Phẫu thuật chuyển động mạch (Jatene) thường được thực hiện trong tuần tuổi đầu tiên. Đoạn gần của động mạch chủ và động mạch phổi được cắt ra, sau đó động mạch chủ được nối với thất trái, động mạch phổi nối lại với thất phải. Phẫu thuật bao gồm cả nối lại các động mạch vành để cơ tim nhận được máu giàu oxy.