Infections mycobactériennes non tuberculeuses

ParMichael Croix, MD, University of Rochester Medical Center
Reviewed ByChristina A. Muzny, MD, MSPH, Division of Infectious Diseases, University of Alabama at Birmingham
Vérifié/Révisé Modifié févr. 2026
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Il existe plus de 190 espèces reconnues de mycobactéries, principalement trouvées dans l'environnement physique plutôt que chez l'homme (1). De nouvelles espèces et infections sont régulièrement signalées. (Voir aussi Tuberculose.) Beaucoup de ces microrganismes sont ubiquitaires dans le sol, la poussière et l'eau.

Des mycobactéries autres que Mycobacterium tuberculosis peuvent être des pathogènes humains, mais elles sont beaucoup moins virulentes chez l'humain que M. tuberculosis et, par conséquent, la plupart des expositions ne provoquent pas d'infection et de nombreuses infections n'entraînent pas de maladie. Les infections par ces microrganismes ont été appelées infections atypiques, environnementales et à mycobactéries non tuberculeuses.

L'apparition d'une maladie causée par des infections à mycobactéries non tuberculeuses nécessite généralement un défaut des défenses immunitaires locales ou systémiques de l'hôte. Les sujets les plus à risque sont ceux atteints d'une pathologie pulmonaire chronique (notamment la mucoviscidose, les bronchectasies de causes autres que la mucoviscidose et la broncho-pneumopathie chronique obstructive), les personnes infectées par le VIH, les personnes âgées fragiles et les patients immunodéprimés, mais d'autres personnes présentant une immunodépression moins évidente peuvent développer une maladie progressive (2).

Les infections par des mycobactéries non tuberculeuses sont généralement non transmissibles (c'est-à-dire, qu'elles sont habituellement contractées dans l'environnement plutôt que par contact avec des personnes infectées), ce ne sont donc pas des maladies à déclaration obligatoire dans la plupart des États aux États-Unis, et il est difficile de déterminer avec précision l'incidence de l'infection par des mycobactéries non tuberculeuses. En outre, l'isolement d'un microrganisme mycobactérien non tuberculeux à partir d'un échantillon de liquide ou de tissu ne signifie pas nécessairement qu'il est la cause de la maladie.

Néanmoins, le nombre de patients présentant une infection par des mycobactéries non tuberculeuses qui nécessite un traitement semble être en augmentation. On ne sait pas quelle proportion de cette augmentation apparente est due à une meilleure prise en compte et à l'amélioration des tests diagnostiques et quelle part correspond à une augmentation réelle de l'incidence de l'infection (3). Une plus longue survie des patients atteints de mucoviscidose et d'autres patients atteints de maladies pulmonaires prédisposantes peut aussi constituer un facteur dans cette situation. Les mycobactéries non tuberculeuses étant plutôt résistantes aux taux habituels de chlore présents dans l'eau de distribution publique (4), une plus grande exposition aux aérosols d'eau lors des douches, par des vaporisateurs d'eau, ou par les rideaux d'eau décoratifs pourrait jouer un rôle. Le changement climatique peut également jouer un rôle car un climat plus chaud et plus humide étend les zones que les microrganismes mycobactériens non tuberculeux peuvent occuper. À l'échelle mondiale, la prévalence des mycobactéries non tuberculeuses dans les prélèvements cliniques et les sources environnementales est très diverse sur le plan géographique. Aux États-Unis, les climats méridionaux plus chauds et plus humides présentent généralement plus d'isolats de mycobactéries non tuberculeuses que les climats plus froids et plus secs du Nord.

Le complexe Mycobacterium avium (MAC) comprend deux espèces étroitement apparentées, M. avium et M. intracellulare, et est responsable de la plupart des maladies dues aux mycobactéries non tuberculeuses, mais M. abscessus devient de plus en plus fréquent mondialement (5). D'autres espèces responsables de maladies à mycobactéries non tuberculeuses sont M. kansasii, M. xenopi, M. marinum, M. ulcerans, M. fortuitum et M. chelonae (M. fortuitum et M. chelonae sont apparentées à M. abscessus). Bien que la transmission interhumaine de la plupart des infections par des mycobactéries non tuberculeuses ne soit généralement pas observée, M. abscessus peut être transmis chez les patients atteints de mucoviscidose.

