Un individu sain vit en harmonie avec la flore microbienne qui le protège de l'invasion par des germes pathogènes, habituellement définis comme des microrganismes qui ont la capacité de déclencher une maladie. La flore microbienne, principalement bactérienne et fongique, comprend la flore résidante normale qui est systématiquement présente et se reforme rapidement en cas de destruction, et la flore transitoire qui peut coloniser un hôte pendant des heures voire des semaines, mais qui ne s'installe pas définitivement. Les microrganismes de la flore normale peuvent parfois déclencher une maladie, en particulier en cas d'altération des défenses de l'hôte.
Les tropismes (phénomènes d'attraction vers certains tissus), déterminent les sites de l'organisme colonisés par les microrganismes. La flore normale est influencée par les tropismes ainsi que par nombre d'autres facteurs (p. ex., régime alimentaire, hygiène, conditions sanitaires, pollution de l'air). Par exemple, les lactobacillus sont fréquents dans l'intestin des personnes dont le régime est riche en produits lactés; Haemophilus influenzae colonise l'arbre trachéobronchique en cas de BPCO (bronchopneumopathie chronique obstructive). Par conséquent, les différents habitats du corps contiennent des communautés microbiennes qui constituent des microbiomes qui diffèrent par une composition et une fonction microbienne particulières.
