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脊椎穿刺（腰穿）放脑脊液或由于囊肿或覆盖脊髓表面的多层组织之一（脑膜）撕裂造成脑脊液渗漏都可导致低颅压性头痛。在脑组织周围流动的脑脊液丢失可降低脑组织周围的压力。
（另请参见头痛概述）
最常见的是，低颅压性头痛发生在以下情况之后：
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脊椎穿刺（腰穿）
多达三分之一的脊椎穿刺患者会出现低颅压性头痛，通常是几个小时到一两天后。
在脊椎穿刺中，医生在下背部的两块椎骨之间插入一根针，并从脊椎管中抽取脑脊液样本。脑脊液流动于覆盖脑脊髓表面的多层组织（脑膜）之间的空隙之中，并填满脑组织周围间隙。脊椎穿刺后，脑脊液有时继续从针孔中漏出。如果液体的渗漏速度快于生成速度，则脑组织周围的液体量会减少，脑部可能会下坠，牵拉周围的血管和支持组织。这种牵拉导致头痛。
低颅压性头痛也可能出现在有其它导致脑脊液漏的疾病：
低颅压性头痛很剧烈。发生在患者坐位或站位时，可通过平躺进行缓解。患者通常还会出现颈部僵硬、疼痛和恶心，可能会呕吐。
