Infections bactériennes des voies urinaires

ParTalha H. Imam, MD, University of Riverside School of Medicine
Vérifié/Révisé janv. 2024
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Les infections urinaires bactériennes peuvent affecter l'urètre, la prostate, la vessie ou les reins. Les symptômes d'infection urinaire sont tous inconstants et comprennent la pollakiurie, l'urgenturie et la dysurie, une douleur pelvienne et des douleurs lombaires ou de l'hypochondre. Des symptômes systémiques et même un sepsis peuvent survenir en cas d'infection des reins. Le diagnostic repose sur l'examen cytobactériologique des urines et la mise en culture. Le traitement repose sur les antibiotiques et l'ablation de tous les cathéters et la levée des obstructions des voies urinaires.

(voir aussi Introduction aux infections des voies urinaires; Bacilles Gram négatifs; Prostatite; et Infection des voies urinaires chez les enfants.)

Chez l'adulte entre 20 et 50 ans, les infections urinaires sont beaucoup plus fréquentes chez la femme que chez l'homme (1, 2). Chez la femme de cette tranche d'âge, la plupart des manifestations de réaction tissulaire sont la cystite ou la pyélonéphrite. Chez les hommes du même âge, la plupart des infections urinaires sont des urétrites ou des prostatites. L'incidence des infections urinaires augmente chez le patient de > 50 ans, mais le ratio femme/homme diminue du fait de l'augmentation de la fréquence de l'hypertrophie prostatique et des instrumentations chez l'homme.

Références

  1. 1. Foxman B: Epidemiology of urinary tract infections: Incidence, morbidity, and economic costs. Am J Med 13 Suppl 1A:5S-13S, 2002. doi: 10.1016/s0002-9343(02)01054-9

  2. 2. Office of Women's Health (OASH): Urinary tract infections. Consulté le 5 janvier, 2024.

Physiopathologie des infections urinaires bactériennes

Les voies urinaires qui relient les reins au méat urétral sont normalement stériles et résistantes à la colonisation bactérienne malgré une contamination fréquente de l'extrémité distale de l'urètre par les bactéries intestinales. La défense majeure contre les infections urinaires est une vidange complète de la vessie pendant la miction. Les autres mécanismes qui maintiennent les voies urinaires stériles comprennent l'acidité des urines, la valvule vésico-urétérale et diverses barrières immunologiques et muqueuses.

Dans près de 95% des cas, l'infection urinaire est due à des bactéries qui remontent vers la vessie par l'urètre et, en cas de pyélonéphrite aiguë, vont de la vessie au rein par l'uretère. Le reste des infections urinaires sont hématogènes. Une infection systémique peut résulter d'une infection urinaire, en particulier chez les personnes âgées. Les infections urinaires sont une cause fréquente de bactériémie nosocomiale (1).

Une infection urinaire non compliquée est généralement supposée être une cystite ou une pyélonéphrite et se produit chez les femmes adultes préménopausées qui n'ont pas d'anomalie structurelle ou fonctionnelle de l'appareil urinaire, qui ne sont pas enceintes et n'ont pas de comorbidité importante qui pourrait induire des conséquences plus graves. En outre, certains experts considèrent les infections urinaires comme non compliquées, même si elles affectent les femmes ménopausées ou des patients qui ont un diabète bien contrôlé. Chez l'homme, la plupart des infections urinaires surviennent chez l'enfant ou le patient âgé, elles sont dues à des anomalies ou des manœuvres anatomiques et elles sont considérées comme compliquées.

Les infections urinaires rares qui se produisent chez les hommes âgés de 15 à 50 ans sont généralement des hommes qui ont des rapports anaux non protégés ou qui ont un pénis non circoncis, et elles sont généralement considérées comme peu compliquées. Les infections urinaires chez les hommes de cet âge qui n'ont pas de rapports anaux non protégés ou un pénis non circoncis sont très rares et, bien qu'également considérées comme non compliquées imposent la recherche d'anomalies urologiques.

Les infections urinaires compliquées peuvent toucher les deux sexes à tout âge. Il s'agit généralement de cystites ou de pyélonéphrites qui ne remplissent pas les critères pour être considérée comme simples. Une infection urinaire est considérée comme compliquée si le patient est un enfant, une femme enceinte ou s'il présente l'une des caractéristiques suivantes:

  • Présence d'une anomalie structurelle ou fonctionnelle des voies urinaires et une obstruction à l'écoulement de l'urine

  • Présence d'une comorbidité qui augmente le risque de contracter une infection ou une résistance au traitement, tels qu'un diabète mal contrôlé, une maladie rénale chronique, ou une immunodépression

  • Instrumentation ou chirurgie récente du tractus urinaire

Facteurs de risque

Les facteurs de risque d'infection urinaire chez la femme comprennent les facteurs suivants:

  • Rapports sexuels

  • Utilisation de diaphragmes et de spermicides

  • Prise d'antibiotiques

  • Nouveau partenaire sexuel au cours de l'année passée

  • Anamnèse d'infections urinaires chez les femmes parentes au 1er degré

  • Antécédents d'infections urinaires récurrentes

  • Première infection urinaire à un âge précoce

Les facteurs de risque d'infection urinaire chez le sujet de sexe masculin sont les suivants:

Même l'utilisation de préservatifs enduits de spermicide augmente le risque d'infection urinaire chez la femme. L'augmentation du risque d'infection urinaire chez la femme utilisant les antibiotiques ou des spermicides est probablement due aux modifications de la flore vaginale qui permettent la prolifération d'Escherichia coli. Chez la femme âgée, une incontinence fécale qui contamine le périnée augmente le risque.

