男性の場合、性機能障害とは、性交を行うことが困難な状態のことを意味します。性機能障害には、以下のものに影響する様々な障害が含まれます。
性衝動（性欲）
勃起するまたはそれを維持する能力（勃起障害またはインポテンツ）
射精する能力
陰茎の変形なしに勃起する能力
オルガスムに達する能力
性機能障害は身体的要因に起因することも心理的要因に起因することもあります。性的問題の多くは両者が組み合わさって起こります。身体的な問題が精神的な問題（不安、抑うつ、ストレスなど）につながることがあり、さらにそれが身体的な問題を悪化させることがあります。男性はときに、性行為を巧みに行わなければならないというプレッシャーを自分にかけたりパートナーから感じたりして、それがうまくいかない場合に悩むことがあります（性的能力不安）。性的能力不安は厄介なことがあり、さらに性的関係を楽しむ能力を悪化させます。
射精障害は、男性の性機能障害の中で最も多くみられます。障害には以下のものがあります。
勃起障害 勃起障害（ED） 勃起障害（ED）とは、性交を行うのに十分な勃起を達成または持続できないことです。 （男性の性機能障害の概要も参照のこと。） どんな男性でもときに勃起に至らない問題を抱えることがあり、そのような問題の発生は正常なことと考えられています。勃起障害は男性が次のような場合に起こります。... さらに読む は中年および高齢者によくみられます。性欲減退 男性の性欲減退 性欲減退とは性欲が減少することです。 考えられる原因には、心理的要因（抑うつ、不安、人間関係の問題など）、薬、テストステロンの血中濃度が低いことなどがあります。 原因に応じて、医師は心理カウンセリングを提案したり、異なる薬を処方したり、テストステロン補充療法を勧めたりします。 （男性の性機能障害の概要も参照のこと。）... さらに読む も一部の男性に生じることがあります。
男性の正常な性機能
正常な性機能は、心と体の両方が関与する複雑な反応です。神経系、循環系、内分泌系のすべてが心と相互作用して、性的反応を起こします。これらのシステム間の繊細でバランスの取れた相互作用が、男性の性的反応を制御します。
性欲（性衝動、性的欲求）は、性行為をしたいという願望です。性欲は思考、言葉、視覚、嗅覚、触感により誘発されます。性欲は、性的反応サイクルの第1段階である興奮に進みます。
興奮（性的興奮）が続いて起こります。興奮が起こっている間、脳からの神経シグナルが脊髄を下って陰茎に伝わります。勃起組織（陰茎海綿体と尿道海綿体）に血液を送る動脈がそれに反応して拡がります（弛緩と拡張）。動脈が拡がるとこれらの部位への血流量が劇的に増加して、海綿体は充血、膨張します。この膨張によって、正常時に陰茎から血液を排出する静脈を圧迫する圧力がかかり、血液の流出を遅くして陰茎内の血圧を上昇させます。上昇した陰茎の圧力により硬直と勃起が起こります。また、全身の筋肉の緊張が増大します。
プラトー期（持続段階）では、興奮と筋肉の緊張が強くなります。
オルガスムは性的興奮の頂点です。オルガスムでは、全身の筋肉の緊張がさらに高まって骨盤筋が収縮し、それに射精が続きます。
射精は、神経によって男性生殖器（精嚢、前立腺、精巣上体管、精管）の筋肉の収縮が刺激されると起こります。この収縮により精液が尿道に押し出されます。尿道周辺の筋肉が収縮すると、精液はさらに先へ送られて陰茎外に放出されます。その際、膀胱の頸部も収縮し、精液が膀胱内に逆流するのを防ぎます。
男性生殖器
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射精とオルガスムは多くの場合、ほぼ同時に起こりますが、この2つは別の現象です。まれに、オルガスムに達しないで射精することがあります。オルガスムはさらに、射精を伴わずに起こったり（特に思春期前の男性）、抗うつ薬など特定の薬の副作用として起こったり、結腸や前立腺の切除などの手術後に起こることがあります。オルガスムは、正常な場合は強い快感を伴います。
消退期には、体は興奮していない状態に戻ります。射精またはオルガスムが起こると、陰茎の動脈が収縮し、陰茎海綿体と尿道海綿体の平滑筋も収縮し、血液の流入量が減って流出量が増え、陰茎は柔らかくなります（萎縮）。オルガスムに達した後はしばらく勃起できず（不応期）、この時間は若い男性では多くの場合20分以下ですが、年齢が上がるほど長くなります。再び勃起できるようになるまでの間隔は、加齢とともに長くなるのが普通です。
