Le infezioni delle vie urinarie possono essere suddivise in infezioni del tratto superiore e inferiore:
Le infezioni del tratto superiore coinvolgono i reni (pielonefrite).
Le infezioni del tratto inferiore interessano vescica (cistite), uretra (uretrite) e prostata (prostatite).
Nella pratica clinica, tuttavia, e soprattutto nei bambini, fare una differenziazione tra le sedi di infezione può essere difficile, se non impossibile. Inoltre, le infezioni spesso si propagano da una regione all'altra. Sebbene uretriti e prostatiti siano infezioni che coinvolgono le vie urinarie, il termine infezione delle vie urinarie di solito si riferisce a pielonefrite e cistite.
Le infezioni batteriche delle vie urinarie causano la maggior parte dei casi di cistiti e pielonefriti. I più comuni patogeni non batterici sono i funghi (di solito della specie Candida) e, meno frequentemente, micobatteri, virus e parassiti. Gli agenti patogeni non batterici di solito colpiscono pazienti immunocompromessi; pazienti con diabete, ostruzione, o anomalie strutturali del tratto urinario; o che hanno ricevuto una recente strumentazione delle vie urinarie.
Oltre che gli adenovirus (implicati nella cistite emorragica), i virus non contribuiscono in modo importante alle infezioni urinarie nei pazienti immunocompetenti.
Le principali malattie parassitarie che causano infezioni delle vie urinarie sono la filariosi, la trichomoniasi, la leishmaniosi, la malaria e la schistosomiasi. Tra le forme parassitarie, solo la tricomoniasi è comune negli Stati Uniti, generalmente come infezione a trasmissione sessuale.
L'uretrite è generalmente causata da un'infezione a trasmissione sessuale. La prostatite è di solito provocata da un batterio e talvolta da un'infezione a trasmissione sessuale.