Des anomalies anatomiques, structurelles et fonctionnelles sont des facteurs de risque d'infections urinaires. L'anomalie anatomique la plus fréquente est le reflux vésico-urétéral, qui touche 30 à 45% des enfants qui ont une infection urinaire symptomatique. Le reflux vésico-urétéral est habituellement provoqué par une anomalie congénitale qui entraîne une incompétence de la valvule urétérovésicale. Le reflux vésico-urétéral peut également être acquis chez un patient présentant une vessie flasque ou après une lésion médullaire ou après une chirurgie des voies urinaires. Les autres anomalies anatomiques prédisposant aux infections urinaires comprennent les valvules urétrales (une anomalie congénitale obstructive), une maturation vésicale retardée, un diverticule urinaire et les duplications urétrales (Voir Revue générale des anomalies génito-urinaires congénitales).

Les anomalies structurelles et fonctionnelles des voies urinaires qui prédisposent aux infections urinaires impliquent généralement une obstruction de l'écoulement de l'urine et une mauvaise vidange de la vessie. Des calculs, des tumeurs sont autant d'obstacles possibles à l'écoulement du flux urinaire. La vidange de la vessie peut être altérée par un dysfonctionnement neurogène, la grossesse, un prolapsus utérin, une cystocèle ou un obstacle prostatique. Une infection urinaire causée par des facteurs congénitaux se manifeste le plus souvent dans l'enfance. La plupart des autres facteurs sont plus fréquents chez les personnes âgées.

D'autres facteurs de risque d'infection urinaire comprennent l'instrumentation (p. ex., cathétérisme vésical, pose d'un stent, cystoscopie) et une intervention chirurgicale récente.

Référence pour la physiopathologie

  1. 1. Weinstein MP, Towns ML, Quartey SM, et al: The clinical significance of positive blood cultures in the 1990s: A prospective comprehensive evaluation of the microbiology, epidemiology, and outcome of bacteremia and fungemia in adults. Clin Infect Dis 24(4):584-602, 1997. doi: 10.1093/clind/24.4.584

Étiologie des infections urinaires bactériennes

Les bactéries qui provoquent le plus souvent une cystite et une pyélonéphrite sont les suivantes:

  • Bactéries entériques, généralement aérobies gram-négatives (le plus souvent)

  • Bactéries Gram positives (moins souvent)

Dans l'appareil génito-urinaire sain, les souches d'Escherichia coli possédant des facteurs spécifiques d'adhésion à l'épithélium transitionnel de la vessie et des uretères représentent 75 à 95% des cas. Les autres microrganismes pathogènes urinaires gram négatifs sont habituellement d'autres entérobactéries typiquement Klebsiella ou Proteus mirabilis, et occasionnellement Pseudomonas aeruginosa. Parmi les bactéries à Gram positif, Staphylococcus saprophyticus est isolé dans 5 à 10% des infections urinaires bactériennes. Des isolats bactériens moins courants à gram-positifs sont Enterococcus faecalis (streptocoques du groupe D) et Streptococcus agalactiae (streptocoques du groupe B), qui peuvent être des contaminants, notamment ceux qui ont été isolés chez des patients souffrant de cystite.

Chez le patient hospitalisé, E. coli représente près de 50% des cas. Les espèces Gram négatives Klebsiella, Proteus, Enterobacter, Pseudomonas et Serratia représentent environ 40%, le reste étant dû à des cocci Gram positifs, E. faecalis, S. saprophyticus et Staphylococcus aureus.

Classification des infections urinaires bactériennes

Urétrite

L'infection de l'urètre par des bactéries (ou des protozoaires, des virus ou des champignons) se produit lorsque les microrganismes qui accèdent à l'urètre de manière aiguë ou chronique colonisent les nombreuses glandes péri-urétrales des portions bulbaires et mobiles de l'urètre masculin et sur toute la longueur de l'urètre féminin. Les infections sexuellement transmissibles à Chlamydia trachomatis (voir Infections muqueuses à Chlamydia, Mycoplasma et Ureaplasma), Neisseria gonorrhoeae (voir Gonorrhée), Trichomonas vaginalis (voir Trichomonase) et le virus herpes simplex sont des causes fréquentes dans les deux sexes.

Cystite

La cystite est une infection de la vessie. Elle est fréquente chez la femme, chez qui les cas de cystite non compliqués sont généralement précédés de rapports sexuels (cystite de la lune de miel). Chez l'homme, l'infection bactérienne de la vessie est habituellement compliquée, elle est généralement due à une infection ascendante depuis l'urètre ou la prostate ou est secondaire à une manœuvre instrumentale sur l'urètre. La cause la plus fréquente de cystite récidivante chez l'homme est la prostatite bactérienne chronique.

Syndrome urétral aigu

Le syndrome urétral aigu de la femme est un syndrome qui comprend une dysurie, une pollakiurie et une pyurie (syndrome dysurie-pyurie) et ressemble ainsi à une cystite. Cependant, en cas de syndrome urétral aigu (contrairement à la cystite), l'ECBU est négatif ou montre un nombre d'unités formant colonies inférieur au critère traditionnel de diagnostic de la cystite bactérienne. L'urétrite due à des microrganismes, dont Chlamydia trachomatis et Ureaplasma urealyticum, qui ne sont pas détectés par l'ECBU de routine, sont une cause possible de syndrome urétral aigu.

