Orang sehat hidup selaras dengan sebagian besar mikroorganisme yang menetapkan keberadaan diri mereka pada atau di dalam (mengolonisasi) bagian tubuh yang tidak steril, seperti kulit, hidung, mulut, tenggorokan, usus besar, dan vagina. Mikroorganisme yang biasanya menempati lokasi tubuh tertentu disebut flora residen. Sel-sel flora residen melebihi jumlah sel orang yang dihuninya sebesar 10 banding 1. Mikroorganisme yang mengolonisasi manusia selama berjam-jam hingga berminggu-minggu tetapi tidak menetapkan keberadaannya secara permanen disebut flora sementara.
Flora residen di setiap lokasi mencakup beberapa jenis mikroorganisme yang berbeda. Beberapa lokasi biasanya terkolonisasi oleh beberapa ratus jenis mikroorganisme yang berbeda. Faktor lingkungan, seperti diet, penggunaan antibiotik, kondisi sanitasi, polusi udara, dan kebiasaan higienis, memengaruhi spesies yang menjadi flora residen seseorang. Jika terganggu sementara (misalnya, dengan mencuci kulit atau menggunakan antibiotik), flora residen biasanya segera terbentuk kembali.
Alih-alih menyebabkan penyakit, flora residen sering kali melindungi tubuh dari organisme penyebab penyakit. Namun, dalam kondisi tertentu, mikroorganisme yang merupakan bagian dari flora residen seseorang dapat menyebabkan penyakit. Kondisi tersebut mencakup
Penggunaan antibiotik
Cedera atau pembedahan
Sistem imun yang melemah (seperti yang terjadi pada orang-orang yang terinfeksi HIV atau terkena kanker, orang yang menggunakan kortikosteroid, dan mereka yang menerima kemoterapi kanker)
Ketika antibiotik yang digunakan untuk mengobati infeksi mematikan sebagian besar jenis bakteri tertentu dari flora residen, bakteri atau fungi residen lainnya dapat tumbuh tanpa terkendali. Misalnya, jika perempuan meminum antibiotik untuk infeksi kandung kemih, antibiotik membunuh beberapa flora residen, sehingga ragi dalam vagina dapat memperbanyak diri dan menyebabkan infeksi ragi vagina.
Cedera atau terkadang pembedahan menyebabkan masuknya flora residen ke area yang tidak seharusnya mengandung bakteri dan dapat menyebabkan infeksi. Misalnya, luka sayat pada kulit dapat memungkinkan flora kulit residen menyebabkan infeksi di bawah kulit. Pembedahan pada usus besar terkadang menyebabkan flora residen di dalam usus tersebut tumpah ke area steril perut dan menyebabkan infeksi yang sangat serius.
(Lihat juga Gambaran Umum Penyakit Menular.)