Les poumons sont le site le plus fréquent d'infection à mycobactéries non tuberculeuses; la plupart de ces infections pulmonaires sont causées par le MAC mais peuvent aussi être causées par M. kansasii, M. xenopi, ou M. abscessus. Les ganglions lymphatiques, les os et les articulations, la peau et les plaies sont d'autres sites pouvant être infectés. Ces organismes sont généralement résistants aux médicaments anti-tuberculeux (à l'exception de M. kansasii et M. xenopi).

Le diagnostic des infections à mycobactéries non tuberculeuses est généralement effectué par colorations de bacilles acido-résistants et culture d'échantillons de liquides ou de tissus. Bien que des tests d'amplification des acides nucléiques existent pour les mycobactéries non tuberculeuses les plus fréquentes, aux États-Unis, l'identification des espèces est de plus en plus souvent effectuée dans les laboratoires de santé publique des États par séquençage génique et d'autres méthodes telles que la spectrométrie de masse.

Les infections à mycobactéries non tuberculeuses sont au mieux prises en charge par un spécialiste ayant une expérience particulière dans ce domaine.

Références générales

  1. 1. Matsumoto Y, Kinjo T, Motooka D, et al. Comprehensive subspecies identification of 175 nontuberculous mycobacteria species based on 7547 genomic profiles. Emerg Microbes Infect. 2019;8(1):1043-1053. doi:10.1080/22221751.2019.1637702

  2. 2. Floto RA, Olivier KN, Saiman L, et al. US Cystic Fibrosis Foundation and European Cystic Fibrosis Society consensus recommendations for the management of non-tuberculous mycobacteria in individuals with cystic fibrosis. Thorax. 2016;71 Suppl 1(Suppl 1):i1-i22. doi:10.1136/thoraxjnl-2015-207360

  3. 3. Prevots DR, Marshall JE, Wagner D, Morimoto K. Global Epidemiology of Nontuberculous Mycobacterial Pulmonary Disease: A Review. Clin Chest Med. 2023;44(4):675-721. doi:10.1016/j.ccm.2023.08.012

  4. 4. Norton GJ, Williams M, Falkinham JO 3rd, Honda JR. Physical measures to reduce exposure to tap water-associated nontuberculous mycobacteria. Front Public Health. 2020;8:190. doi:10.3389/fpubh.2020.00190

  5. 5. Pereira JV, Wong CYX, Sng LH, Low JGH, Ng DHL. Longitudinal epidemiology of pulmonary nontuberculous mycobacteria and tuberculosis in Singapore (2006-2024): Emerging dominance of Mycobacterium abscessusInt J Infect Dis. Published online September 10, 2025. doi:10.1016/j.ijid.2025.108054

Maladie pulmonaire

Un scénario clinique fréquent d'infection par le complexe Mycobacterium avium (MAC) survient chez des femmes blanches immunocompétentes, d'âge moyen ou âgées, qui ont un IMC bas et présentant des bronchiectasies du lobe moyen, une scoliose, un thorax en entonnoir ou un prolapsus de la valve mitrale. Cette population de patientes présente classiquement une toux chronique non productive sans autres anomalies pulmonaires. Ce tableau est souvent appelé syndrome de Lady Windermere et sa fréquence semble augmenter, en particulier chez les femmes des pays riches en ressources. Les raisons de cette augmentation ne sont pas entièrement comprises, mais elle pourrait être due à l'ubiquité des mycobactéries non tuberculeuses dans l'environnement et à une vulnérabilité accrue de l'hôte. Ces deux facteurs entraînent des taux d'infection plus élevés chez des personnes sans maladie pulmonaire préalable, en particulier chez les femmes âgées immunocompétentes (1). Le profil observé dans le syndrome de Lady Windermere semble également avoir été signalé de manière fortuite chez quelques hommes âgés.