Des causes non infectieuses ont été proposées, mais les pièces justificatives ne sont pas concluantes, et la plupart des causes non infectieuses provoquent habituellement peu ou aucune pyurie. Les causes non infectieuses possibles comprennent des anomalies anatomiques (p. ex., une sténose urétrale), des anomalies physiologiques (p. ex., un dysfonctionnement musculaire du plancher pelvien), des déséquilibres hormonaux (p. ex., une urétrite atrophique), un traumatisme localisé, des symptômes gastro-intestinaux et de l'inflammation.

Bactériurie asymptomatique

La bactériurie asymptomatique est l'absence de symptomatologie urinaire chez un patient dont la culture d'urine satisfait aux critères de l'infection urinaire. Une pyurie peut ou non être présente. Étant donné qu'elle est asymptomatique, une telle bactériurie est principalement observée lorsque les patients à haut risque sont dépistés ou lorsque l'urine est mise en culture pour d'autres raisons.

Le dépistage d'une bactériurie asymptomatique est indiqué en cas de risque de complications si la bactériurie n'était pas traitée (voir U.S. Preventive Services Task Force Reaffirmation Recommendation Statement, 2019). Ces patients comprennent

  • Les femmes enceintes de 12 à 16 semaines ou lors la première visite prénatale, si cette date est postérieure (en raison du risque d'infection urinaire symptomatique, y compris de pyélonéphrite, pendant la grossesse; et les complications de la grossesse, dont les nouveau-nés de faible poids à la naissance et l'accouchement prématuré)

  • Les patients qui ont subi une greffe de rein au cours des 6 mois précédents

  • Les jeunes enfants qui ont un reflux vésico-urétéral massif

  • Avant certaines procédures invasives génito-urinaires qui peuvent causer des saignements des muqueuses (p. ex., la résection transurétrale de la prostate)

Certains patients (p. ex., les femmes ménopausées; les patients qui ont un diabète contrôlé, les patients qui portent de manière continue des corps étrangers dans leurs voies urinaires tels que des stents, des tubes de néphrostomie et des cathéters) ont souvent une bactériurie et parfois une pyurie asymptomatiques persistantes. S'ils sont asymptomatiques, ces patients ne doivent pas faire l'objet d'un dépistage systématique car ils présentent un risque faible. Chez les patients porteurs de cathéters, le traitement de la bactériurie asymptomatique ne permet souvent pas d'éliminer les bactériuries mais ne conduit qu'au développement de microrganismes très résistants aux antibiotiques.

Pyélonéphrite aiguë

La pyélonéphrite est l'infection bactérienne du parenchyme rénal. Ce terme ne doit pas être utilisé afin de décrire une néphropathie tubulo-interstitielle, à moins qu'une infection n'ait été documentée. Chez la femme, la pyélonéphrite est une cause fréquente de bactériémies contractées en ville (1). La pyélonéphrite est rare chez l'homme dont l'appareil urinaire est normal.

Dans 95% des cas de pyélonéphrite, la cause est une ascension des bactéries par les voies urinaires. Bien que l'obstruction (p. ex., sténose, calculs, cancers, vessie neurologique ou reflux vésico-urétéral) prédispose à la survenue d'une pyélonéphrite, la plupart des femmes qui font une pyélonéphrite n'ont pas d'anomalie décelable, tant fonctionnelle qu'anatomique. Chez les hommes, la pyélonéphrite est toujours due à un trouble fonctionnel ou anatomique. La cystite à elle seule ou des lésions anatomiques peuvent entraîner un reflux. Le risque d'ascension bactérienne est augmenté de façon importante quand le péristaltisme de l'uretère est diminué (p. ex., pendant la grossesse, en raison d'une obstruction, à cause d'endotoxines de bactéries Gram négatives). La pyélonéphrite est fréquente chez les jeunes filles et la femme enceinte après un sondage vésical.

La pyélonéphrite non causée par une ascension bactérienne est causée par une dissémination hématogène, qui est particulièrement caractéristique des microrganismes virulents tels que S. aureus, P. aeruginosa, Salmonella spp et Candida spp.

La taille du rein atteint est généralement augmentée à cause de l'afflux de polynucléaires inflammatoires et de l'œdème. L'infection est constituée de plusieurs petits foyers, elle débute dans les calices et la médullaire puis s'étend de proche en proche à la corticale. Les cellules liées à l'inflammation chronique se manifestent après quelques jours, et des abcès médullaires et sous-corticaux peuvent se développer. Il existe souvent du tissu parenchymateux sain entre les foyers d'infection.

La nécrose papillaire peut se produire dans la pyélonéphrite aiguë au cours d'un diabète sucré, d'une obstruction urinaire, d'une drépanocytose, d'une pyélonéphrite sur greffon, d'une pyélonéphrite candidosique, ou d'une néphropathie aux analgésiques.

Bien que la pyélonéphrite aiguë soit fréquemment associée chez l'enfant à des lésions rénales cicatricielles persistantes, ce n'est pas le cas chez l'adulte en l'absence de reflux ou d'obstruction des voies urinaires.

Référence pour la classification

  1. 1. Tsay RW, Siu LK, Fung CP, et al: Characteristics of bacteremia between community-acquired and nosocomial Klebsiella pneumoniae infection: Risk factor for mortality and the impact of capsular serotypes as a herald for community-acquired infection. Arch Intern Med162(9):1021-1027, 2002. doi: 10.1001/archinte.162.9.1021

Symptomatologie des infections urinaires béctériennes

Le patient âgé ou qui a une vessie neurologique ou une sonde à demeure peut présenter un sepsis et un syndrome confusionnel sans autres symptômes évocateurs d'infection des voies urinaires.

