Alterações nos órgãos genitais ocorrem rapidamente por volta da menopausa. Os ciclos menstruais cessam e os ovários param de produzir estrogênio. Após a menopausa, ocorre o adelgaçamento (atrofia) dos tecidos dos pequenos lábios (que rodeiam a abertura da vagina e da uretra), clitóris, vagina e uretra. Esse adelgaçamento pode causar em irritação crônica, secura e secreção vaginal. A mulher fica mais propensa a ter infecções vaginais. Também após a menopausa, o útero, as trompas de Falópio e os ovários ficam menores.
Com o envelhecimento, ocorre uma diminuição da massa muscular e do tecido conjuntivo, incluindo dos existentes nos músculos, ligamentos e outros tecidos que servem de suporte à bexiga, ao útero, à vagina e ao reto. Assim, os órgãos afetados podem ficar laceados ou cair (prolapso), às vezes causando uma sensação de pressão pélvica ou sensação de plenitude, dificuldade em urinar, perda de controle da urina ou movimentos intestinais (incontinência) ou dor durante a relação sexual. As mulheres que tiveram muitos filhos são mais propensas a ter esses problemas.
Uma vez que há menos estrogênio para estimular os dutos de leite, os seios diminuem de tamanho. O tecido conjuntivo que sustenta os seios também diminui, levando à flacidez e contribuindo para mudanças no formato. O tecido fibroso nos seios é substituído por gordura, tornando os seios menos firmes.
Para a maioria das mulheres, as mudanças relacionadas à idade nos órgãos reprodutores não interferem na atividade sexual ou prazer sexual após a menopausa. Algumas mulheres desfrutam mais as atividades sexuais após a menopausa, possivelmente porque elas não estão mais preocupadas em engravidar. Além disso, após a menopausa, os ovários e as glândulas adrenais continuam a produzir hormônios sexuais masculinos. Os hormônios sexuais masculinos ajudam a manter o desejo sexual, retardam a perda de tecido muscular e contribuem para um sentimento geral de bem-estar.