Mycobacterium avium complex (MAC) provoque également une maladie pulmonaire chez l'homme blanc d'âge moyen ou plus âgé ayant des antécédents pulmonaires, tels qu'une bronchite chronique, un emphysème, une tuberculose guérie, une bronchectasie ou une silicose.

Le fait que MAC provoque une bronchectasie ou que la bronchectasie entraîne un MAC n'est pas toujours évident chez un patient donné; les deux phénomènes se produisent.

Une autre population importante sujette à l'infection à mycobactéries non tuberculeuses est celle des patients qui ont une mucoviscidose. Du fait d'une meilleure prise en charge de la mucoviscidose, les patients vivent plus longtemps et sont donc plus susceptibles de développer des complications telles que les maladies dues à des mycobactéries non tuberculeuses.

Les symptômes courants sont la toux et l'expectoration, souvent associées à la fatigue, à la perte de poids et à la fièvre modérée. L'évolution peut être lentement progressive ou être stable pendant de longues périodes. Une insuffisance respiratoire et une hémoptysie persistante peuvent se développer.

Les infiltrats fibronodulaires sur les radiographies de thorax ressemblent à ceux de la tuberculose pulmonaire, mais les cavernes sont généralement à parois minces et l'épanchement pleural est rare. Les infiltrats sous forme "d'arbres en fleurs" visibles sur la radiographie de thorax sont également caractéristiques de la maladie due aux Mycobacterium avium complex (MAC).

L'examen et la culture des expectorations sont effectués pour diagnostiquer l'infection à MAC et la distinguer de la tuberculose.

L'antibiogramme peut être utile pour certains microrganismes/associations médicamenteuses, mais ne peut être effectué que dans des laboratoires très spécialisés. Pour Mycobacterium avium complex, la sensibilité à la clarithromycine est un facteur prédictif de la réponse thérapeutique.

Le traitement de la maladie pulmonaire chez l'adulte est adapté à l'espèce de mycobactérie non tuberculeuse spécifique, à la gravité de la maladie et aux résultats de l'antibiogramme (2). Un protocole à 3 médicaments, comprenant généralement de l'azithromycine ou de la clarithromycine, de la rifampicine ou de la rifabutine, et de l'éthambutol, est recommandé, parfois accompagné d'amikacine ou de streptomycine par voie parentérale. Le traitement doit se poursuivre pendant au moins 12 mois après la négativation des cultures. En raison de la longue durée du traitement, l'observance et les effets indésirables potentiels (notamment les interactions médicamenteuses) doivent être pris en compte dans les décisions de prise en charge. Le traitement de la maladie pulmonaire (généralement due au MAC) dépend de la gravité clinique.

Dans le cas de formes nodulaires ou bronchiectasiques non cavitaires dues au MAC, l'administration orale d'azithromycine 500 mg, d'éthambutol 25 mg/kg et de rifampicine 600 mg 3 fois/semaine est un schéma thérapeutique acceptable (2).

Pour une maladie bronchiectasique sévère ou cavitaire due à une infection à MAC avec des frottis et des cultures d'expectoration positifs, la clarithromycine 500 mg par voie orale 2 fois/jour ou l'azithromycine 250 à 500 mg par voie orale 1 fois/jour, la rifampicine 600 mg ou la rifabutine 5 mg/kg (300 mg) par voie orale 1 fois/jour, et l'éthambutol 15 mg/kg par voie orale 1 fois/jour (ou 25 mg/kg 3 fois/semaine) doivent être utilisés pendant 12 à 18 mois ou jusqu'à ce que les cultures soient négatives pendant 12 mois (2).

Dans le cas des patients présentant une infection pulmonaire à MAC persistante malgré 6 mois de traitement, l'ajout d'une suspension pour inhalation de liposomes d'amikacine, si elle est disponible, ou d'amikacine inhalée doit être effectué (2). Dans le cas des patients présentant une infection par le MAC résistante aux macrolides ou une maladie pulmonaire cavitaire, de l'amikacine ou de la streptomycine parentérale doit être ajoutée au protocole initial pendant 2 à 3 mois.

