Infections bactériennes des voies urinaires

ParTalha H. Imam, MD, University of Riverside School of Medicine
Reviewed ByChristina A. Muzny, MD, MSPH, Division of Infectious Diseases, University of Alabama at Birmingham
Vérifié/Révisé Modifié mars 2026
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Les infections bactériennes des voies urinaires (IVU) impliquent le plus souvent la vessie (cystite) ou les reins (pyélonéphrite). Les symptômes d'infection urinaire sont tous inconstants et comprennent la pollakiurie, l'urgenturie et la dysurie, une douleur pelvienne et des douleurs lombaires ou de l'hypochondre. Des symptômes systémiques et même un sepsis peuvent survenir en cas d'infection des reins. Le diagnostic repose sur l'examen cytobactériologique des urines et la mise en culture. Le traitement repose sur les antibiotiques et l'ablation de tous les cathéters et la levée des obstructions des voies urinaires.

(Voir aussi Introduction aux infections des voies urinaires, Bacilles Gram négatifs, Prostatite et Infection des voies urinaires chez les enfants.)

Les infections des voies urinaires (IVU) sont plus fréquentes chez les femmes que chez les hommes. Environ 40 à 50% des femmes présentent ≥ 1 infection urinaire au cours de leur vie, contre environ 5 à 12% des hommes (1, 2).

L'incidence de la cystite chez l'homme augmente avec l'âge en raison de changements structurels qui altèrent la miction normale, tels que l'hypertrophie bénigne de la prostate (2).

Références générales

  1. 1. Bavanandan S, Keita N. Urinary Tract Infection Prevention and Treatment. Semin Nephrol. 2023;43(5):151468. doi:10.1016/j.semnephrol.2023.151468

  2. 2. Schaeffer AJ, Nicolle LE. Urinary Tract Infections in Older Men. N Engl J Med. 2016;374(22):2192. doi:10.1056/NEJMc1603508

Physiopathologie des infections urinaires bactériennes

Les voies urinaires qui relient les reins au méat urétral sont normalement stériles et résistantes à la colonisation bactérienne malgré une contamination fréquente de l'extrémité distale de l'urètre par les bactéries intestinales. La défense majeure contre les infections urinaires est une vidange complète de la vessie pendant la miction. Les autres mécanismes qui maintiennent les voies urinaires stériles comprennent l'acidité des urines, la valvule vésico-urétérale et diverses barrières immunologiques et muqueuses.

La majorité des infections urinaires surviennent lorsque des bactéries remontent vers la vessie par l'urètre et, en cas de pyélonéphrite, vont de la vessie au rein par l'uretère (1). Le reste des infections urinaires sont hématogènes. Une infection systémique peut résulter d'une infection urinaire, en particulier chez les personnes âgées. Les infections urinaires sont une cause fréquente d'infections associées aux soins de santé (2).

Facteurs de risque

Comme de nombreux facteurs de risque d'infection urinaire diffèrent de manière significative entre les hommes et les femmes, il est utile de distinguer les facteurs spécifiques au sexe de ceux qui sont communs aux deux. Les facteurs de risque généraux d'infection urinaire incluent les éléments suivants (3):

  • Antécédents d'infections urinaires

  • Manœuvres instrumentales récentes ou cathéters à demeure

  • Anomalies structurelles (p. ex., sténoses urétrales, diverticules de la vessie)

  • Calculs rénaux

  • Troubles neurologiques qui perturbent la miction normale (p. ex., lésion de la moelle épinière)

  • Troubles cognitifs, incontinence fécale ou incontinence urinaire

  • Immunosuppression

Les facteurs de risque d'infection urinaire chez la femme sont les suivants (4):

  • Rapports sexuels

  • Utilisation de diaphragmes et de spermicides

  • Prise d'antibiotiques

  • Nouveau partenaire sexuel au cours de l'année passée

  • Anamnèse d'infections urinaires chez les femmes parentes au 1er degré

  • Première infection urinaire à un âge précoce

  • Fistule vésico-vaginale

Les facteurs de risque d'infection urinaire chez le sujet de sexe masculin sont les suivants (3):

L'augmentation du risque d'infection urinaire chez la femme utilisant des antibiotiques ou des spermicides est probablement due aux modifications du microbiote vaginal qui permettent la prolifération d'Escherichia coli (5). Chez la femme âgée, une incontinence fécale qui contamine le périnée augmente le risque.

Des anomalies anatomiques, structurelles et fonctionnelles sont des facteurs de risque d'infections urinaires. Une conséquence courante d'une anomalie anatomique est le reflux vésico-urétéral, qui est identifié à l'imagerie chez 30 à 40% des enfants après une infection urinaire (6, 7). Le reflux vésico-urétéral est habituellement provoqué par une anomalie congénitale qui entraîne une incompétence de la valvule urétérovésicale. Le reflux vésico-urétéral peut également être acquis chez un patient présentant une vessie flasque ou après une lésion médullaire ou après une chirurgie des voies urinaires. Les autres anomalies anatomiques prédisposant aux infections urinaires comprennent les valvules urétrales (une anomalie congénitale obstructive), une maturation vésicale retardée, un diverticule urinaire et les duplications urétrales (Voir Revue générale des anomalies génito-urinaires congénitales).

