O gênero Salmonella é dividido em 2 espécies, S. enterica e S. bongori, contendo > 2.500 sorotipos conhecidos. Alguns desses sorotipos tem nome. Nesses casos, o uso comum às vezes encurta o nome científico para incluir apenas o gênero e sorotipo; por exemplo, S. enterica, subespécies enterica, sorotipo typhi é encurtado para Salmonella typhi.
Salmonella também podem ser divididas em 3 grupos com base na adaptação do organismo aos hospedeiros humanos:
Aqueles bem adaptados aos hospedeiros humanos e que não têm hospedeiros não humanos; neste grupo temos S. Typhi e S. Paratyphi dos tipos A, B (também denominadas S. Schottmülleri) e C (também denominada S. Hirschfeldii), que só são patogênicas nos humanos e geralmente provocam febre entérica (tifoide).
Aqueles que se adaptaram a hospedeiros não humanos ou provocam doenças quase exclusivamente em animais. Algumas cepas nesse grupo — S. Dublin (gado), S. Arizonae (répteis) e S. choleraesuis (suínos) — também causam doenças em seres humanos.
Aqueles com uma ampla variedade de hospedeiros: esse grupo contém > 2.000 sorotipos (p. ex., S. enteritidis, S. typhimurium) que causam gastrenterite por salmonela e são responsáveis por 85% de todas as infecções por Salmonella nos Estados Unidos.
