Uma vez isolado por cultura, o microrganismo precisa ser identificado. É importante a identificação para determinar o tratamento (p. ex., tratamento medicamentoso, medidas de isolamento). Métodos de identificação que não utilizam ácidos nucleicos utilizam características fenotípicas (funcionais ou morfológicas) dos microrganismos em detrimento da identificação genética.
As características do crescimento de um microrganismo em meio de cultura, tal como tamanho, cor e forma da colônia, fornecem elementos para a identificação das espécies e, juntamente com a coloração de Gram, orientam testes posteriores.
Numerosos testes bioquímicos estão disponíveis, cada um restrito a certo tipo de microrganismo (p. ex., bactérias aeróbias ou anaeróbias). Alguns avaliam a capacidade de um organismo de utilizar diferentes substratos para seu crescimento. Outros avaliam a existência ou a atividade de enzimas fundamentais (p. ex., coagulase ou catalase). Os testes são realizados sequencialmente, com resultados preliminares determinando o próximo teste a ser feito. As sequências dos testes são múltiplas e diferem um pouco entre os laboratórios.
Testes de identificação não baseados em ácidos nucleicos podem envolver
Métodos manuais
Sistemas automatizados
Métodos cromatográficos
Espectroscopia de massa
Alguns kits comercialmente disponíveis contêm uma bateria de testes individuais que podem ser realizados de maneira simultânea utilizando um único inóculo de um microrganismo e podem ser úteis para uma variedade mais ampla de organismos. Os sistemas de testes múltiplos podem ser altamente acurados, mas podem requerer vários dias para apresentação dos resultados.
Métodos cromatográficos
Os componentes ou produtos microbianos são separados e identificados por cromatografia líquida de alto desempenho (HPLC, high-performance liquid chromatography) ou cromatografia gasosa. Muitas vezes, a identificação é feita por comparação dos ácidos graxos de um microrganismo com um banco de dados.
Métodos cromatográficos podem ser utilizados para identificar bactérias aeróbias e anaeróbias, micobactérias e fungos. A acurácia do teste depende das condições utilizadas para cultivar a amostra e a qualidade do banco de dados, que pode não ser preciso ou completo.
Espectroscopia de massa
A espectrometria de massa pode detectar várias proteínas de diferentes massas em uma amostra. Patógenos específicos têm proteínas únicas, e a massa e abundância relativas de cada uma das proteínas às vezes podem ser utilizadas para identificar um microrganismo. Espectroscopia de massa é uma das várias tecnologias inovadoras que estão sendo ou foram criadas para detecção e identificação de agentes de guerra biológica e bioterrorismo. No entanto, esse método é limitado porque, ao contrário de alguns métodos com ácido nucleico, não é facilmente implantável no campo.
Atualmente, uma forma de espectrometria de massa chamada ionização e dessorção a laser assistida por matriz:tempo de voo (MALDI-TOF) é utilizada para identificar bactérias (inclusive micobactérias), leveduras e fungos e, potencialmente, vírus. A vantagem desse método é que os microrganismos podem ser identificados em < 1 hora; os métodos tradicionais podem exigir 24 a 48 horas.
