Động vật nguyên sinh là một thuật ngữ không chắc chắn để chỉ một số sinh vật có nhân, đơn bào (sinh vật nhân chuẩn) không có thành tế bào và không phải là động vật, thực vật hay nấm. Các mầm bệnh đơn bào đường ruột quan trọng nhất gây nhiễm trùng đường ruột ở người bao gồm
Chủng cryptosporidium (xem bệnh do cryptosporidium)
Cyclospora cayetanensis (xem Cyclosporiasis)
Cystoisospora belli (trước đây được gọi là Isospora belli — xem Bệnh do Cystoisospora)
Entamoeba histolytica (nhiễm a míp)§
Giardia duodenalis (trước đây gọi là G lamblia, G intestinalis – xem Bệnh do giardia)
Các loài của ngành Microsporidia từng được xếp loại vào nhóm động vật đơn bào, tuy nhiên hiện nay dựa trên bằng chứng ADN của các nghiên cứu chúng được xếp vào giới Nấm hoặc nhóm sinh vật có liên quan rất gần với giới Nấm.
Các căn nguyên ký sinh trùng gây bệnh và các sinh vật hội sinh không gây bệnh đều có thể cùng lúc tồn tại ở đường ruột.
Các bệnh do động vật đơn bào đường ruột lây truyền qua đường phân - miệng, do vậy nhiễm trùng dễ lây lan ở những khu vực có điều kiện vệ sinh thiếu thốn và xử lý nước không đúng. Các bệnh này cũng hay gặp tại Mỹ ở những nơi thông thường có điều kiện vệ sinh kém và phân không được kiểm soát, có thể gặp ở các viện tâm thần và trung tâm chăm sóc ban ngày. Đôi khi sự bùng phát dịch bệnh do lây lan qua nước dùng đã từng xảy ra tại Mỹ (ví dụ như bùng phát bệnh nhiễm Cyclospora cayetanensis vào năm 2018 tại nhiều tiểu bang được cho là do khay rau tươi bị nhiễm khuẩn và bùng phát Cryptosporidium trên diện rộng tại Milwaukee vào năm 1993). Một số động vật nguyên sinh đường tiêu hóa lây lan qua đường tình dục, đặc biệt là khi quan hệ tình dục miệng-hậu môn. Một số loài đơn bào gây nhiễm trùng cơ hội nặng ở những bệnh nhân suy giảm miễn dịch, kể cả những người bị AIDS.
Các bệnh do động vật đơn bào biểu hiện hệ thống được thảo luận ở mục khác, bao gồm có Bệnh sốt rét, Bệnh nhiễm Babesia, Bệnh nhiễm Leishmania, Bệnh nhiễm Toxoplasma, bệnh Chagas và Nhiễm Trypanosomia châu Phi.
Chẩn đoán
Rất khó để chẩn đoán các bệnh nhiễm trùng do động vật nguyên sinh và microsporidia đường ruột dựa trên các triệu chứng và các phát hiện thực thể; xét nghiệm phân để tìm kháng nguyên ký sinh trùng hoặc DNA và xét nghiệm phân để tìm u nang hoặc sinh vật bằng kính hiển vi là cần thiết.
Xét nghiệm kháng nguyên phân nhạy và đặc hiệu với một số động vật đơn bào hiện có gồm:
Chủng Cryptosporidium
E. histolytica
G. duodenalis
Chẩn đoán vi sinh có thể đòi hỏi một số mẫu bệnh phẩm, phương pháp nồng độ, và nhuộm bệnh phẩm; do đó, phòng thí nghiệm phải được thông báo khi có mầm bệnh hoặc mầm bệnh nghi ngờ. Một số bệnh nhân cần thực hiện các phương pháp xâm lấn một phần ví dụ như nội soi sinh thiết (xem bảng Thu thập và Xử lý Bệnh phẩm Chẩn đoán Nhiễm ký sinh trùng bằng kính hiển vi).
Chẩn đoán phân tử: sử dụng phản ứng chuỗi polymerase có sẵn cho nhiều động vật đơn bào đường ruột.