A extremidade do pênis do homem ou a abertura da uretra da mulher é limpa, normalmente com uma pequena esponja contendo uma substância antisséptica. Homens não circuncidados devem retrair o prepúcio para limpar a cabeça do pênis.

Deve-se permitir que as primeiras gotas de urina caiam no vaso sanitário, lavando a uretra.

A micção deve ser retomada e uma amostra do jato urinário deve ser coletada em um recipiente esterilizado. Normalmente, a amostra é obtida antes que o jato termine (no meio do jato).