Les infections par M. kansasii et M. xenopi répondent à l'isoniazide, à la rifabutine et à l'éthambutol, avec ou sans streptomycine ou clarithromycine, administrés pendant 18 à 24 mois.

La maladie pulmonaire à complexe M. abscessus est particulièrement difficile à traiter car certaines sous-espèces sont résistantes aux macrolides. Le traitement nécessite 3 à 4 antibiotiques ayant une activité déterminée par des antibiogrammes. Le traitement peut comprendre une association d'amikacine, d'imipénème/cilastatine, de céfoxitine, de clofazimine, de linézolide, de bédaquiline ou d'omadacycline.

Toutes les mycobactéries non tuberculeuses sont résistantes au pyrazinamide.

L'exérèse pulmonaire chirurgicale est recommandée dans des cas exceptionnels de maladie bien localisée chez un patient jeune et par ailleurs en bon état général.

Références pour les maladies pulmonaires

  1. 1. Parvathaneni A, Malempati SC. Lady Windermere Syndrome: Unravelling an Older Lady's Nightmare. Cureus. 2023;15(10):e47601. Published 2023 Oct 24. doi:10.7759/cureus.47601

  2. 2. Daley CL, Iaccarino JM, Lange C, et al. Treatment of Nontuberculous Mycobacterial Pulmonary Disease: An Official ATS/ERS/ESCMID/IDSA Clinical Practice Guideline. Clin Infect Dis. 2020;71(4):905-913. doi:10.1093/cid/ciaa1125

Lymphadénite

Chez l'enfant âgé de 1 à 5 ans, les lymphadénites chroniques cervicales sous-maxillaires et sous-mandibulaires sont fréquemment dues aux souches des Mycobacterium avium complex ou à M. scrofulaceum. Elle est probablement contractée par ingestion orale de mycobactéries non tuberculeuses présentes dans le sol ou l'eau.

Le diagnostic est établi habituellement par une biopsie-exérèse.

Habituellement, l'exérèse constitue un traitement adéquat et une chimiothérapie peut ne pas être requise; cependant, des antibiotiques (p. ex., des macrolides) peuvent être nécessaires dans les cas récurrents ou récalcitrants (1).

Référence concernant la lymphadénite

  1. 1. Mandell DL, Wald ER, Michaels MG, Dohar JE. Management of nontuberculous mycobacterial cervical lymphadenitis. Arch Otolaryngol Head Neck Surg. 2003;129(3):341-344. doi:10.1001/archotol.129.3.341

Maladie cutanée

Le granulome des piscines ou granulome d'aquarium est une maladie granulomateuse ulcéreuse superficielle prolongée, mais spontanément résolutive, habituellement due à M. marinum et contractée, par exemple, en nageant dans une piscine contaminée ou en nettoyant un aquarium domestique. M. ulcerans et M. kansasii sont parfois impliqués.

Les lésions érythémateuses qui s'agrandissent et deviennent des nodules violacés se produisent le plus fréquemment sur les membres supérieurs ou les genoux.

La guérison peut être spontanée, mais la minocycline ou la doxycycline de 100 à 200 mg par voie orale 1 fois/jour, la clarithromycine 500 mg par voie orale 2 fois/jour, ou la rifampicine plus l'éthambutol pendant 3 à 6 mois ont été efficaces contre M. marinum.

L'ulcère de Buruli (également connu sous le nom d'ulcère de Bairnsdale ou de Daintree) est causé par M. ulcerans et se produit dans les zones rurales de > 30 pays tropicaux et subtropicaux; la plupart des cas se produisent en Afrique de l'Ouest et du Centre, et des zones de la province de Victoria, en Australie, ont connu une augmentation des cas (1). Il commence par un nodule indolore sous-cutané, une grande zone d'induration indolore, ou un gonflement indolore diffus des jambes, des bras, ou du visage. L'infection évolue jusqu'à causer des destructions importantes de la peau et des tissus mous; de grands ulcères peuvent se former sur les jambes ou les bras. La guérison peut entraîner une rétraction sévère, des cicatrices et une difformité.

Pour le diagnostic, des méthodes moléculaires telles que le test de réaction en chaîne par polymérase doivent être réalisées.

