Harnwegsinfektionen (HWI) können unterteilt werden in die Nieren betreffende Infektionen des oberen Harntraktes (Pyelonephritis) und solche des unteren Harntraktes, welche Blase (Zystitis), Harnröhre (Urethritis) oder Prostata (Prostatitis) betreffen. In der Praxis aber, und insbesondere bei Kindern, kann die Differenzierung der Ursprungsorte schwierig bis unmöglich sein. Darüber hinaus verbreiten sich Infektionen oft von einer Stelle zur anderen. Obwohl Urethritis und Prostatitis Infektionen sind, die die Harnwege betreffen, bezieht sich der Begriff Harnwegsinfektion gewöhnlich auf Pyelonephritis und Zystitis.
Bakterielle Harnwegsinfektionen verursachen die meisten Fälle von Zystitis und Pyelonephritis. Die häufigsten bakterielle Pathogene sind Pilze (Candida-Spezies in der Regel) und, seltener, Mykobakterien, Viren und Parasiten. Bakterielle Krankheitserreger haben in der Regel Auswirkungen auf Patienten, die immungeschwächt sind; Diabetes, Obstruktion oder strukturelle Anomalien der Harnwege haben; oder die kürzlich Harntraktinstrumentation hatten.
Anders als Adenoviren (bei hämorrhagischer Zystitis impliziert), leisten Viren keinen wesentlichen Beitrag zur Harnwegsinfektion bei immunkompetenten Patienten.
Die häufigsten parasitären Ursachen von HWI sind Filariasis, Trichomoniasis, Leishmaniose, Malaria und Schistosomiasis. Von den parasitären Krankheiten ist nur die Trichomoniasis in den USA und Europa verbreitet, in der Regel als sexuell übertragbare Infektion.
Eine Urethritis wird in der Regel durch eine sexuell übertragbare Infektionen verursacht. Prostatitis wird üblicherweise durch ein Bakterium verursacht, und wird manchmal durch eine sexuell übertragbare Infektion verursacht.