Les anomalies structurelles et fonctionnelles des voies urinaires qui prédisposent aux infections urinaires impliquent généralement une obstruction de l'écoulement de l'urine et une mauvaise vidange de la vessie. Des calculs, des tumeurs sont autant d'obstacles possibles à l'écoulement du flux urinaire. La vidange de la vessie peut être altérée par un dysfonctionnement neurogène, la grossesse, un prolapsus utérin, une cystocèle ou un obstacle prostatique. Une infection urinaire causée par des facteurs congénitaux se manifeste le plus souvent dans l'enfance. La plupart des autres facteurs de risque sont plus fréquents chez les personnes âgées.

D'autres facteurs de risque d'infection urinaire comprennent l'instrumentation (p. ex., sondage vésical, pose d'un stent, cystoscopie) et une intervention chirurgicale récente.

Références pour la physiopathologie

  1. 1. Flores-Mireles AL, Walker JN, Caparon M, Hultgren SJ. Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nat Rev Microbiol. 2015;13(5):269-284. doi:10.1038/nrmicro3432

  2. 2. Magill SS, Edwards JR, Bamberg W, et al. Multistate point-prevalence survey of health care-associated infections. N Engl J Med. 2014;370(13):1198-1208. doi:10.1056/NEJMoa1306801

  3. 3. Hooton TM, Stamm WE. Diagnosis and treatment of uncomplicated urinary tract infection. Infect Dis Clin North Am. 1997;11(3):551-581. doi:10.1016/s0891-5520(05)70373-1

  4. 4. Hooton TM. Clinical practice. Uncomplicated urinary tract infection. N Engl J Med. 2012;366(11):1028-1037. doi:10.1056/NEJMcp1104429

  5. 5. Handley MA, Reingold AL, Shiboski S, Padian NS. Incidence of acute urinary tract infection in young women and use of male condoms with and without nonoxynol-9 spermicides. Epidemiology. 2002;13(4):431-436. doi:10.1097/00001648-200207000-00011

  6. 6. Carpenter MA, Hoberman A, Mattoo TK, et al. The RIVUR trial: profile and baseline clinical associations of children with vesicoureteral reflux. Pediatrics. 2013;132(1):e34-e45. doi:10.1542/peds.2012-2301

  7. 7. Tullus K, Shaikh N. Urinary tract infections in children. Lancet. 2020;395(10237):1659-1668. doi:10.1016/S0140-6736(20)30676-0

Étiologie des infections urinaires bactériennes

La cystite et la pyélonéphrite sont causées par des bactéries entériques, généralement aérobies à Gram négatif (le plus souvent) et par des bactéries à Gram positif (moins souvent).

Chez les patients dont l'appareil génito-urinaire est structurellement normal, les souches d'E. coli avec des facteurs d'adhésion spécifiques à l'épithélium transitionnel de la vessie et des uretères représentent 80% des cas (1). Les autres microrganismes pathogènes urinaires gram négatifs sont habituellement d'autres entérobactéries, typiquement Klebsiella ou Proteus mirabilis, et occasionnellement Pseudomonas aeruginosa. Parmi les bactéries à Gram positif, Staphylococcus saprophyticus est isolé dans 10 à 15% des infections urinaires bactériennes. Des isolats bactériens moins courants à gram-positifs sont Enterococcus faecalis (streptocoques du groupe D) et Streptococcus agalactiae (streptocoques du groupe B), qui peuvent être des contaminants, notamment ceux qui ont été isolés chez des patients souffrant de cystite.

Chez le patient hospitalisé, E. coli représente près de 50% des cas (2). Les espèces Gram négatives Klebsiella, Proteus, Enterobacter, Pseudomonas et Serratia représentent environ 40%, le reste étant dû à des cocci Gram positifs, E. faecalis, S. saprophyticus et Staphylococcus aureus.

Références pour l'étiologie

  1. 1. Ronald A. The etiology of urinary tract infection: traditional and emerging pathogens. Dis Mon. 2003;49(2):71-82. doi:10.1067/mda.2003.8

  2. 2. Mathai D, Jones RN, Pfaller MA; SENTRY Participant Group North America. Epidemiology and frequency of resistance among pathogens causing urinary tract infections in 1,510 hospitalized patients: a report from the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program (North America). Diagn Microbiol Infect Dis. 2001;40(3):129-136. doi:10.1016/s0732-8893(01)00254-1

Classification des infections urinaires bactériennes

Les infections urinaires sont le plus souvent classées selon que l'infection est limitée à la vessie ou s'est étendue au-delà de celle-ci (1).

L'infection urinaire non compliquée désigne une infection limitée à la vessie chez des hommes ou des femmes afébriles. Elle se caractérise par des symptômes vésicaux locaux (p. ex., dysurie, impériosité, pollakiurie, douleur sus-pubienne) sans symptômes ni signes systémiques.

Une infection urinaire compliquée désigne une infection s'étendant au-delà de la vessie et comprend:

Cystite aiguë

La cystite est une infection de la vessie.

La cystite est fréquente chez la femme, chez qui les cas de cystite non compliquée sont généralement précédés de rapports sexuels.

Chez l'homme, la cystite bactérienne est généralement due à une infection ascendante depuis l'urètre ou la prostate ou est secondaire à une manœuvre instrumentale sur l'urètre. La cause la plus fréquente de cystite récidivante chez l'homme est la prostatite bactérienne chronique.

