шприце (закрытый без иглы) или транспортирован в герметичной пробирке.
Микобактерии культивировать трудно. Экземпляры, содержащие нормальную флору (например, мокрота), должны сначала быть дезактивированы и сконцентрированы. Mycobacterium tuberculosis и некоторые другие микобактерии растут медленно. Рост M. tuberculosis, как правило, происходит быстрее в жидкости, чем в твердой среде. Обычно использование автоматизированных систем с жидкой средой может привести к росту в пределах 2 недель по сравнению с ≥ 4 недель на твердой среде (агар Ловенштейна – Дженсена). Кроме того, в экземпляре может присутствовать небольшое число организмов. Несколько образцов, взятых из одного и того же участка в организме повышают возможность выделения возбудителя. В течение 8 недель засеянные среды не должны выбрасываться. M. ulcerans, приводящей к развитию язвы Бурули, требуется до 12 недель при 32° С на агаре Ловенштейна-Йенсена. Если подозревается нетипичная микобактерия, об этом следует уведомить лабораторию.
Вирусы обычно культивируются из мазков и образцов ткани; они обычно транспортируются в средах, содержащих антибактериальные и противогрибковые вещества. Содержимое образцов проб инокулируется в культуру тканей, которые поддерживают рост вируса и ингибируют все другие микробы. Высоколабильные вирусы (например, вирус ветряной оспы) должны быть инокулированы в культуру ткани в течение 1 часа после забора. Стандартные культуры тканей являются наиболее чувствительными. Технология центрифугирования клеточных культур на монослой во флаконе обеспечивает более быстрые результаты (2 дня против 7–14 дней). Некоторые распространенные вирусы не могут быть обнаружены с помощью стандартных методов культивирования и требуют альтернативных методов диагностики (см. таблицу Диагностические тесты на некоторые вирусные патогены), например, для следующего:
Иммуноферментного анализа для вируса Эпштейна-Барр, вируса гепатита В, вируса гепатита Е, ВИЧ и Т-лимфотропного вируса
Серологических методов обнаружения для вируса гепатита А и вируса гепатита D
Методов, основанных на определении нуклеиновых кислот для ВИЧ, гриппа, респираторно-синцитиального вируса (РСВ), SARS-CoV2
Образцы грибов, полученные из нестерильных мест, должны быть инокулированы в среду, содержащую антибактериальные вещества. Образцам нужно дать возможность расти в течение 3–4 недель, прежде чем они будут считаться отрицательными и их можно будет перестать учитывать.
