फेफड़ों के अंदर मौजूद ऊतक, उभारों या ट्यूमर की जांच करते समय, आमतौर पर एक मानक लचीले ब्रोंकोस्कोप का प्रयोग किया जाता है। हालाँकि, कई ब्रोंकोस्कोप के लिए फेफड़ों के आसपास मौजूद ट्यूमर को खोजना या उन तक पहुँचना संभव नहीं होता है, वहीं छोटी ब्रोंकाई इतनी चौड़ी नहीं होती है कि उसमें से ब्रोंकोस्कोप गुज़र सके। फेफड़ों में होने वाले दो-तिहाई से अधिक उभार वाले फेफड़ों के आसपास ही बनते हैं। नेविगेशनल ब्रोंकोस्कोपी एक ऐसी तकनीक है, जो इलेक्ट्रोमैग्नेटिक नेविगेशन और रियल टाइम 3D CT इमेजिस का एक साथ उपयोग करती है, ताकि डॉक्टर फेफड़ों के अंदरूनी हिस्सों की बायोप्सी कर सकें और वहाँ मौजूद उभारों का उपचार कर सकें। नेविगेशनल ब्रोंकोस्कोपी प्रक्रिया के पहले, फेफड़े में संभावित ट्यूमर के स्थान का पता लगाने के लिए CT स्कैन किया जाता है। उसके बाद CT स्कैन को कंप्यूटर पर लोड किया जाता है और उसका उपयोग फेफड़े का एक आभासी थ्री-डायमेंशनल "रोडमेप" बनाने के लिए किया जाता है। डॉक्टर वर्चुअल मैप पर दिखाए गए घावों के स्थान चिह्नित करता है और फेफड़ों के माध्यम से उन घावों तक पहुँचने के लिए नेविगेट करने की योजना बनाता है। प्रक्रिया शुरू करने के लिए मरीज़ को कम आवृत्ति वाले इलेक्ट्रोमैग्नेटिक बिस्तर पर लेटाया जाता है। ब्रोंकोस्कोप, जिसमें एक विस्तारित क्रियाशील चैनल (EWC) और लोकेटेबल गाइड होती है, उसे रोगी की सांस की नली में ट्रेकिया में नीचे और ब्रोंकाई के अंदर डाला जाता है। इलेक्ट्रोमैग्नेटिक बिस्तर, डॉक्टर को रियल टाइम में वर्चुअल मैप में लोकेटेबल गाइड देखने में सहायता करता है, ताकि ब्रोंकोस्कोप को फेफड़ों की गहराई में सावधानी से डाला जा सके। डॉक्टर, छोटे ब्रोंकिओल में से जा रही लोकेटेबल गाइड की गतिविधि और दिशा को नियंत्रित कर सकता है। लक्षित घाव तक पहुँच जाने के बाद, लोकेटेबल गाइड को निकाल दिया जाता है और एक सर्जिकल उपकरण को EWC से गुज़ारा जाता है और उसी से टेस्टिंग के लिए बायोप्सी कलेक्ट की जाती है। नेविगेशनल ब्रोंकोस्कोपी का उपयोग बाहरी बीम रेडिएशन थेरेपी, जैसे कि टोमोथेरेपी के साथ भी किया जा सकता है और इससे फेफड़ों के आसपास मौजूद ट्यूमर का इलाज बिल्कुल उसी तरह के रेडिएशन से किया जा सकता है, जो ट्यूमर तक अधिक रेडिएशन पहुँचाता है, जबकि उसके आसपास मौजूद स्वस्थ ऊतक को कम से कम प्रभावित करता है।