При инфекционном эндокардите может поражаться оболочка сердца, сердечные клапаны и аномальные соединения между камерами сердца или основными кровеносными сосудами (врожденные пороки сердца). На верхнем правом рисунке показан нормальный митральный клапан, который препятствует попаданию крови из левого желудочка в левое предсердие. На нижнем правом рисунке показаны вегетации (бактерии в сочетании с небольшими сгустками крови) на створках митрального клапана, соответствующие картине инфекционного эндокардита. Вегетации и воспаление клапана препятствуют нормальной функции клапана и могут обусловить аномальный обратный ток крови из левого желудочка в левое предсердие.