(Xem thêm Cách soi hậu môn.)
Soi hậu môn và soi đại tràng sigma được sử dụng để đánh giá các triệu chứng có liên quan đến hậu môn, trực tràng (như, đại tiện ra máu đỏ, tiết dịch, các phần nhô ra, đau). Thêm vào đó, soi đại tràng sigma cũng cho phép sinh thiết đại tràng và áp dụng can thiệp như cầm máu hay đặt stent trong lòng đại tràng. Không có chống chỉ định tuyệt đối, ngoại trừ chống chỉ định cho nội soi thông thường nên được xem xét. Các chống chỉ định tương đối khác bao gồm phẫu thuật hậu môn gần đây, chít hẹp hậu môn và nghi ngờ áp xe quanh trực tràng.
Vùng quanh hậu môn và đầu xa trực tràng có thể được khám bằng dụng cụ soi trực tràng 7cm (đường kính thường là 19 mm), trực tràng và đại tràng sigma nên được kiểm tra bằng dụng cụ cứng 25cm hoặc mềm 60cm. Soi đại tràng sigma ống mềm khiến bệnh nhân dễ chịu hơn và dễ dàng ghi lại hình ảnh cũng như tiến hành sinh thiết mô. Cần có kỹ năng đáng kể để đưa ống soi đại tràng xích-ma cứng vượt qua đường giao nhau của trực tràng sigma (15 cm) mà không gây cảm giác khó chịu và dụng cụ này ít được sử dụng trong thực tế hiện nay.
Soi đại tràng sigma tiến hành sau khi thụt tháo làm rỗng trực tràng. Thường không cần thuốc an thần theo đường tĩnh mạch trừ khi bệnh nhân bị đau hậu môn dữ dội. Bệnh nhân ở tư thế nằm nghiêng sang bên trái. Sau khi khám bên ngoài và khám bằng ngón tay ở trực tràng, dụng cụ bôi trơn được đưa nhẹ nhàng qua cơ thắt hậu môn và được đưa vào trực tràng và đại tràng sigma.
Soi hậu môn có thể tiến hành mà không cần chuẩn bị. Ống nội soi được đưa vào hết chiều dài của nó, thường là khi bệnh nhân ở tư thế nằm nghiêng bên trái. Biến chứng của soi hậu môn vô cùng hiếm gặp nếu thực hiện thủ thuật đúng cách.