Axit do các tế bào thành ở hai phần ba trên dạ dày (phần thân) tiết ra. A xít dạ dày hỗ trợ tiêu hóa bằng cách tạo ra độ pH tối ưu cho pepsin và lipase dạ dày và bằng cách kích thích quá trình bài tiết ra bicacbonat tụy. Quá trình bài tiết axit được kích thích nhờ thức ăn: suy nghĩ, mùi, hoặc vị của thức ăn tác động đến quá trình kích thích dây phế vị của các tế bào G bài tiết gastrin nằm ở một phần ba dưới dạ dày (hang vị). Sự xuất hiện của protein trong dạ dày cũng kích thích sản xuất thêm gastrin. Việc lưu thông gastrin kích hoạt quá trình giải phóng histamin từ các tế bào giống enterochromafin tại thân vị. Histamine kích thích các tế bào thành qua thụ thể H2. Các tế bào thành tiết ra axit và làm giảm pH khiến các tế bào D vùng hang vị giải phóng somatostatin từ đó ức chế quá trình giải phóng gastrin (cơ chế phản hồi âm).
Sự bài tiết axit xuất hiện khi sinh và đạt đến mức trưởng thành (trên cơ sở cân nặng) khi 2 tuổi. Có sự suy giảm lượng axit ở bệnh nhân cao tuổi mắc bệnh viêm dạ dày mạn tính, nhưng lượng axit vẫn được duy trì trong suốt cuộc đời.
Thông thường, niêm mạc đường tiêu hoá được bảo vệ bởi một số cơ chế riêng biệt:
Quá trình sản sinh dịch nhầy của niêm mạc và HCO3 tạo ra sự chênh lệch pH từ trong lòng dạ dày (pH thấp) đến niêm mạc (pH trung tính). Chất nhầy đóng vai trò như một rào cản đối với sự khuếch tán axit và pepsin.
Tế bào biểu mô loại bỏ các ion hydro dư thừa (H+) thông qua các hệ thống vận chuyển qua màng và có các kết nối chặt chẽ để ngăn ngừa quá trình khuếch tán ngược của ion H+.
Dòng máu ở niêm mạc loại bỏ lượng axit dư thừa khuếch tán qua lớp biểu mô.
Một số yếu tố tăng trưởng (ví dụ: yếu tố tăng trưởng biểu bì, yếu tố tăng trưởng giống insulin I) và prostaglandin có liên quan đến quá trình phục hồi niêm mạc và duy trì tính toàn vẹn của niêm mạc.
Các yếu tố ảnh hưởng đến các cơ chế bảo vệ niêm mạc này (đặc biệt là các thuốc chống viêm không steroid [NSAID] và nhiễm Helicobacter pylori) có khuynh hướng gây viêm dạ dày và bệnh loét dạ dày.
NSAID thúc đẩy quá trình viêm và hình thành loét niêm mạc (đôi khi có chảy máu đường tiêu hoá) cả cục bộ và hệ thống. Bằng cách ức chế quá trình sản sinh ra prostaglandin qua việc ức chế enzym cyclooxygenase (COX), NSAID làm giảm lưu lượng máu ở dạ dày, giảm chất nhầy và giảm bài tiết HCO3 và làm giảm quá trình phục hồi và sao chép của tế bào. Ngoài ra, vì NSAID là các axit yếu và không ion hóa ở mức pH của dạ dày nên các thuốc này phân tán một cách tự do qua hàng rào chất nhày vào các tế bào biểu mô dạ dày, nơi ion H+ được giải phóng, dẫn đến làm tổn thương tế bào. Do quá trình sản sinh ra prostaglandin ở dạ dày liên quan đến đồng phân COX-1, các NSAID là các loại thuốc ức chế COX-2 chọn lọc có ít tác dụng bất lợi với dạ dày hơn các thuốc NSAID khác.