Lorsque des symptômes existent, ils ne correspondent pas toujours à la topographie de l'infection dans les voies urinaires du fait de chevauchements considérables dans leur sémiologie; cependant quelques grands principes sont utiles.

Dans l'urétrite, le symptôme principal est la dysurie associée, surtout chez l'homme, à un écoulement urétral. L'écoulement peut être purulent, blanchâtre ou muqueux. Les caractéristiques de l'écoulement, telles que le volume de pus, ne différencient pas de manière fiable l'urétrite gonococcique de l'urétrite non gonococcique.

Le début de la cystite est habituellement brutal, avec une pollakiurie, des brûlures mictionnelles, des mictions impérieuses ou l'évacuation douloureuse de petites quantités d'urine. La nycturie est fréquente, accompagnée de douleurs sus-pubiennes et lombaires basses. L'urine est souvent trouble, et une hématurie microscopique (ou rarement macroscopique) peut se produire. Un fébricule peut se développer. Une pneumaturie (émission d'air avec les urines) peut être observée lorsque l'infection des voies urinaires provient d'une fistule entérovésicale ou vésicovaginale ou d'une cystite emphysémateuse.

En cas de pyélonéphrite aiguë, les symptômes peuvent être les mêmes que ceux de la cystite. Un tiers des patients ont une pollakiurie et une dysurie. Cependant, en cas de pyélonéphrite, les symptômes sont habituellement des frissons, de la fièvre, une douleur du flanc, une douleur abdominale aiguë, des nausées et des vomissements. Si la contracture abdominale est absente ou minime, un rein sensible et augmenté de volume est parfois palpé. La percussion de la fosse lombaire est généralement douloureuse du côté infecté. En cas d'infection des voies urinaires chez l'enfant, les symptômes sont souvent atténués et moins caractéristiques.

Diagnostic des infections urinaires béctériennes

  • Analyse d'urines

  • Parfois, ECBU

Le diagnostic par la culture n'est pas toujours nécessaire. Si effectué, le diagnostic par ECBU exige une mise en évidence d'une bactériurie significative dans l'urine recueillie dans de bonnes conditions.

Recueil d'urine

Si une infection sexuellement transmissible est suspectée, un écouvillonnage urétral pour les tests des maladies sexuellement transmissibles est effectué avant la miction. Pour les autres infections, le prélèvement d'urine est effectué par la méthode du milieu de jet ou par sondage.

Pour un prélèvement d'urine par la méthode du milieu de jet, le méat urétral est lavé au moyen d'un désinfectant doux non moussant puis séché à l'air. Le contact du jet urinaire avec la muqueuse doit être minimisé en écartant les lèvres chez la femme et en décalottant le gland chez l'homme non circoncis. Les 5 premiers mL d'urine ne sont pas recueillis; les 5 à 10 mL suivants sont recueillis dans un container stérile.

Un prélèvement par sondage est préférable chez la femme âgée (qui a généralement des difficultés à effectuer un prélèvement propre) et chez celles qui présentent des hémorragies génitales ou des sécrétions vaginales abondantes. Nombre de médecins réalisent également le prélèvement urinaire par sondage s'ils effectuent un examen pelvi-périnéal. Le diagnostic chez les patients porteurs de cathéters à demeure est traité ailleurs (voir Diagnostic de l'infection urinaire sur cathéter).

Le test, en particulier la culture, doit être effectué dans les 2 heures suivant le prélèvement; sinon le prélèvement doit être réfrigéré.

Analyses d'urine

L'examen microscopique de l'urine est utile mais ne permet pas un diagnostic de certitude. La pyurie est définie par 8 globules blancs/mcL d'urine non centrifugée, qui correspond à 2 à 5 globules blancs/champ à fort grossissement dans le sédiment centrifugé. La plupart des patients réellement infectés ont > 10 globules blancs/mcL. La présence de bactéries en l'absence de pyurie, en particulier lorsque plusieurs souches sont isolées, est habituellement due à une contamination du prélèvement. Une hématurie microscopique est trouvée jusqu'à 50%, mais l'hématurie macroscopique est rare. Les cylindres de GB, pour être différenciés des cylindres tubulaires rénaux doivent être analysés par des colorations spéciales, ne sont le signe que d'une réaction inflammatoire; ils peuvent être présents dans les pyélonéphrites, les glomérulonéphrites et les néphrites tubulo-interstitielles non infectieuses.

Une pyurie en l'absence de bactériurie et d'infection urinaire est possible, p. ex., en cas de lithiase rénale, de tumeur uroépithéliale, d'appendicite ou de maladie intestinale inflammatoire ou si le prélèvement est contaminé par des globules blancs vaginaux. Les femmes qui ont une dysurie et une pyurie sans bactériurie significative peuvent avoir un syndrome de cystite interstitielle/douleur vésicale.

Les bandelettes urinaires sont également fréquemment utilisées. Un test aux nitrites positif sur un prélèvement d'urines émises (la réplication bactérienne dans le récipient rend les résultats peu fiables lorsque le prélèvement n'est pas testé rapidement) est très spécifique des infections urinaires, mais le test est peu sensible. L'estérase leucocytaire détectée par la bandelette est très spécifique afin de détecter la présence > 10 globules blancs/mcL et est assez sensible. Chez la femme adulte qui présente une infection urinaire non compliquée s'accompagnant de symptômes typiques, la plupart des médecins considèrent les tests microscopiques positifs et les tests de bandelette suffisants pour le diagnostic; étant donné les microrganismes pathogènes probables, les cultures ont peu de chances de modifier le traitement mais provoquent un surcoût important.