Pyélonéphrite aiguë

La pyélonéphrite est l'infection bactérienne du parenchyme rénal. Chez la femme, la pyélonéphrite est une cause fréquente de bactériémie contractée en ville. La pyélonéphrite est rare chez l'homme dont l'appareil urinaire est normal (2).

La pyélonéphrite survient généralement parce que des bactéries remontent par les voies urinaires. Bien que l'obstruction (p. ex., sténose, calculs, cancers, vessie neurologique ou reflux vésico-urétéral) prédispose à la survenue d'une pyélonéphrite, la plupart des femmes qui font une pyélonéphrite n'ont pas d'anomalie décelable, tant fonctionnelle qu'anatomique. Chez les hommes, la pyélonéphrite est toujours due à un trouble fonctionnel ou anatomique. La cystite à elle seule ou des lésions anatomiques peuvent entraîner un reflux. Le risque d'ascension bactérienne est augmenté de façon importante quand le péristaltisme de l'uretère est diminué (p. ex., pendant la grossesse, en raison d'une obstruction, à cause d'endotoxines de bactéries Gram négatives). La pyélonéphrite est fréquente chez les jeunes filles et chez les femmes enceintes après un sondage vésical.

La pyélonéphrite non causée par une ascension bactérienne est causée par une dissémination hématogène, qui est particulièrement caractéristique des microrganismes virulents tels que S. aureus, P. aeruginosa, Salmonella spp et Candida spp.

La taille du rein atteint est généralement augmentée à cause de l'afflux de polynucléaires inflammatoires et de l'œdème. L'infection est constituée de plusieurs petits foyers, elle débute dans les calices et la médullaire puis s'étend de proche en proche à la corticale. Les cellules liées à l'inflammation chronique se manifestent après quelques jours, et des abcès médullaires et sous-corticaux peuvent se développer. Il existe souvent du tissu parenchymateux sain entre les foyers d'infection.

La nécrose papillaire peut se produire dans la pyélonéphrite aiguë au cours d'un diabète sucré, d'une obstruction urinaire, d'une drépanocytose, d'une pyélonéphrite sur greffon, d'une pyélonéphrite candidosique, ou d'une néphropathie aux analgésiques.

Bien que la pyélonéphrite aiguë soit fréquemment associée chez l'enfant à des lésions rénales cicatricielles persistantes, ce n'est pas le cas chez l'adulte en l'absence de reflux ou d'obstruction des voies urinaires.

Bactériurie asymptomatique

La bactériurie asymptomatique est l'absence de symptômes ou signes d'infection urinaire chez un patient dont la culture d'urine satisfait aux critères d'infection urinaire. Une pyurie peut ou non être présente. Étant donné qu'elle est asymptomatique, une telle bactériurie est principalement observée lorsque les patients à haut risque sont dépistés ou lorsque l'urine est mise en culture pour d'autres raisons.

Le dépistage de la bactériurie asymptomatique chez les patients doit généralement être limité aux groupes de patients suivants (3, 4):

  • Les femmes enceintes de 12 à 16 semaines ou lors de la première visite prénatale, si cette date est postérieure (en raison du risque d'infection urinaire symptomatique, y compris de pyélonéphrite pendant la grossesse, et de complications de la grossesse, y compris un nouveau-né de faible poids de naissance et un accouchement prématuré)

  • Parfois, les patients qui ont subi une greffe de rein au cours des 1 à 2 mois précédents

  • Avant certaines procédures invasives génito-urinaires qui peuvent causer des saignements des muqueuses (p. ex., la résection transurétrale de la prostate)

Certains patients (p. ex., les femmes ménopausées; les patients qui ont un diabète contrôlé, les patients qui portent de manière continue des corps étrangers dans leurs voies urinaires tels que des stents, des tubes de néphrostomie et des cathéters) ont souvent une bactériurie et parfois une pyurie asymptomatiques persistantes. S'ils sont asymptomatiques, ces patients ne doivent pas faire l'objet d'un dépistage systématique car ils présentent un risque faible. Chez les patients porteurs de cathéters, le traitement de la bactériurie asymptomatique ne permet souvent pas d'éliminer la bactériurie et ne conduit qu'au développement de micro-organismes résistants aux antibiotiques. Les patients ayant subi une transplantation rénale ne nécessitent pas non plus de dépistage systématique de la bactériurie asymptomatique (5).

Syndrome urétral aigu

Le syndrome urétral aigu de la femme est un syndrome qui comprend une dysurie, une pollakiurie et une pyurie (syndrome dysurie-pyurie) et ressemble à une cystite. Cependant, en cas de syndrome urétral aigu (contrairement à la cystite), l'ECBU est négatif ou montre un nombre d'unités formant colonies inférieur au critère traditionnel de diagnostic de la cystite bactérienne. L'urétrite due à des microrganismes tels que C. trachomatis, M. genitalium et Ureaplasma urealyticum, qui ne sont pas détectés par l'ECBU de routine, est une cause possible de syndrome urétral aigu.

Des causes non infectieuses ont été proposées, mais les pièces justificatives ne sont pas concluantes, et la plupart des causes non infectieuses provoquent habituellement peu ou aucune pyurie. Les causes non infectieuses possibles comprennent des anomalies anatomiques (p. ex., une sténose urétrale), des anomalies physiologiques (p. ex., un dysfonctionnement musculaire du plancher pelvien), des déséquilibres hormonaux (p. ex., une urétrite atrophique), un traumatisme localisé, des symptômes gastro-intestinaux et de l'inflammation.

