Bei der Endometriose wachsen große oder kleine Gewebeanteile der Gebärmutterschleimhaut, die normalerweise nur in der Gebärmutter vorkommt, in anderen Körperteilen. Wie und warum sich das Gewebe dort ansiedelt, ist unklar.

Das deplatzierte Gewebe siedelt sich häufig an den Eierstöcken sowie an den Bändern der Gebärmutter und weniger häufig an den Eileitern an. Aber das versprengte Gewebe kann auch an anderen Bereichen im Becken und im Bauch oder in seltenen Fällen auf den Membranen auftreten, welche die Lunge oder das Herz bedecken.

Es kann das umliegende Gewebe reizen und zur Bildung von Narbengewebe (Adhäsionen) zwischen den Organsystemen im Bauchraum führen. Das versprengte Gewebe kann außerdem die Eileiter verstopfen und zu Unfruchtbarkeit führen.