リハビリテーションの目的は，失われた身体機能の回復を促進し，疼痛を軽減させることである。身体機能喪失の原因には，骨折，切断，脳卒中や他の神経疾患，外傷性脳損傷，スポーツ損傷のほか，関節炎，脊髄損傷，心臓機能障害や肺機能障害，慢性疼痛，または長期にわたるデコンディショニング（例，病後および手術後）などの病態による筋骨格系の障害などがありうる。リハビリテーションには以下が含まれる：
完全で制限のない機能の回復を目標とする患者もいれば，可能な限り広範な日常生活動作（ADL）を行う能力の回復を目標とする患者もいる。リハビリテーションの結果は，機能喪失の性質および患者の意欲に左右される。高齢患者，重度の損傷を受けた患者，全般的な健康状態が不良な患者，および筋力に欠ける患者では，進捗が遅いことがある。意欲の欠如，気分の乱れの併存，社会的支援の欠如，および社会経済的因子も，進捗の遅れの一因となりうる。
リハビリテーションは急性期病院で開始される場合がある。リハビリテーション専門病院やリハビリテーション科では通常，最も幅広く集中的なケアを施行できる；十分な回復力があり，積極的な治療（一般的には1日3時間以上）に参加できかつそれに耐えられる患者では，こういった施設の利用を考慮すべきである。多くの介護施設では，これよりも緩い長期間のプログラム（一般的に1～3時間/日，5日/週まで）が採用されており，リハビリテーションに耐える力が低い患者（例，フレイルまたは高齢の患者）に適している。外来または在宅で施行可能な，よりバリエーションや回数が少ないリハビリテーションプログラムもあり，これは多くの患者に適している。しかしながら，外来でのリハビリテーションは比較的集中的に行うこともできる（数時間/日，5日/週まで）。在宅理学療法サービスは，状態が安定している重度の障害がある患者で，地理的な理由で，または交通手段がないために医療施設に通院して複数回の治療を受けることができない場合に適応となることがある。在宅療法は，人工膝関節置換術後，転倒後に歩行機能障害が生じた患者，または慢性疾患のために自宅から出られない患者にしばしば用いられる。
身体障害は様々な問題（例，抑うつ，失った機能を回復させる意欲の欠如，経済的問題）につながることがあるため，集学的なアプローチが最も優れている。したがって，患者はソーシャルワーカーや精神医療の専門職による心理的介入と援助を必要とする。また，家族は患者の障害に順応する方法や介助の方法を学ぶための援助が必要になる。
紹介
正式なリハビリテーション療法を始めるには，医師がリハビリテーション医，療法士，またはリハビリテーションセンターに紹介状/処方箋を書く必要がある。紹介状/処方箋には，診断およびリハビリテーションの目標が詳しく書かれていなければならない。診断名は具体的（例，左側脳卒中後，右上下肢に障害が残る）なこともあれば，機能的（例，床上安静による全身性の筋力低下）なこともある。目標はできるだけ具体的にすべきである（例，義肢使用の訓練，全身筋力および持久力全般の強化）。曖昧な指示（例，評価と治療のための理学療法）でも受け入れられる場合もあるが，患者にとって最大の利益とはならず，リハビリテーションを拒否されより具体的な指示を出すよう求められることもある。リハビリテーションのための紹介状を書くことに慣れていない医師は，リハビリテーション医に相談するのが望ましい。療法士が治療を計画する上では，心肺疾患がある患者に対する心拍数の制限，骨折または骨密度低下のある患者に対する荷重制限，または転倒のリスクが高い患者に対する特別な修正など，関連する予防策が指針として役立つことがある。
治療の目標
初回評価は，ADLを行うのに必要な可動性と機能を回復する上での目標を設定することであり，それにはセルフケア（例，身繕い，入浴，更衣，食事，排泄），調理，掃除，買い物，服薬管理，金銭出納管理，電話の使用，および旅行などが含まれる。担当医とリハビリテーションチームは，どの活動が達成可能であり，どれが患者の自立に最も重要かを決定する。一旦ADL機能が最大まで回復すれば，生活の質を向上させるための目標を追加する。
回復速度は患者により様々である。療法には数週間のコースもあれば，より長いものもある。最初の治療を完了した患者の中には，追加の治療を要する患者もいる。
患者と介護者の問題
患者と介護者の教育はリハビリテーションの重要な要素であり，患者の社会復帰の際は特に重要である。患者には，新たに回復した機能を維持する方法，および事故（例，転倒，切創，熱傷）や二次障害のリスクを減らす方法について指導する。家族には，患者ができる限り自立するための援助方法を教育し，家族が患者を過保護にしたり（機能状態の低下および依存度の増加につながる），患者の主たるニーズを無視したり（拒絶感につながり，抑うつを引き起こしたり身体機能を妨げたりすることがある）することのないように指導する。
家族，介護者，および友人からの精神的な支えは不可欠である。支えには様々な形のものがありうる。一部の患者では，仲間または宗教上の助言者によるスピリチュアルサポートやカウンセリングが不可欠である。
高齢者のリハビリテーション
リハビリテーションが必要な疾患（例，脳卒中，心筋梗塞，股関節骨折，四肢切断）は高齢患者でよくみられる。高齢者ではまた，リハビリテーションを必要とする急性の問題が生じる前から身体的デコンディショニングが進行している可能性が高い。
高齢者では，たとえ認知障害があっても，リハビリテーションから便益を受けられる。高齢というだけでは，リハビリテーションを延期したり，拒否したりする理由とはならない。しかしながら，高齢者には以下のような要因により環境の変化への適応力が低下しているため，回復が遅い場合がある：
高齢患者では通常，若年患者とは目標が異なり，必要とするケアの種類も異なるため，高齢患者用に特別にデザインされたプログラムを用いるのが望ましい。年齢別のプログラムでは，高齢患者が若年患者と進捗状況を比較して落胆する可能性が低く，また退院後ケアのソーシャルワーク面を容易に組み込むことができる。特定の臨床状況（例，股関節骨折手術からの回復）に応じてデザインされたプログラムもある；同様の状態にある患者は，互いに励まし合い，リハビリテーションの訓練を強化することで，共に同じ目標に取り組むことができる。