Références sur la classification

  1. 1. Trautner BW, Cortes-Penfield NW, Gupta K, et al. Complicated Urinary Tract Infections (cUTI): Clinical Guidelines for Treatment and Management. Infectious Diseases Society of America. Published July 17, 2025.

  2. 2. Johnson JR, Russo TA. Acute Pyelonephritis in Adults. N Engl J Med. 2018;378(1):48-59. doi:10.1056/nejmcp1702758

  3. 3. US Preventive Services Task Force, Owens DK, Davidson KW, et al. Screening for Asymptomatic Bacteriuria in Adults: US Preventive Services Task Force Recommendation Statement. JAMA. 2019;322(12):1188-1194. doi:10.1001/jama.2019.13069

  4. 4. Nicolle LE, Gupta K, Bradley SF, et al. Clinical Practice Guideline for the Management of Asymptomatic Bacteriuria: 2019 Update by the Infectious Diseases Society of America. Clin Infect Dis. 2019;68(10):e83-e110. doi:10.1093/cid/ciy1121

  5. 5. Goldman JD, Julian K. Urinary tract infections in solid organ transplant recipients: Guidelines from the American Society of Transplantation Infectious Diseases Community of Practice. Clin Transplant. 2019;33(9):e13507. doi:10.1111/ctr.13507

Symptomatologie des infections urinaires bactériennes

Lorsque des symptômes existent, ils ne correspondent pas toujours à la topographie de l'infection dans les voies urinaires du fait de chevauchements considérables dans leur sémiologie; cependant quelques grands principes sont utiles.

Le début de la cystite est habituellement brutal, avec une pollakiurie, des brûlures mictionnelles, des mictions impérieuses ou l'évacuation douloureuse de petites quantités d'urine. La nycturie est fréquente, accompagnée de douleurs sus-pubiennes et lombaires basses. L'urine est souvent trouble, et une hématurie microscopique (ou rarement macroscopique) peut se produire. Un fébricule peut se développer. Une pneumaturie (émission d'air avec les urines) peut être observée lorsque l'infection des voies urinaires provient d'une fistule entérovésicale ou vésicovaginale ou d'une cystite emphysémateuse. Chez l'homme, une prostatite doit être suspectée comme cause de la cystite si est présente également une douleur ou une pression dans le périnée.

En cas de pyélonéphrite aiguë, les symptômes peuvent être les mêmes que ceux de la cystite. Un tiers des patients ont une pollakiurie et une dysurie. Cependant, en cas de pyélonéphrite, les symptômes sont habituellement des frissons, de la fièvre, une douleur du flanc, une douleur abdominale aiguë, des nausées et des vomissements. Si la contracture abdominale est absente ou minime, un rein sensible et augmenté de volume est parfois palpé. La percussion de la fosse lombaire est généralement douloureuse du côté infecté. Les symptômes d'infection urinaire chez les enfants sont souvent non spécifiques et moins caractéristiques.

Les personnes âgées et les patients ayant une vessie neurologique ou une sonde à demeure peuvent parfois présenter un sepsis et un syndrome confusionnel mais sans symptômes se rapportant aux voies urinaires.

Diagnostic des infections urinaires bactériennes

  • Analyse d'urines

  • Parfois, ECBU

Le diagnostic par la culture n'est pas toujours nécessaire. Si effectué, le diagnostic par ECBU exige une mise en évidence d'une bactériurie significative dans l'urine recueillie dans de bonnes conditions.

Recueil d'urine

Pour un prélèvement d'urine par la méthode du milieu de jet, le méat urétral est lavé au moyen d'un désinfectant doux non moussant puis séché à l'air. Le contact du jet urinaire avec la muqueuse doit être minimisé en écartant les lèvres chez la femme et en décalottant le gland chez l'homme non circoncis. Les 5 premiers mL d'urine ne sont pas recueillis; les 5 à 10 mL suivants sont recueillis dans un container stérile.

Un prélèvement par sondage est préférable chez la femme âgée (qui a généralement des difficultés à effectuer un prélèvement propre) et chez celles qui présentent des hémorragies génitales ou des sécrétions vaginales abondantes. De nombreux cliniciens utilisent également le sondage pour obtenir un prélèvement si l'évaluation inclut un examen pelvien. Le diagnostic chez les patients porteurs de cathéters à demeure est traité ailleurs. (Voir aussi Comment effectuer un cathétérisme urétral chez la femme et Comment effectuer un cathétérisme urétral chez l'homme.)

Le test, en particulier la culture, doit être effectué dans les 2 heures suivant le prélèvement; sinon le prélèvement doit être réfrigéré.

Si une infection sexuellement transmissible est suspectée, un écouvillonnage urétral pour les tests des maladies sexuellement transmissibles est effectué avant la miction. Une culture d'urine est ensuite obtenue par prélèvement du milieu du jet ou par cathétérisme.

