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様々な病気や薬剤などの治療によって、体に本来備わっている防御機構が破たんしてしまうことがあります。防御機構が破たんすると感染につながり、普段なら特に害を及ぼさずに体の表面や内部で共存している微生物（常在菌叢）までもが病気を引き起こしてしまうことがあります。防御機構の破たんは以下のような原因で生じることがあります。
重度の熱傷： 皮膚が損傷すると、有害な微生物の侵入を防げなくなるため、感染のリスクが高まります。
医学的な処置： 処置中に、異物が体内に入って感染のリスクが高まることがあります。そのような処置としては、尿路や血管へのカテーテル挿入、気管内挿管、皮膚の縫合（ほうごう）などがあります。
免疫系を抑制する薬剤： これらの薬剤には、がんの化学療法、臓器移植後の拒否反応を予防する薬剤（アザチオプリン、メトトレキサート、シクロスポリンなど）、コルチコステロイド（プレドニゾンなど）、生物学的製剤（アダリムマブの他、潰瘍性大腸炎、クローン病、関節リウマチ、その他の自己免疫疾患の治療に使用される薬剤）があります。
放射線治療： 特に骨髄が放射線を浴びる場合、免疫システムが抑制されることがあります。
後期HIV感染： 後期のHIV感染症患者では、ある種の感染症に対する防御力が劇的に低下してしまいます。後期のHIV感染症患者では、特に日和見感染（免疫系が正常な人では通常病気を引き起こさない微生物による感染症）のリスクが高くなります。また、後期のHIV感染症患者では多くのありふれた感染症が通常より重症化します。
（「感染症の概要」も参照のこと。）
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