Na endometriose, fragmentos (pequenos ou grandes) do tecido endometrial, que normalmente se encontra apenas no revestimento interno uterino (endométrio), surgem em outras partes do corpo. Ainda não se sabe explicar como e por que isso acontece.

Os ovários e os ligamentos que sustentam o útero são locais onde o tecido endometrial ectópico costuma se desenvolver e, com menos frequência, ele se situa nas trompas de Falópio. Porém, às vezes o tecido endometrial ectópico também surge em outras regiões da pelve e do abdômen, ou, em casos raros, ele pode ser encontrado nas membranas que revestem os pulmões ou o coração.

O tecido endometrial ectópico pode irritar os tecidos próximos a ele, fazendo com que faixas de tecido cicatricial (adesões) se formem entre as estruturas no abdômen. O tecido endometrial ectópico também pode bloquear as trompas de Falópio, causando infertilidade.