Analyses d'urine

L'examen microscopique de l'urine est utile mais ne permet pas un diagnostic de certitude. La pyurie est définie par 8 globules blancs/mcL d'urine non centrifugée, qui correspond à 2 à 5 globules blancs/champ à fort grossissement dans le sédiment centrifugé. La plupart des patients vraiment infectés ont > > 10 leucocytes/mcL, mais le seuil optimal n'est pas clair (1). La présence de bactéries en l'absence de pyurie, en particulier lorsque plusieurs souches sont isolées, est habituellement due à une contamination du prélèvement. Une hématurie microscopique est trouvée chez jusqu'à 50% des patients, mais l'hématurie macroscopique est rare. Les cylindres de leucocytes, qui peuvent nécessiter des colorations spéciales pour être différenciés des cylindres tubulaires rénaux, ne sont le signe que d'une réaction inflammatoire ; ils peuvent être présents chez les patients atteints de pyélonéphrite, de glomérulonéphrite ou de néphrite tubulo-interstitielle non infectieuse.

Une pyurie en l'absence de bactériurie et d'infection urinaire est possible, p. ex., en cas de lithiase rénale, de tumeur uroépithéliale, d'appendicite ou de maladie intestinale inflammatoire ou si le prélèvement est contaminé par des globules blancs vaginaux. Les femmes qui ont une dysurie et une pyurie sans bactériurie significative peuvent avoir une cystite interstitielle.

Les bandelettes urinaires sont également fréquemment utilisées. Un test aux nitrites positif sur un prélèvement d'urines émises (la réplication bactérienne dans le récipient rend les résultats peu fiables lorsque le prélèvement n'est pas testé rapidement) est très spécifique des infections urinaires, mais le test est peu sensible. L'estérase leucocytaire détectée par la bandelette est très spécifique afin de détecter la présence > 10 globules blancs/mcL et est assez sensible. Chez la femme adulte qui présente une infection urinaire non compliquée s'accompagnant de symptômes typiques, la plupart des médecins considèrent les tests microscopiques positifs et les tests de bandelette suffisants pour le diagnostic; étant donné les microrganismes pathogènes probables, les cultures ont peu de chances de modifier le traitement mais provoquent un surcoût important.

Les cultures d'urine sont recommandées chez les patients dont les caractéristiques et les symptômes évoquent une infection urinaire compliquée ou une indication de traitement de la bactériurie. Les exemples fréquents comprennent:

  • Patientes enceintes

  • Femmes ménopausées

  • Hommes

  • Enfants prépubertaires

  • Patients présentant des anomalies ou une récente instrumentation des voies urinaires

  • Patients présentant une immunodépression ou d'importantes comorbidités

  • Patients dont les symptômes suggèrent une pyélonéphrite ou un sepsis

  • Patients souffrant d'infections urinaires récurrentes ( 3/an)

Les prélèvements contenant un grand nombre de cellules épithéliales sont contaminés et ont peu de chances d'être utiles. Il est nécessaire pour la culture d'avoir un prélèvement non contaminé. La culture d'un prélèvement du matin est la plus susceptible de révéler une infection urinaire. Les prélèvements laissés à température ambiante pendant > 2 heures peuvent donner un nombre de colonies faussement élevé en raison de la prolifération bactérienne. Les critères de positivité d'une culture comprennent l'isolement d'une seule espèce bactérienne à partir d'un prélèvement d'urine de milieu de jet, propre ou par cathétérisme.

Chez les patients asymptomatiques, les critères de positivité de la culture sont les suivants (2):

  • Chez la femme, deux prélèvements consécutifs d'urine par la méthode du milieu de jet (chez l'homme, un prélèvement) retrouvant la même souche bactérienne avec un nombre d'unités formant des colonies (UFC) de > 105/mL

  • Chez la femme ou chez l'homme, un prélèvement par cathéter isolant une seule espèce bactérienne avec un nombre d'unités formant des colonies > 102 UFC/mL

Bien que la plupart des seuils de laboratoire considèrent > 105 UFC/mL comme norme pour une infection urinaire, le seuil peut être ajusté en fonction de la méthode de prélèvement et/ou des populations de patients spécifiques (3).

Par exemple chez les patients symptomatiques, les critères de culture sont les suivants (3):

  • En général, > 104 UFC/mL doit être envisagé comme cliniquement significatif chez les patients symptomatiques (103 UFC/mL augmente la sensibilité).

  • Si l'urine est prélevée par cystoscopie ou aspiration sus-pubienne, le seuil est plus bas: > 103 UFC/mL.

Tout résultat de culture positif d'un prélèvement obtenu par ponction sus-pubienne de vessie doit être considéré comme un vrai positif, quel que soit le nombre de colonies.

Dans les urines du milieu du jet, E. coli dans une flore mixte peut être un véritable agent pathogène (4).

Parfois, une infection urinaire est présente malgré un nombre d'unités formant des colonies inférieur à ces seuils, probablement du fait d'un traitement antibiotique préalable, d'une urine très diluée (poids spécifique < 1,003) ou d'un obstacle à l'écoulement d'une urine très infectée. En cas de résultat positif, le repiquage des cultures améliore la précision du diagnostic, c'est-à-dire, permet de distinguer entre une contamination et un résultat positif. Les tests moléculaires d'urine (p. ex., PCR) peuvent parfois révéler des pathogènes inhabituels chez les patients présentant une infection urinaire réfractaire ou récidivante.

Localisation d'une infection

La différenciation entre une infection urinaire supérieure et inférieure repose principalement sur la présence ou non de symptômes systémiques et des voies supérieures; une imagerie avancée est généralement inutile. En cas de fièvre élevée, une sensibilité de la fosse lombaire et une pyurie avec des cylindres, le diagnostic de pyélonéphrite est hautement probable.