L'OMS recommande 8 semaines d'une association 1 fois/jour de rifampicine 10 mg/kg par voie orale et de streptomycine 15 mg/kg IM ou de clarithromycine 7,5 mg/kg par voie orale (de préférence pendant la grossesse), ou de moxifloxacine 400 mg par voie orale. Cependant, la streptomycine est problématique car elle est parentérale et toxique. L'OMS indique qu'une étude suggère que l'association de la rifampicine (10 mg/kg 1 fois/jour) et de la clarithromycine (7,5 mg/kg 2 fois/jour) est le traitement recommandé (2). Un essai randomisé en cours évalue si l'ajout d'amoxicilline/acide clavulanique à ce protocole offre une meilleure efficacité et une meilleure tolérance (3).

Références pour les infections cutanées

  1. 1. Ravindran B, Hennessy D, O'Hara M, et al. Epidemiology of Buruli Ulcer in Victoria, Australia, 2017-2022. Emerg Infect Dis. 2025;31(3):448-457. doi:10.3201/eid3103.240938

  2. 2. World Health Organization (WHO): Buruli ulcer (Mycobacterium ulcerans infection). January 12, 2023. Accessed October 2, 2025.

  3. 3. ClinicalTrials.gov. Beta-Lactam Containing Regimen for the Shortening of Buruli Ulcer Disease Therapy (BLMs4BU). December 1, 2021. Accessed October 29, 2025.

Infections des plaies et par les corps étrangers

Les mycobactéries non tuberculeuses forment des biofilms; elles peuvent survivre dans les systèmes d'alimentation en eau dans les établissements résidentiels, de bureaux et de santé. Elles sont difficiles à éradiquer par les pratiques de décontamination courantes (p. ex., utilisant du chlore, des organomercuriels ou du glutaraldéhyde alcalin).

Les mycobactéries non tuberculeuses à croissance rapide (complexe M. fortuitum, M. chelonae, complexe M. abscessus) peuvent provoquer des épidémies d'infections nosocomiales, habituellement dues à l'injection de solutions contaminées, à la contamination des plaies par de l'eau non stérile, à l'utilisation d'instruments contaminés ou à l'implantation de dispositifs médicaux contaminés. Ces infections peuvent également se développer après des procédures cosmétiques, l'acupuncture ou le tatouage. M. fortuitum complex a causé des infections sévères des plaies pénétrantes des yeux et de la peau (en particulier des pieds), dans les tatouages et chez les patients recevant des matériaux contaminés (p. ex., valvules cardiaques porcines, prothèses mammaires, cire osseuse).

Aux États-Unis, des épidémies d'infection à M. abscessus se sont produites en Géorgie (2015) et en Californie (2016). Ces épidémies sont survenues chez les enfants lorsque de l'eau contaminée par du biofilm de M. abscessus a été utilisée pendant une pulpotomie (une intervention dentaire); une infection grave est survenue.

Le traitement nécessite habituellement le débridement extensif et l'ablation du matériel étranger.

Plusieurs médicaments se sont montrés efficaces lorsqu'ils ont été utilisés pour le traitement d'infections cutanées et des tissus mous par des mycobactéries non tuberculeuses (1, 2). Les médicaments utiles comprennent:

  • Imipénème 1 g IV toutes les 6 heures

  • Lévofloxacine 500 mg IV ou par voie orale 1 fois/jour

  • Clarithromycine 500 mg par voie orale 2 fois/jour

  • Triméthoprime/sulfaméthoxazole 1 comprimé double par voie orale 2 fois/jour

  • Doxycycline 100 à 200 mg par voie orale 1 fois/jour

  • Céfoxitine 2 g IV toutes les 6-8 heures

  • Amikacine 10 à 15 mg/kg IV 1 fois/jour

Une association thérapeutique d'au moins 2 médicaments qui ont une activité in vitro est recommandée. La durée du traitement est en moyenne de 24 mois et peut être plus longue si le corps étranger infecté reste dans le corps. L'amikacine est généralement incluse pendant les 3 à 6 premiers mois de traitement.

