Nhiều loại nấm men và nấm mốc có thể gây nhiễm trùng cơ hội, thậm chí đe dọa tính mạng ở những bệnh nhân bị suy giảm miễn dịch. Những bệnh nhiễm trùng này chỉ hiếm khi ảnh hưởng đến những người có khả năng miễn dịch. Các loại nấm men có xu hướng gây ra bệnh nấm máu cũng như gây ra các tổn thương ở vùng da và các vị trí khác.
(Xem thêm Tổng quan về Nhiễm nấm.)
Blastoschizomyces capitatus và các loài Trichosporon (bao gồm T. ovoides, T. inkin, T. asahii, T. mucoides, T. asteroides và T. cutaneum) là những loại nấm men thường gây nhiễm trùng lan tỏa gây tử vong, đặc biệt là ở những bệnh nhân giảm bạch cầu trung tính. Trong số Trichosporon, T. asahii là nguyên nhân phổ biến nhất của bệnh lan tỏa. Tên T. beigelii, bây giờ đã lỗi thời, trước đây được sử dụng cho tất cả hoặc bất kỳ loài Trichosporon nào.
Malassezia furfur là một loại nấm men gây ra bệnh lang ben và viêm nang lông và cũng có thể gây nhiễm trùng huyết liên quan đến ống thông ở những bệnh nhân đang nhận lipid ngoài đường tiêu hóa qua ống thông tĩnh mạch trung tâm. Nhiễm trùng máu liên quan đến ống thông thường xảy ra trẻ sơ sinh và người lớn suy kiệt được nuôi ăn tĩnh mạch bằng dịch truyền có lipid. Nhân viên phòng thí nghiệm vi sinh phải được thông báo khi cố gắng phân lập Malassezia ởi bệnh phẩm vì cần có môi trường đặc biệt.
Talaromyces marneffei (trước đây gọi là Penicillium marneffei) là một mầm bệnh cơ hội gây nhiễm trùng lan rộng ở bệnh nhân AIDS ở Đông Nam Á và các trường hợp đã được ghi nhận ở những du khách quay trở lại Hoa Kỳ sau khi đến thăm khu vực đó. T. marneffei gây tổn thương da có thể giống u mềm lây.
Đặc biệt là ở những bệnh nhân bị giảm bạch cầu trung tính, nhiều loại nấm mốc trong môi trường, bao gồm các loài Fusarium và Scedosporium apiospermum, cả hai loại này đang trở nên thường xuyên hơn, có thể gây ra các tổn thương mạch máu xâm lấn khu trú giống với bệnh do nấm aspergillus xâm lấn. Các loài Fusarium gây nhiễm trùng bề mặt (ví dụ: viêm giác mạc, nấm móng) ở những bệnh nhân có hệ miễn dịch bình thường và nhiễm trùng lan rộng ở những bệnh nhân bị suy giảm miễn dịch nặng kèm theo tình trạng giảm bạch cầu trung tính nặng, kéo dài và/hoặc suy giảm miễn dịch tế bào T nặng. Fusarium sp (không giống Aspergilli) có thể mọc khi nuôi cấy máu thường quy từ những bệnh nhân bị nhiễm trùng lan tỏa. Voriconazole được coi là thuốc được lựa chọn cho cả Fusarium và S. apiospermum.
Chẩn đoán cụ thể đòi hỏi phải nuôi cấy và xác định loài và rất quan trọng vì không phải tất cả các sinh vật này đều đáp ứng với một loại thuốc chống nấm. Ví dụ, Scedosporium species thường kháng với amphotericin B. Các phác đồ tối ưu điều trị chống nấm cho mỗi thành viên của nhóm nấm cơ hội này phải được xác định.