शरीर में आमतौर पर बैक्टीरिया की कई सौ अलग-अलग प्रजातियां होती हैं, लेकिन कई ट्रिलियन अलग-अलग बैक्टीरिया होते हैं।

इनमें से ज़्यादातर बैक्टीरिया निम्नलिखित स्थानों पर रहते हैं:

• त्वचा और दांतों पर

• दांतों और मसूड़ों के बीच की जगहों में

• म्युकस झिल्ली में जो नाक और नाक नली, गले, आंत और योनि में लाइन करते हैं

प्रजातियां प्रत्येक साइट पर भिन्न होती हैं, जो प्रत्येक साइट पर अलग-अलग वातावरण को दर्शाती हैं।

उनमें से कई एनारोब हैं—जिसका मतलब है कि उन्हें जीने और बढ़ने के लिए ऑक्सीजन की आवश्यकता नहीं होती है।

आमतौर पर, ये एनारोब बीमारी का कारण नहीं बनते हैं। कई के उपयोगी कार्य हैं, जैसे आंत में भोजन को तोड़ने में मदद करना।

हालांकि, एनारोबिक बैक्टीरिया बीमारी का कारण बन सकते हैं अगर म्युकस झिल्ली क्षतिग्रस्त हो जाती है। फिर, बैक्टीरिया उन ऊतकों में प्रवेश कर सकते हैं जो आमतौर पर उनके लिए ऑफ़-लिमिट होते हैं और जिनके खिलाफ कोई बचाव नहीं होता है। बैक्टीरिया आस-पास की संरचनाओं (जैसे साइनस, मध्य कान, फेफड़े, दिमाग, पेट, श्रोणि और त्वचा) को संक्रमित कर सकते हैं या रक्तप्रवाह में प्रवेश कर सकते हैं और फैल सकते हैं।