（肺炎の概要も参照のこと。）
免疫防御系が障害されている患者において，肺炎を引き起こす可能性のある病原体は数多く存在する；市中肺炎の病原体もあれば，まれな病原体もある。可能性の高い病原体は，免疫防御系の欠陥の種類に依存する（ 易感染性患者における肺炎）。しかしながら，易感染性患者における呼吸器症状および胸部X線上の変化は，肺出血，肺水腫，放射線障害，細胞傷害性薬剤による肺毒性，および腫瘍浸潤など，感染以外の多様な経過に起因する場合がある。
易感染性患者における肺炎
症状と徴候
症状および徴候は，免疫能が正常な患者における市中肺炎の症候と同じである場合がある。症状としては，倦怠感，悪寒，発熱，振戦，咳嗽，呼吸困難，胸痛などがある。しかしながら，易感染性患者では発熱または呼吸器徴候を欠くこともあり，また好中球が減少している場合は膿性痰がみられる可能性が低くなる。一部の患者では，発熱が唯一の徴候である。
診断
呼吸器の症状，徴候，または発熱のある易感染性患者では，胸部X線および酸素化の評価（通常パルスオキシメトリーによる）を行う。浸潤影または低酸素血症を認める場合は診断検査を行うべきである。Pneumocystis jirovecii肺炎では，胸部X線は正常であることもあるが，低酸素症は通常存在する。
喀痰検査および血液培養を行う。喀痰検査として，グラム染色，抗酸菌および真菌の染色ならびに培養，またときにウイルス検査（例，移植患者またはAIDS患者におけるサイトメガロウイルスのPCR）などを行うべきである。アスペルギルス感染症の症状，徴候，または危険因子がある場合は，血清ガラクトマンナンの検出を行うべきである。
特に軽症肺炎の患者，免疫機能に重度の欠陥がある患者，または広域抗菌薬に反応しない患者においては，誘発喀痰，気管支鏡検査，またはその両方によって確実な診断を下すのが最善である。
病原体の同定
可能性のある病原体は，症状，X線上の変化，および免疫不全の種類に基づいて，しばしば予測できる。急性症状がある患者における鑑別診断には，細菌感染症，出血，肺水腫，血液製剤輸血に対する白血球凝集反応，および肺塞栓症などがある。進行が緩徐な場合，真菌または抗酸菌感染症，日和見ウイルス感染症，P. jirovecii肺炎，腫瘍，細胞傷害性薬剤反応，または放射線障害が，より示唆される。
限局性の硬化を示すX線所見は通常，細菌，抗酸菌，真菌，またはNocardia属による感染症を示唆する。びまん性間質性パターンは，ウイルス感染症，P. jirovecii肺炎，薬物もしくは放射線による障害，または肺水腫を示す可能性がより高い。びまん性結節状の病変は，抗酸菌，Nocardia属，真菌，または腫瘍を示唆する。空洞性疾患は，抗酸菌，Nocardia属，真菌，または細菌，特に黄色ブドウ球菌（S. aureus）を示唆する。
臓器移植または骨髄移植のレシピエントで両側性間質性肺炎がある場合，原因は通常サイトメガロウイルスであるか，または特発性である。胸膜に接する硬化像は，通常アスペルギルス感染症である。AIDS患者における両側性肺炎は通常，P. jirovecii肺炎である。HIV感染患者の約30％に，AIDS診断の最初の指標疾患としてP. jirovecii肺炎がみられ，また予防薬が投与されていない場合，AIDS患者の > 80％にいつかの時点でこの感染症がみられる（ ヒト免疫不全ウイルス（HIV）感染症 : 日和見感染症の予防）。HIV感染患者は，CD4陽性Tリンパ球数が < 200/μLになるとP. jirovecii肺炎に罹患しやすくなる。
治療
抗菌薬療法は，免疫系の欠陥および特定の病原体に対する危険因子によって異なる。通常，感染症専門医へのコンサルテーションが適応となる。好中球減少がみられる患者では，免疫系の欠陥，X線所見，および疾患の重症度によって経験的治療が異なる。一般に，院内肺炎と同様に，グラム陰性桿菌，黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus），および嫌気性菌に効果的な広域抗菌薬が必要とされる。HIV感染症以外の病態がある患者で，抗菌薬療法開始後5日経過しても改善しない患者には，しばしば経験的に抗真菌療法が追加される。
免疫系機能を高める治療（ 易感染性患者における肺炎 : 予防）は，易感染性患者における肺炎治療の重要な補助手段である。
予防
易感染性患者における肺炎の予防に，免疫系機能を高める治療が適応となる。例えば，化学療法による好中球減少を認める患者には顆粒球コロニー刺激因子（G-CSF，またはフィルグラスチム）を投与すべきであり，また遺伝性または後天性の疾患（例，多発性骨髄腫，白血病）による低ガンマグロブリン血症のある患者には，静注用免疫グロブリン製剤の投与を行うべきである。
HIV感染患者で CD4陽性Tリンパ球数が < 200/μLである場合，トリメトプリム/スルファメトキサゾールまたはその他適切な治療により，毎日の予防を行うべきである。
これらの患者ではワクチン接種もまた重要である。例えば，莢膜を有する細菌の感染による肺炎リスクがある患者（例，低ガンマグロブリン血症，無脾）では，肺炎球菌およびインフルエンザ菌（H. influenzae）に対するワクチンを接種すべきである。
