呼吸器感染症

• 細菌感染症（ブドウ球菌、シュードモナス属などによる感染症）

• 抗酸菌感染症（結核など）

• ウイルス感染症（インフルエンザ、RSウイルス、またはアデノウイルスによる）

気管支閉塞

• 異物の吸入

• リンパ節の腫れ

• 肺腫瘍

• 肺の手術

• 粘液の栓（例えば、アレルギー性気管支肺アスペルギルス症によるもの）

吸入による損傷

• 有害な煙霧、ガス、または粒子による損傷

• 胃酸や食べもののかけらの吸引（例えば、重度の胃食道逆流症や嚥下障害の結果として起こる）

遺伝性疾患

• 嚢胞性線維症

• カルタゲナー症候群などの原発性線毛機能不全症

• アルファ1-アンチトリプシン欠乏症

• マルファン症候群

免疫学的異常

• 免疫グロブリン欠損症候群

• 白血球の機能障害

• 補体欠損症

• 関節リウマチ、シェーグレン症候群、潰瘍性大腸炎などの特定の自己免疫疾患

その他の病気

• ヒト免疫不全ウイルス（HIV）感染

• びまん性汎細気管支炎（肺全体の細気管支の炎症と慢性副鼻腔炎を特徴とする）