Les cultures sont recommandées chez les patients dont les caractéristiques et les symptômes évoquent une infection urinaire compliquée ou une indication de traitement de la bactériurie. Les exemples fréquents comprennent:

  • Femmes enceintes

  • Femmes ménopausées

  • Hommes

  • Enfants prépubertaires

  • Patients présentant des anomalies ou une récente instrumentation des voies urinaires

  • Patients présentant une immunodépression ou d'importantes comorbidités

  • Patients dont les symptômes suggèrent une pyélonéphrite ou une septicémie

  • Patients souffrant d'infections urinaires récurrentes ( 3/an)

Les prélèvements contenant un grand nombre de cellules épithéliales sont contaminés et ont peu de chances d'être utiles. Il est nécessaire pour la culture d'avoir un prélèvement non contaminé. La culture d'un prélèvement du matin est la plus susceptible de détecter une infection urinaire. Les prélèvements laissés à température ambiante pendant > 2 heures peuvent donner un nombre de colonies faussement élevé en raison de la prolifération bactérienne. Les critères de positivité d'une culture comprennent l'isolement d'une seule espèce bactérienne à partir du milieu de la miction, un prélèvement d'urine effectué dans des conditions de propreté ou par cathétérisme.

Pour la bactériurie asymptomatique, les critères de positivité des cultures basés sur les lignes directrices de l'Infectious Diseases Society of America (voir Guidelines for the Diagnosis and Treatment of Asymptomatic Bacteriuria in Adults, 2019) sont:

  • Deux prélèvements consécutifs d'urine par la méthode du milieu de jet (chez l'homme, un prélèvement) retrouvant la même souche bactérienne avec un nombre d'unités formant des colonies > 105/mL

  • Chez la femme ou chez l'homme, un prélèvement par cathéter isolant une seule espèce bactérienne avec un nombre d'unités formant des colonies > 102/mL

Chez le patient symptomatique, les critères des cultures sont les suivants

  • Cystite non compliquée chez la femme: > 103/mL

  • Cystite non compliquée chez les femmes: > 102/mL. (Cette quantification peut être envisagée pour améliorer la sensibilité à E. coli.)

  • Pyélonéphrite aiguë non compliquée chez la femme: > 104/mL

  • Infections urinaires compliquées: > 105/mL chez la femme; ou > 104/mL chez l'homme ou à partir d'un prélèvement par cathéter chez la femme

  • Syndrome urétral aigu: > 102/mL d'une espèce bactérienne unique

Tout résultat de culture positif d'un prélèvement obtenu par ponction sus-pubienne de vessie doit être considéré comme un vrai positif, quel que soit le nombre de colonies.

En ce qui concerne l'urine intermédiaire, E. coli dans une flore mixte peut être un véritable agent pathogène (1).

Parfois, une infection urinaire est présente malgré un nombre d'unités formant des colonies inférieur à ces seuils, probablement du fait d'un traitement antibiotique préalable, d'une urine très diluée (poids spécifique < 1,003) ou d'un obstacle à l'écoulement d'une urine très infectée. En cas de résultat positif, le repiquage des cultures améliore la précision du diagnostic, c'est-à-dire, permet de distinguer entre une contamination et un résultat positif. Les nouveaux tests moléculaires d'urine peuvent parfois révéler des pathogènes inhabituels chez les patients présentant une infection urinaire réfractaire ou récidivante.

Localisation d'une infection

La distinction clinique entre une infection urinaire haute et basse est impossible chez de nombreux patients et le test n'est donc pas habituellement recommandé. En cas de fièvre élevée, une sensibilité de la fosse lombaire et une pyurie avec des cylindres, le diagnostic de pyélonéphrite est hautement probable. La meilleure technique non invasive afin de différencier la cystite de la pyélonéphrite semble être la réponse à une antibiothérapie courte. Si l'urine ne s'est pas éclaircie après 3 jours de traitement, une pyélonéphrite doit être recherchée.

Des symptômes analogues à ceux de la cystite et de l'urétrite peuvent se voir au cours d'une vaginite associée à une dysurie lors du passage de l'urine sur les grandes lèvres inflammées. La vaginite se distingue souvent par la présence d'un écoulement vaginal nauséabond et d'une dyspareunie.

Les sujets de sexe masculin qui présentent des symptômes de cystite et ne répondent pas au traitement antimicrobien habituel peuvent avoir une prostatite.

Autres examens

En présence de signes de gravité, un bilan du sepsis, avec NFS, ionogramme, lactate, urée et créatinine sériques ainsi que des hémocultures est nécessaire. Le patient qui a des douleurs ou une défense abdominale est examiné à la recherche d'autres causes d'abdomen aigu.

Les patients qui ont une dysurie/pyurie mais aucune bactériurie doivent subir un examen pour une infection sexuellement transmissible, typiquement en utilisant des tests à base d'acide nucléique des prélèvements de l'urètre et du col utérin (voir Infections à chlamydia: Diagnostic).

La plupart des adultes ne nécessitent pas d'être évalués à la recherche d'anomalies structurelles, à moins que les événements suivants ne se produisent:

  • Le patient présente 2 épisodes de pyélonéphrite.