Des symptômes analogues à ceux de la cystite et de l'urétrite peuvent se voir au cours d'une vaginite associée à une dysurie lors du passage de l'urine sur les grandes lèvres inflammées. La vaginite peut souvent être mise en évidence par la présence d'un écoulement vaginal nauséabond et d'une dyspareunie.

Les sujets de sexe masculin qui présentent des symptômes de cystite et ne répondent pas au traitement antimicrobien habituel peuvent avoir une prostatite. Un toucher rectal peut provoquer une douleur ou une sensibilité de la prostate.

Autres examens

En présence de signes de gravité, un bilan du sepsis, avec NFS, ionogramme, lactate, urée et créatinine sériques ainsi que des hémocultures est nécessaire. Les patients qui ont des douleurs ou une défense abdominale doivent être examinés à la recherche d'autres causes d'abdomen aigu.

Les patients qui ont une dysurie/pyurie mais pas de bactériurie doivent être testés pour une infection sexuellement transmissible, généralement en utilisant un test basé sur les acides nucléiques sur des écouvillons de l'urètre et du col de l'utérus (voir Diagnostic des infections urogénitales à Chlamydia).

La plupart des adultes ne nécessitent pas d'être évalués à la recherche d'anomalies structurelles, à moins que l'un des éléments suivants ne soit présent (5, 6):

  • Infections urinaires récidivantes

  • Compliquée (p. ex., diabète, immunodépression)

  • Antécédents de calculs rénaux

  • Antécédents de chirurgie rénale

  • Pas de réponse au traitement

Les modalités d'imagerie des voies urinaires comprennent l'échographie, la TDM et l'urographie intraveineuse (UIV). Parfois, une urétrocystographie mictionnelle, une urétrographie rétrograde ou une cystoscopie sont justifiées. Les investigations urologiques ne sont pas systématiquement nécessaires chez la femme présentant des cystites symptomatiques ou asymptomatiques récidivantes, car cela ne modifiera pas leur traitement. Les enfants qui ont une infection urinaire doivent souvent subir une imagerie.

Références pour le diagnostic

  1. 1. Bilsen MP, Conroy SP, Schneeberger C, et al. A reference standard for urinary tract infection research: a multidisciplinary Delphi consensus study. Lancet Infect Dis. 2024;24(8):e513-e521. doi:10.1016/S1473-3099(23)00778-8

  2. 2. Nicolle LE, Gupta K, Bradley SF, et al. Clinical Practice Guideline for the Management of Asymptomatic Bacteriuria: 2019 Update by the Infectious Diseases Society of America. Clin Infect Dis. 2019;68(10):e83-e110. doi:10.1093/cid/ciy1121

  3. 3. Miller JM, Binnicker MJ, Campbell S, et al. Guide to Utilization of the Microbiology Laboratory for Diagnosis of Infectious Diseases: 2024 Update by the Infectious Diseases Society of America (IDSA) and the American Society for Microbiology (ASM). Clin Infect Dis. Published online March 5, 2024. doi:10.1093/cid/ciae104

  4. 4. Hooton TM, Roberts PL, Cox ME, et al. Voided midstream urine culture and acute cystitis in premenopausal women. N Engl J Med. 2013;369(20):1883-1891. doi:10.1056/NEJMoa1302186

  5. 5. Expert Panel on Urological Imaging, Venkatesan AM, Oto A, et al. ACR Appropriateness Criteria® Recurrent Lower Urinary Tract Infections in Females. J Am Coll Radiol. 2020;17(11S):S487-S496. doi:10.1016/j.jacr.2020.09.003

  6. 6. Expert Panel on Urologic Imaging, Nikolaidis P, Dogra VS, et al. ACR Appropriateness Criteria® Acute Pyelonephritis. J Am Coll Radiol. 2018;15(11S):S232-S239. doi:10.1016/j.jacr.2018.09.011

Traitement des infections urinaires bactériennes

  • Antibiotiques

  • Occasionnellement la chirurgie (p. ex., pour drainer un abcès, corriger des anomalies structurelles sous-jacentes ou soulager l'obstruction)

Toutes les formes symptomatiques d'infection urinaire bactérienne nécessitent des antibiotiques. Dans le cas des patients présentant une dysurie sévère, la phénazopyridine peut être utilisée en complément pour réduire les symptômes tandis que les antibiotiques traitent l'infection sous-jacente (1, 2). La phénazopyridine doit être utilisée pendant au maximum 2 jours, car les données manquent quant à savoir si une utilisation plus longue apporte un bénéfice supplémentaire. Elle est contre-indiquée chez les patients souffrant d'insuffisance rénale et provoque une coloration rouge-orangé de l'urine.

Le choix de l'antibiotique doit être fondé sur l'anamnèse allergique du patient, les profils de résistance locaux (si connus), la disponibilité et le coût des antibiotiques, et la tolérance du patient et du prestataire au risque d'échec du traitement. La propension à induire une résistance aux antibiotiques doit également être envisagée. Lorsque la culture d'urine est terminée et que les antibiogrammes sont disponibles, le choix d'antibiotique doit être modifié en faveur de l'antibiotique à spectre le plus étroit efficace contre le pathogène identifié.

