Ở trẻ sơ sinh, dịch ngoại bào chiếm đến 45% tổng trọng lượng cơ thể, đòi hỏi liều dùng kháng sinh tương đối cao hơn so với người lớn (ví dụ, aminoglycosides). Nồng độ albumin huyết thanh thấp ở trẻ sơ sinh non tháng làm giảm lượng kháng sinh được gắn với protein. Các thuốc gắn albumin cạnh tranh với bilirubin (ví dụ, sulfonamid, ceftriaxone) làm tăng nguy cơ của vàng da nhân não.
Sự thiếu hụt hoặc giảm chức năng enzyme ở trẻ sơ sinh có thể làm kéo dài thời gian bán hủy của một số loại kháng sinh (ví dụ chloramphenicol) và tăng nguy cơ nhiễm độc. Sự thay đổi mức lọc cầu thận và bài tiết của ống thận trong tháng đầu tiên của cuộc đời đòi hỏi phải thay đổi liều lượng của các thuốc bài tiết qua thận (ví dụ penicillin, aminoglycosid, vancomycin).
(Xem thêm Tổng quan về nhiễm trùng ở trẻ sơ sinh.)