  • Les infections sont compliquées.

  • Une lithiase rénale est suspectée.

  • Il y a une hématurie macroscopique indolore ou une nouvelle insuffisance rénale.

  • La fièvre persiste 72 heures.

L'imagerie urinaire comprend une échographie, une TDM et une urographie intraveineuse. Parfois, une urétrocystographie mictionnelle, une urétrographie rétrograde ou une cystoscopie sont justifiées. Les investigations urologiques ne sont pas systématiquement nécessaires chez la femme présentant des cystites symptomatiques ou asymptomatiques récidivantes, car cela ne modifiera pas leur traitement. Les enfants qui ont une infection urinaire doivent souvent subir une imagerie.

Référence pour le diagnostic

  1. 1. Hooton TM, Roberts PL, Cox ME, et al: Voided midstream urine culture and acute cystitis in premenopausal women. N Engl J Med 369(20):1883-1891, 2013. doi: 10.1056/NEJMoa1302186

Traitement des infections urinaires béctériennes

  • Antibiotiques

  • Occasionnellement la chirurgie (p. ex., pour drainer un abcès, corriger des anomalies structurelles sous-jacentes ou soulager l'obstruction)

Toutes les formes symptomatiques d'infection urinaire bactérienne nécessitent des antibiotiques. En cas de dysurie gênante, la phénazopyridine permet de contrôler les symptômes jusqu'à ce que les antibiotiques fassent effet (habituellement en 48 heures).

Le choix de l'antibiotique doit être fondé sur l'anamnèse allergique et de compliance du patient, les profils de résistance locaux (si connus), la disponibilité et le coût des antibiotiques, et la tolérance du patient au risque d'échec du traitement. La propension à induire une résistance aux antibiotiques doit également être envisagée. Quand une culture d'urine est effectuée, le choix de l'antibiotique sera modifié lorsque les résultats de la culture et de l'antibiogramme seront disponibles au profit du médicament efficace ayant le spectre le plus étroit contre l'agent pathogène identifié.

La correction chirurgicale est généralement nécessaire en cas d'uropathie obstructive, d'anomalie anatomique et d'atteinte neurologique du tractus génito-urinaire telle qu'une compression de la moelle épinière. Le drainage des urines en cas de pathologie obstructive aide à contrôler rapidement les infections urinaires. Parfois, en cas d'abcès cortical ou périrénal, le drainage chirurgical est nécessaire. En cas d'infection urinaire, il est nécessaire d'éviter, dans la mesure du possible, toute procédure instrumentale sur le bas appareil urinaire. La stérilisation des urines avant un geste instrumental sur les voies urinaires, suivie d'une antibiothérapie pendant 3 à 7 jours, peut prévenir la survenue d'un urosepsis potentiellement létal.

Urétrite

Le patient sexuellement actif qui présente des symptômes d'urétrite est habituellement traité de manière probabiliste pour les infections sexuellement transmissibles en attendant les résultats des examens. Un protocole classique comprend la ceftriaxone 500 mg IM plus de l'azithromycine 2 g par voie orale 1 fois ou de la doxycycline 100 mg par voie orale 2 fois/jour pendant 7 jours. Les partenaires sexuels des derniers 60 jours doivent être traités. Les hommes chez qui une urétrite a été diagnostiquée doivent être testés à la recherche du VIH et d'une syphilis conformément aux STI Treatment Guidelines des Centers for Disease Control and Prevention de 2021.

Cystite

Le traitement de première ligne d'une cystite non compliquée chez les patients qui n'ont pas de facteurs de risque de microrganisme Gram négatif multirésistant est la nitrofurantoïne 100 mg par voie orale 2 fois/jour pendant 5 jours (elle est contre-indiquée si la clairance de la créatinine est < 60 mL/min), le triméthoprime/sulfaméthoxazole (TMP/SMX) 160/800 mg par voie orale 2 fois/jour pendant 3 jours, ou la fosfomycine 3 g par voie orale 1 fois. Des choix moins recommandés comprennent un antibiotique fluoroquinolone ou une bêta-lactamine. Si la cystite récidive dans un délai d'une semaine ou deux, un antibiotique à plus large spectre (p. ex., une fluoroquinolone) peut être utilisé et l'urine doit être mise en culture.

La cystite compliquée doit être traitée par des antibiotiques à large spectre empiriques choisis en fonction des agents pathogènes locaux et des profils de résistance et ajusté en fonction des résultats de culture. Les anomalies des voies urinaires doivent également être prises en charge.

Syndrome urétral aigu

Le diagnostic est clinique et est basé sur les résultats de la culture:

  • Les femmes qui présentent une dysurie, une pyurie, et une croissance de colonies de > 102/mL d'une seule espèce bactérienne à la culture d'urine peuvent être traitées comme pour une cystite non compliquée.

  • Une infection sexuellement transmissible doit être recherchée chez les femmes qui ont une dysurie et une pyurie sans bactériurie (dont la recherche de N. gonorrhoeae et C. trachomatis).

  • Les femmes qui ont une dysurie mais ni pyurie ni bactériurie n'ont pas de véritable syndrome urétral. Des causes non infectieuses de dysurie doivent être recherchées. L'évaluation peut comprendre des essais thérapeutiques, p. ex., de traitements comportementaux (p. ex., le biofeedback et la relaxation de la musculature pelvienne), la chirurgie (pour une sténose urétrale) et les médicaments (p. ex., remplacement d'hormone pour une urétrite atrophique suspectée, les anesthésiques, les antispasmodiques).

