多くの薬の副作用として、吐き気、嘔吐、下痢がよくみられます。一般的な原因薬剤としては以下のものがあります。

• マグネシウムを主成分とする制酸薬

• 抗菌薬

• 化学療法薬

• 放射線療法

• コルヒチン（痛風用）

• ジゴキシン（通常は心不全やある種の不整脈に対して用いられる）

• 体内の寄生虫の除去や殺傷に用いられる薬

• 下剤

抗菌薬関連下痢症だけでなく、抗菌薬の使用はクロストリジオイデス・ディフィシル（Clostridioides difficile）関連下痢症の発症にもつながることがあります。

下剤の乱用は、筋力低下、嘔吐、下痢、電解質喪失、その他の不調につながる可能性があります。

薬が胃腸炎の原因になっているかどうかの判断は難しいことがあります。症状が軽い場合は、医師は薬の服用をいったん中止させて、その後再開させることができます。服用を中止すると症状が改善され、再開するとまた症状が現れる場合は、その薬が消化器症状の原因である可能性があります。胃腸炎の症状が重い場合は、医師は原因となっている薬の服用を永久的に中止するよう指導することがあります。