La correction chirurgicale est généralement nécessaire en cas d'uropathie obstructive, d'anomalie anatomique et des lésions neuropathiques du tractus génito-urinaire telle qu'une compression de la moelle épinière. Le drainage des urines en cas de pathologie obstructive aide à contrôler rapidement les infections urinaires. Parfois, en cas d'abcès cortical ou périrénal, le drainage chirurgical est nécessaire. En cas d'infection urinaire, il est nécessaire d'éviter, dans la mesure du possible, toute procédure instrumentale sur le bas appareil urinaire. La stérilisation des urines avant un geste instrumental sur les voies urinaires, suivie d'une antibiothérapie pendant 3 à 7 jours, peut prévenir la survenue d'un urosepsis potentiellement létal.

Cystite

Le traitement de première ligne d'une cystite non compliquée chez les femmes qui n'ont pas de facteurs de risque de microrganisme Gram négatif multirésistant est la nitrofurantoïne 100 mg par voie orale 2 fois/jour pendant 5 jours (elle est contre-indiquée si la clairance de la créatinine est < 60 mL/min), le triméthoprime/sulfaméthoxazole (TMP/SMX) 160/800 mg par voie orale 2 fois/jour pendant 3 jours, ou la fosfomycine 3 g par voie orale 1 fois (2). Des choix moins recommandés comprennent un antibiotique fluoroquinolone ou une bêta-lactamine. Si la cystite récidive dans un délai d'une semaine ou deux, un antibiotique à plus large spectre (p. ex., une fluoroquinolone) peut être utilisé et l'urine doit être mise en culture. Dans le cas des patients présentant des allergies ou une résistance aux antibiotiques de première intention, les agents oraux alternatifs comprennent la gépotidacine et le sulopenem etzadroxil/probénécide (3, 4).

Les hommes présentant une cystite non compliquée doivent toujours recevoir des antibiotiques; les résultats de la culture d'urine et de l'antibiogramme guident le choix de l'antibiotique (5–7). Les cliniciens doivent également envisager la possibilité d'une urétrite et d'une prostatite chez les hommes présentant des symptômes d'infection urinaire. Les antibiotiques de première intention pour les hommes présentant une infection urinaire non compliquée comprennent le triméthoprime et le triméthoprime/sulfaméthoxazole pendant 7 jours. Cependant, la nitrofurantoïne n'est pas recommandée chez l'homme en raison d'une mauvaise pénétration tissulaire et d'un manque d'efficacité au cas où il y aurait une atteinte prostatique potentielle.

La cystite compliquée doit être traitée par des antibiotiques à large spectre empiriques choisis en fonction des agents pathogènes locaux et des profils de résistance et ajusté en fonction des résultats de culture. Les anomalies des voies urinaires doivent également être prises en charge.

Pyélonéphrite aiguë

Les antibiotiques sont nécessaires. Le traitement ambulatoire par des antibiotiques oraux est possible si tous les critères suivants sont satisfaits (1):

  • Les patients doivent pouvoir prendre des antibiotiques par voie orale et sont censés être observants.

  • Les patients sont immunocompétents.

  • Les patients n'ont pas de nausées ou de vomissements ou de déplétion volumique ou de sepsis.

  • Les patients ne présentent pas d'obstruction des voies urinaires ou d'anomalies anatomiques et n'ont pas de calculs rénaux.

  • Les patients doivent disposer d'une analgésie adéquate avec des médicaments oraux contre la douleur.

La ciprofloxacine 500 mg par voie orale 2 fois/jour pendant 7 jours ou la lévofloxacine 750 mg par voie orale 1 fois/jour pendant 5-7 jours est un antibiotique de 1re ligne si < 10% des pathogènes urinaires en ville y sont résistants. Une option alternative pour les patients présentant un risque d'effets indésirables liés aux fluoroquinolones (p. ex., tendinite et rupture tendineuse) est généralement le TMP/SMX 160/800 mg par voie orale 2 fois/jour pendant 14 jours (2). Cependant, les profils de sensibilité locaux doivent être pris en compte car, dans certaines parties des États-Unis, > 20% des E. coli sont résistants aux sulfamides.

Les patients non éligibles au traitement ambulatoire doivent être hospitalisés et traités par voie parentérale, en fonction des profils de sensibilité locaux. Les antibiotiques de première intention pour les patients sans facteur de risque d'infection par un microrganisme multirésistant sont généralement des fluoroquinolones excrétées par le rein, telles que la ciprofloxacine et la lévofloxacine. D'autres choix possibles tels que l'ampicilline plus la gentamicine, l'aminoglycoside plazomicine (8), les céphalosporines à large spectre (p. ex., la ceftriaxone, le céfotaxime, le céfépime), l'aztréonam, les associations bêta-lactamine/inhibiteur de bêta-lactamase (ampicilline/sulbactam, ticarcilline/acide clavulanique, pipéracilline/tazobactam) et l'imipénème/cilastatine, sont généralement réservés aux patients présentant une maladie critique et/ou une obstruction des voies urinaires (p. ex., avec calculs, bactéries résistantes ou infection associée aux soins de santé).

La thérapie parentérale est poursuivie jusqu'à la défervescence et l'apparition d'autres signes d'amélioration clinique, ce qui se produit fréquemment dans les 72 h. Le traitement oral peut ensuite être débuté et le patient peut sortir et continuer son traitement pendant 7-14 jours. Des cures plus longues d'antibiotiques intraveineux (p. ex., d'une durée totale de 2 à 3 semaines) peuvent être appropriées pour les patients nécessitant une correction urologique de défauts anatomiques.