Bactériurie asymptomatique

Typiquement, la bactériurie asymptomatique du diabétique, de la personne âgée ou du porteur chronique d'une sonde vésicale à demeure ne doit pas être traitée. Cependant, les causes traitables chez les patients à risque de complications d'une bactériurie asymptomatique (voir Infections urinaires: dépistage) doivent être traitées et ils doivent recevoir des antibiotiques comme pour la cystite. Chez les femmes enceintes, seuls quelques antibiotiques peuvent être utilisés en toute sécurité. Les bêta-lactamines, sulfamides et nitrofurantoïnes oraux sont considérés comme sûrs au début de la grossesse, mais le triméthoprime doit être évité au cours du 1er trimestre et le sulfaméthoxazole doit être évité au cours du 3e trimestre, en particulier à l'approche du terme. Les patients qui ont des problèmes obstructifs intraitables (p. ex., des calculs, un reflux) peuvent nécessiter une thérapie de suppression à long terme.

Pyélonéphrite aiguë

Les antibiotiques sont nécessaires. Le traitement ambulatoire par des antibiotiques oraux est possible si tous les critères suivants sont satisfaits:

  • Les patients doivent être compliants

  • Les patients sont immunocompétents

  • Les patients n'ont pas de nausées ou de vomissements ou de déplétion volumique ou de septicémie

  • Les patients ne présentent aucun facteur suggérant une infection urinaire compliquée

La ciprofloxacine 500 mg par voie orale 2 fois/jour pendant 7 jours ou la lévofloxacine 750 mg par voie orale 1 fois/jour pendant 5-7 jours sont des antibiotiques de 1re ligne si < 10% des pathogènes urinaires en ville y sont résistants. Une 2e option est généralement le triméthoprime/sulfaméthoxazole (TMP/SMX) 160/800 mg par voie orale 2 fois/jour pendant 14 jours (1). Cependant, les profils de sensibilité locaux doivent être pris en compte car, dans certaines parties des États-Unis, > 20% des E. coli sont résistants aux sulfamides.

Les patients non éligibles au traitement ambulatoire doivent être hospitalisés et traités par voie parentérale, en fonction des modèles de sensibilité locale. Les antibiotiques de première ligne sont généralement les fluoroquinolones telles que la ciprofloxacine et la lévofloxacine excrétées par voie rénale. D'autres choix possibles tels que l'ampicilline, plus la gentamicine, l'aminoglycoside plazomicine (2), les céphalosporines à large spectre (p. ex., la ceftriaxone, le céfotaxime, le céfépime), aztréonam, l'association bêta-lactamine/inhibiteur de bêta-lactamase (ampicilline/sulbactam, ticarcilline/acide clavulanique, pipéracilline/tazobactam), et imipénème/cilastatine sont généralement réservés au patient présentant des pyélonéphrites plus compliquées (p. ex., obstruction, calculs, bactéries résistantes, infections nosocomiales) ou en cas de manœuvre instrumentale récente des voies urinaires.

Le traitement parentéral est poursuivi jusqu'à la défervescence et l'apparition d'autres signes cliniques d'amélioration. Chez > 80% des patients, les symptômes s'améliorent en 72 heures. Le traitement oral peut ensuite être débuté et le patient peut sortir et continuer son traitement pendant 7-14 jours. Les cas compliqués nécessitent une antibiothérapie IV prolongée sur une durée totale de 2 à 3 semaines, de même qu'un traitement urologique étiologique des anomalies anatomiques.

Une prise en charge ambulatoire peut être envisagée chez les femmes enceintes qui présentent une pyélonéphrite, mais seulement si les symptômes sont légers, un suivi strict est disponible, et (de préférence) si la grossesse est < 24 semaines de gestation. Le traitement ambulatoire repose sur les céphalosporines. Sinon, les antibiotiques IV de 1ère ligne comprennent les céphalosporines, l'aztréonam ou l'ampicilline plus la gentamicine. En cas de pyélonéphrite sévère, les possibilités comprennent la pipéracilline/tazobactam ou le méropénème. Les fluoroquinolones et le TMP (triméthoprime)/SMX (sulfaméthoxazole) doivent être évités. Les récidives étant fréquentes, certains experts recommandent une prophylaxie après résolution de l'infection aiguë par la nitrofurantoïne 100 mg par voie orale ou la céphalexine 250 mg par voie orale tous les soirs pendant le reste de la grossesse et pendant 4 à 6 semaines après la grossesse.

Références pour le traitement

  1. 1. Gupta K, Hooton TM, Naber KG, et al: International clinical practice guidelines for the treatment of acute uncomplicated cystitis and pyelonephritis in women: A 2010 update by the Infectious Diseases Society of America and the European Society for Microbiology and Infectious Diseases. Clin Infect Dis52(5):e103-120, 2011. doi: 10.1093/cid/ciq257

  2. 2. Wagenlehner FME, Cloutier DJ, Komirenko AS, et al: Once-daily plazomicin for complicated urinary tract infections. N Engl J Med  380(8):729-740, 2019. doi: 10.1056/NEJMoa1801467

Prévention des infections urinaires bactériennes

Chez la femme présentant une infection urinaire récidivante, l'examen clinique doit comprendre un examen pelvien pour détecter des pathologies curables, telles qu'une atrophie vulvovaginale, un diverticule urétral, une incontinence fécale et un prolapsus vaginal. Les hommes qui ont des infections urinaires récidivantes doivent être évalués à la recherche d'une prostatite, d'une urétrite et d'une vidange incomplète de la vessie.

