Las infecciones encefálicas se manifiestan como sigue:
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Infección difusa que produce encefalitis y a veces afecta áreas específicas del cerebro
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Inflamación encefálica secundaria a infecciones meníngeas o parameníngeas
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Infección focal (p. ej., debido a un absceso cerebral o a infecciones cerebrales micóticas o parasitarias como la neurocisticercosis)
La encefalitis es más frecuente debido a los virus, como el herpes simple, herpes zoster, citomegalovirus o virus del Nilo Occidental. La infección por HIV y las enfermedades priónicas también puede afectar el cerebro de forma difusa.
Las infecciones, como la leucoencefalopatía multifocal progresiva, causada por el virus JC o la panenceflitis esclerosante subaguda, causada por el virus del sarampión, también afectan el cerebro; ellas se caracterizan por una incubación larga y una evolución prolongada.
Ciertos trastornos no infecciosos pueden simular encefalitis. Un ejemplo es la entidad autoinmunitaria encefalitis por inmunoglobulina anti-receptor de NMDA (N-metil-d-aspartato) que implica un ataque autoinmune a las proteínas de la membrana neuronal.
También puede ocurrir una afectación cerebral multifocal como manifestación de una encefalomielitis diseminada difusa aguda (un síndrome posinfeccioso).
