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原虫は寄生虫の一種です。多様な単細胞の微生物群を構成しています。一部の原虫は、生存するために人または動物の宿主を必要とします。「自由生活性アメーバ」と呼ばれる原虫もあり、寄生虫ではあるものの、土壌中や水中に生息し、人や動物の宿主を必要としないものもあります（自由生活性アメーバに関する序論を参照）。
人に病気を引き起こす寄生虫を運び、媒介する昆虫のことを媒介生物と呼びます。例えば、感染した雌の蚊はマラリアを引き起こす寄生虫の媒介生物であり、感染したツェツェバエはアフリカ睡眠病を引き起こす寄生虫の媒介生物です。
原虫は、ヒト宿主の体の様々な臓器に感染症を引き起こす可能性がありますが、腸管外寄生原虫は、血液、肝臓、肺、脳、皮膚、皮下組織などの腸以外の部位にのみ感染症を引き起こすため、そのような名称で呼ばれています。これらの感染症は、様々な症状や合併症を引き起こします。
腸管外寄生原虫による感染症には以下のものがあります。
（寄生虫感染症の概要も参照のこと。）
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