Les infections dues à M. abscessus et M. chelonae sont habituellement résistantes à la plupart des antibiotiques (y compris les macrolides), se sont révélées extrêmement difficiles, voire impossibles à guérir, et doivent être confiées à un spécialiste expérimenté (3).

Références sur les infections des plaies et par les corps étrangers

  1. 1. Shulha JA, Escalante P, Wilson JW. Pharmacotherapy Approaches in Nontuberculous Mycobacteria Infections. Mayo Clin Proc. 2019;94(8):1567-1581. doi:10.1016/j.mayocp.2018.12.011

  2. 2. Griffith DE, Aksamit T, Brown-Elliott BA, et al. An official ATS/IDSA statement: diagnosis, treatment, and prevention of nontuberculous mycobacterial diseases. Am J Respir Crit Care Med. 2007;175(4):367-416. doi:10.1164/rccm.200604-571ST

  3. 3. Nguyen TQ, Heo BE, Jeon S, et al. Exploring antibiotic resistance mechanisms in Mycobacterium abscessus for enhanced therapeutic approaches. Front Microbiol. 2024;15:1331508. Published 2024 Feb 6. doi:10.3389/fmicb.2024.1331508

Maladie disséminée

Le complexe Mycobacterium avium (MAC) entraîne fréquemment une maladie disséminée chez les patients atteints d'une infection par le VIH avancée et parfois chez ceux présentant d'autres états d'immunodépression, notamment la transplantation d'organes et la leucémie à tricholeucocytes. Chez les patients atteints d'une infection avancée par le VIH, l'infection disséminée à Mycobacterium avium complex (MAC) est habituellement tardive (contrairement à la tuberculose qui se développe précocement), et est concomitante d'autres infections opportunistes (1).

L'infection disséminée à MAC entraîne de la fièvre, une anémie, une thrombopénie, de la diarrhée et des douleurs abdominales (similaires à celles de la maladie de Whipple).

Le diagnostic d'infection à MAC disséminée peut être confirmé au moyen d'hémocultures, de cultures de moelle osseuse ou par biopsie (p. ex., biopsie percutanée à l'aiguille fine du foie ou de ganglions lymphatiques nécrotiques). Les microrganismes peuvent être identifiés dans les selles et les prélèvements respiratoires, mais les microrganismes provenant de ces prélèvements peuvent représenter une colonisation plutôt qu'une véritable maladie.

L'association thérapeutique pour éliminer la bactériémie et soulager les symptômes nécessite habituellement 2 ou 3 médicaments; l'une des associations est la clarithromycine 500 mg par voie orale 2 fois/jour ou azithromycine 600 mg par voie orale 1 fois/jour, plus ethambutol (EMB) 15 à 25 mg/kg par voie orale 1 fois/jour. Parfois, la rifabutine 300 mg par voie orale 1 fois/jour est également administrée. Après un traitement réussi, un traitement de fond chronique par la clarithromycine ou de l'azithromycine plus de l'éthambutol (EMB) est nécessaire pour éviter les rechutes.

Les patients infectés par le VIH qui n'ont pas été diagnostiqués avant de déclarer une infection MAC disséminée peuvent recevoir jusqu'à 2 semaines de traitement antimycobactérien avant de commencer un traitement antirétroviral pour réduire le risque de développer un syndrome inflammatoire de reconstitution immunitaire (IRIS).

La prophylaxie primaire du MAC n'est pas recommandée chez les patients infectés par le VIH qui débutent immédiatement un traitement antirétroviral (1). La prophylaxie du MAC est indiquée pour les patients ayant un taux de CD4 < 50 cellules/mcL qui ne reçoivent pas de traitement antirétroviral, qui présentent une virémie persistante sous traitement antirétroviral ou dont la virémie ne peut être totalement supprimée en raison d'une résistance. Avant d'instaurer la prophylaxie, une infection disséminée à complexe Mycobacterium avium (MAC) doit être exclue cliniquement ou par une hémoculture à la recherche de bacilles acido-alcoolo-résistants.

Référence pour la maladie disséminée

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