При эндометриозе маленькие или большие участки эндометриальной ткани, которая обычно находится только в слизистой оболочке матки (эндометрии), появляются в других частях тела. Пока не установлено, каким образом и почему эти ткани появляются в других местах.

Типичными местами неправильного расположения эндометриальной ткани являются яичники и связки, поддерживающие матку или реже фаллопиевы трубы. Но аномально расположенная ткань может также появиться в других местах: в области малого таза и брюшной полости или реже на оболочках, которые покрывают легкие и сердце.

Аномально расположенная эндометриальная ткань может раздражать близлежащие ткани, вызывая образование рубцовой ткани (спаек) между структурами в брюшной полости. Аномально расположенная ткань может также блокировать фаллопиевы трубы, приводя к бесплодию.