Chez les femmes qui ont 3 infections urinaires/an, des mesures comportementales sont recommandées, notamment augmenter les apports hydriques, éviter les spermicides et les diaphragmes, ne pas retarder la miction, s'essuyer d'avant vers l'arrière après les selles, éviter les irrigations vaginales, et uriner immédiatement après les rapports sexuels. Si ces techniques sont inefficaces, une prophylaxie antibiotique doit être envisagée. Les options habituelles sont une prophylaxie continue et post-coïtale.

L'utilisation de produits à base de canneberge, en plus d'autres mesures comportementales, peut être considérée comme une autre stratégie pour prévenir la cystite récidivante. Cette approche est basée sur des preuves qui suggèrent que les produits à base de canneberge peuvent diminuer la fréquence des cystites simples ainsi que chez les sujets qui ont subi une intervention sur la vessie (1). Cependant, une évaluation plus poussée est nécessaire dans des essais contrôlés randomisés bien conçus pour clarifier précisément qui tirerait profit des produits à base de canneberge.

La prophylaxie continue commence généralement par un essai de 6 mois. Si l'infection urinaire récidive après 6 mois de traitement prophylactique, la prophylaxie peut être réintroduite pendant 2 ou 3 ans. Le choix de l'antibiotique dépend des profils de sensibilité des infections antérieures. Les options habituelles sont le TMP (triméthoprime)/SMX (sulfaméthoxazole) 40/200 mg par voie orale 1 fois/jour ou 3 fois/semaine, la nitrofurantoïne 50 ou 100 mg par voie orale 1 fois/jour, la céphalexine 125 à 250 mg par voie orale 1 fois/jour, et la fosfomycine 3 g par voie orale toutes les 10 jours. Les fluoroquinolones sont efficaces mais ne sont généralement pas recommandées parce que la résistance est en augmentation. De plus, les fluoroquinolones sont contre-indiquées chez la femme enceinte et l'enfant. La nitrofurantoïne est contre-indiqué en cas de clairance de la créatinine < 60 mL/min. L'utilisation à long terme peut rarement causer des lésions des poumons, du foie et du système nerveux. La méthénamine s'est avérée efficace dans la prévention des infections urinaires chez les personnes âgées qui ont une CrCl > 30 mL/min (2).

La prophylaxie post-coïtale chez la femme peut être plus efficace si les infections urinaires sont chronologiquement associées aux rapports sexuels. Habituellement, une dose unique de l'un des antibiotiques utilisés pour la prophylaxie continue (autre que la fosfomycine) est efficace.

La contraception est recommandée chez la femme utilisant une fluoroquinolone, car ces médicaments sont potentiellement nocifs pour le fœtus. Bien que les antibiotiques puissent semble-t-il diminuer l'efficacité des contraceptifs oraux, les études pharmacocinétiques n'ont pas montré d'effet significatif ou cohérent. Néanmoins, certains experts continuent de recommander à la femme sous contraception orale d'utiliser des contraceptifs de barrière pendant la prise d'antibiotiques.

Chez la femme enceinte, la prévention efficace des infections urinaires repose sur les mêmes mesures que celles utilisées chez les autres femmes, y compris les mesures de prévention postcoïtales. Les patientes cibles de cette prévention sont celles qui ont présenté une pyélonéphrite aiguë pendant la grossesse, les patientes ayant présenté > 1 épisode (malgré le traitement) d'infection urinaire ou une bactériurie pendant la grossesse et les patientes qui doivent suivre une prophylaxie à cause d'infections urinaires récurrentes avant la grossesse.

L'antibioprophylaxie chez la femme ménopausée est la même que celle décrite précédemment. En outre, les œstrogènes par voie topique réduisent de manière importante l'incidence des infections urinaires récidivantes chez les patientes qui présentent une vaginite atrophique ou urétrite atrophique.

Références pour la prévention

  1. 1. Jepson RG, Williams G, Craig JC: Cranberries for preventing urinary tract infections. Cochrane Database Syst Rev 10(10);CD001321, 2012. doi: 10.1002/14651858.CD001321.pub5

  2. 2. Chwa A, Kavanagh K, Linnebur ASA, et al: Evaluation of methenamine for urinary tract infection prevention in older adults: A review of the evidence. Ther Adv Drug Saf 2019. v.10. doi: 10.1177/2042098619876749

Points clés

  • Les causes les plus fréquentes d'infections urinaires bactériennes et d'infections urinaires globalement sont E. coli et d'autres entérobactéries Gram négatives.

  • Ne pas tester ou traiter la bactériurie asymptomatique, sauf chez les femmes enceintes, les patients immunodéprimés, ou avant une procédure urologique invasive.

  • En général, ECBU en cas de suspicion d'infection urinaire compliquée, mais pas en cas de cystite.

  • Tester les patients à la recherche d'anomalies structurelles en cas d'infections récidivantes ou compliquées, si une lithiase rénale est suspectée, en cas d'hématurie indolore ou d'insuffisance rénale récente, ou en cas de fièvre persistant 72 heures.

  • Le cas échéant, tenir compte des profils de résistance locaux lors du choix d'un traitement antibiotique d'une infection urinaire.

  • Dans le cas des femmes qui font 3 infections urinaires/an en dépit des mesures prophylactiques comportementales, envisager une antibioprophylaxie continue ou post-coïtale.

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