Les femmes enceintes atteintes de pyélonéphrite doivent initialement être traitées en tant que patientes hospitalisées (9). Les antibiotiques IV de 1ère ligne comprennent les céphalosporines, l'aztréonam ou l'ampicilline plus la gentamicine. En cas de pyélonéphrite sévère, les possibilités comprennent la pipéracilline/tazobactam ou le méropénème. Les fluoroquinolones et le TMP/SMX doivent être évités en raison des effets indésirables fœtaux potentiels (10). La récidive est fréquente et, bien que les preuves soient limitées, certains cliniciens envisagent de recommander une prophylaxie après la résolution de l'infection aiguë avec nitrofurantoïne 100 mg par voie orale ou céfalexine 250 mg par voie orale chaque soir pendant le reste de la grossesse et pendant 4 à 6 semaines après l'accouchement (9).

Bactériurie asymptomatique

La bactériurie asymptomatique ne doit pas être traitée chez la plupart des patients, y compris ceux souffrant de diabète ou porteurs de sondes vésicales à demeure chroniques, ou chez les personnes âgées (11, 12). Cependant, les femmes enceintes ou les patients subissant certaines procédures génito-urinaires invasives pouvant provoquer un saignement muqueux doivent être traités par antibiotiques comme pour une cystite (voir Infections des voies urinaires (IVU): dépistage).

Chez les femmes enceintes, seuls quelques antibiotiques peuvent être utilisés en toute sécurité. Les bêta-lactamines, sulfamides et nitrofurantoïnes oraux sont considérés comme sûrs au début de la grossesse, mais le triméthoprime doit être évité au cours du 1er trimestre et le sulfaméthoxazole doit être évité au cours du 3e trimestre, en particulier à l'approche du terme.

Les patients qui ont des problèmes obstructifs intraitables (p. ex., des calculs, un reflux) peuvent nécessiter une thérapie de suppression à long terme.

Syndrome urétral aigu

Le diagnostic est clinique et est basé sur les résultats de la culture:

  • Les femmes qui présentent une dysurie, une pyurie, et une croissance de colonies de > 102/mL d'une seule espèce bactérienne à la culture d'urine peuvent être traitées comme pour une cystite non compliquée.

  • Une infection sexuellement transmissible doit être recherchée chez les femmes qui ont une dysurie et une pyurie sans bactériurie (dont la recherche de N. gonorrhoeae et C. trachomatis).

  • Les femmes qui ont une dysurie mais ni pyurie ni bactériurie n'ont pas le véritable syndrome urétral aigu. Des causes non infectieuses de dysurie doivent être recherchées. L'évaluation peut comprendre des essais thérapeutiques, p. ex., de traitements comportementaux (p. ex., le biofeedback et la relaxation de la musculature pelvienne), la chirurgie (pour une sténose urétrale) et les médicaments (p. ex., remplacement d'hormone pour une urétrite atrophique suspectée, les anesthésiques, les antispasmodiques).

Références pour le traitement

  1. 1. Trautner BW, Cortes-Penfield NW, Gupta K, et al. Complicated Urinary Tract Infections (cUTI): Clinical Guidelines for Treatment and Management. Infectious Diseases Society of America. Published July 17, 2025.

  2. 2. Gupta K, Hooton TM, Naber KG, et al. International clinical practice guidelines for the treatment of acute uncomplicated cystitis and pyelonephritis in women: A 2010 update by the Infectious Diseases Society of America and the European Society for Microbiology and Infectious Diseases. Clin Infect Dis. 2011;52(5):e103-e120. doi:10.1093/cid/ciq257

  3. 3. Wagenlehner F, Perry CR, Hooton TM, et al. Oral gepotidacin versus nitrofurantoin in patients with uncomplicated urinary tract infection (EAGLE-2 and EAGLE-3): two randomised, controlled, double-blind, double-dummy, phase 3, non-inferiority trials. Lancet. 2024;403(10428):741-755. doi:10.1016/S0140-6736(23)02196-7

  4. 4. Dunne MW, Aronin SI, Das AF, et al. Sulopenem or Ciprofloxacin for the Treatment of Uncomplicated Urinary Tract Infections in Women: A Phase 3, Randomized Trial [published correction appears in Clin Infect Dis. 2023 Sep 18;77(6):937. doi: 10.1093/cid/ciad216.]. Clin Infect Dis. 2023;76(1):66-77. doi:10.1093/cid/ciac738

  5. 5. Kurotschka PK, Gágyor I, Ebell MH. Acute Uncomplicated UTIs in Adults: Rapid Evidence Review. Am Fam Physician. 2024;109(2):167-174.

  6. 6. Schaeffer AJ, Nicolle LE. Urinary Tract Infections in Older Men. N Engl J Med. 2016;374(22):2192. doi:10.1056/NEJMc1603508

  7. 7. Drekonja DM, Rector TS, Cutting A, Johnson JR. Urinary tract infection in male veterans: treatment patterns and outcomes. JAMA Intern Med. 2013;173(1):62-68. doi:10.1001/2013.jamainternmed.829

  8. 8. Wagenlehner FME, Cloutier DJ, Komirenko AS, et al. