Nhiễm trùng đường tiết niệu có thể được chia thành nhiễm trùng đường tiết niệu cao, bao gồm thận (viêm thận bể thận), và nhiễm trùng đường tiết niệu thấp, có liên quan đến bàng quang (viêm bàng quang), niệu đạo (viêm niệu đạo), và tuyến tiền liệt (viêm tuyến tiền liệt). Tuy nhiên, trên thực tế lâm sàng, và đặc biệt ở trẻ em, việc phân định vị trí giải phẫu có thể tương đối khó khăn, đôi khi là không thể. Hơn nữa, nhiễm trùng thường lây lan từ vùng này sang vùng khác. Dù viêm niệu đạo và viêm tuyến tiền liệt là những bệnh nhiễm khuẩn liên quan đến đường tiết niệu, thuật ngữ nhiễm trùng đường tiết niệu thường liên quan nhiều hơn đến viêm thận bể thận và viêm bàng quang.
Nhiễm trùng đường tiết niệu do vi khuẩn là nguyên nhân của hầu hết các trường hợp viêm bàng quang và viêm bể thận. Các căn nguyên không do vi khuẩn: phổ biến nhất là nấm (thường là các loài candida) và ít phổ biến hơn, mycobacteria, vi rút và ký sinh trùng. Các căn nguyên không do vi khuẩn thường ảnh hưởng đến những bệnh nhân bị suy giảm miễn dịch; bị tiểu đường, tắc nghẽn, hoặc bất thường cấu trúc đường niệu; hoặc đã có can thiệp thủ thuật đường niệu gần đây.
Xét về căn nguyên vi rút, adenovirus hay gặp hơn (thường là căn nguyên gây viêm bàng quang chảy máu), những virus khác không có vai trò nhiều trong việc gây nhiễm trùng đường tiết niệu ở những bệnh nhân suy giảm miễn dịch.
Các nguyên nhân chủ yếu do ký sinh trùng gây ra nhiễm trùng tiểu là bệnh giun chỉ, bệnh trichomonas, bệnh leishmaniasis, bệnh sốt rét, và bệnh sán máng. Trong số các bệnh do ký sinh trùng, chỉ có bệnh trùng roi là phổ biến ở Hoa Kỳ, thường là một bệnh nhiễm trùng lây truyền qua đường tình dục (STI).
Viêm niệu đạo thường do STI. Viêm tuyến tiền liệt thường do một loại vi khuẩn gây ra và đôi khi gây ra bởi STI.