ऐसी स्वास्थ्य स्थितियों के लिए स्क्रीनिंग जांचें की जाती हैं, जिनक अब तक कोई लक्षण नहीं हुआ हो। जन्म के समय न दिखाई देने वाले अनेक गंभीर विकारों का विभिन्न स्क्रीनिंग जांचों द्वारा पता लगाया जा सकता है। समय रहते निदान और शीघ्र उपचार से अनेक समस्याओं को कम किया जा सकता है या उनकी रोकथाम की जा सकती है, जिनसे शिशु के स्वस्थ विकास में रुकावट आ सकती है। अमेरिका में, कुछ जांचें समय-समय पर कराई जाती हैं और कुछ की आवश्यकता राज्य द्वारा होती है। जब स्क्रीनिंग जांच सकारात्मक होती है, तो अक्सर आगे जांच की जाती हैं।
आम तौर पर, स्क्रीनिंग जांचों में निम्नलिखित शामिल होते हैं
रक्त की जाँच
ऑक्सीजन स्तर की जांच
श्रवण क्षमता जांच
स्किन सेंसर का इस्तेमाल करके, खून की जांच करके, या इन दोनों के संयोजन से त्वचा तथा आँख के सफेद हिस्से को देख कर नवजात शिशुओं का मूल्यांकन पीलिया (रक्त में बिलीरुबिन के उच्च स्तरों के कारण होने वाला त्वचा का पीलापन) के लिए किया जाता है।
कई देशों की सरकारें नवजात शिशुओं में कुछ अनुवांशिक विकारों का पता लगाने के लिए रक्त परीक्षण अनिवार्य करती हैं जिनका समय रहते पता चलने पर इलाज संभव है। आम जांचों में फ़िनाइलकीटोनयूरिया, मैपल सिरप मूत्र रोग, गैलैक्टोसीमिया, जन्मजात एड्रेनल हाइपरप्लासिया, सिकल सेल रोग, और हाइपोथायरॉइडिज़्म के लिए जांच शामिल होती हैं। कुछ संगठनों द्वारा सिस्टिक फ़ाइब्रोसिस और गंभीर कम्बाइंड इम्यूनोडिफिशिएंसी के लिए जांच आवश्यक होती है। हालांकि, अमेरिका में, अलग-अलग राज्यों में, भिन्न-भिन्न जांचें आवश्यक होती हैं। राज्य के अनुसार अमेरिका में नियमित नवजात स्क्रीनिंग परीक्षणों की सूची के लिए, राज्य द्वारा स्क्रीन की जाने वाली स्थितियां देखें।
Rh-नेगेटिव या टाइप O ब्लड ग्रुप वाली माताओं की आमतौर पर गर्भावस्था के दौरान उनके भ्रूण के साथ एंटीबॉडीज और संभावित ब्लड ग्रुप असंगतता के लिए जांच की जाती है। यदि गर्भावस्था के दौरान ऐसी स्क्रीनिंग नहीं की गई थी, यदि माँ की एंटीबॉडी स्क्रीनिंग पॉजिटिव आई थी, या यदि नवजात को शुरुआत में या गंभीर पीलिया होता है, जो हीमोलिटिक एनीमिया नामक स्थिति का संकेत हो सकता है (लाल रक्त कोशिकाओं का नष्ट होना जिससे लाल रक्त कोशिकाओं की संख्या कम हो जाती है), तो नवजात शिशु का परीक्षण आवश्यक है।
यदि माँ का गर्भावस्था के दौरान एंटीवायरल थेरेपी से इलाज नहीं किया गया था, तो HIV-पॉजिटिव माताओं से जन्म लेने वाले शिशुओं की जन्म के पहले कुछ दिनों के भीतर जांच की जानी चाहिए। संदिग्ध HIV संक्रमण की पुष्टि करने के लिए या यदि उन्हें किसी HIV पॉजिटिव माँ द्वारा स्तनपान (चेस्ट-फीडिंग) कराया जा रहा है, तो शिशुओं का बाद के चरणों में भी परीक्षण किया जा सकता है।
ऑक्सीजन स्तरों की जांच करने के लिए डॉक्टर नवजात शिशु के दाएं हाथ और दाएं पैर पर ऑक्सीजन सेंसर (पल्स ऑक्सीमेट्री) को लगाते हैं। ऑक्सीजन के निम्न स्तर तथा हाथ और पैर के बीच में महत्वपूर्ण रूप से अंतर होने पर, जन्मजात हृदय रोग की संभावना हो सकती है।
श्रवण जांचों को सुनाई देने में समस्याओं की जांच करने के लिए किया जाता है, इसमें जन्मजात समस्याओं या संक्रमणों का भी पता चलता है। डॉक्टर एक हाथ से पकड़े जाने वाले उपकरण का उपयोग करते हैं जो धीमी क्लिक ध्वनि पैदा करता है और नवजात शिशु के कान के परदे से टकराने वाली गूँज को मापते हैं (जिसे इवोक्ड ओटोएकॉस्टिक एमिशन टेस्टिंग कहा जाता है), या एक ऐसे उपकरण का उपयोग करते हैं जो इलेक्ट्रोड के साथ ध्वनि के प्रति मस्तिष्क स्तंभ की प्रतिक्रिया को मापता है।
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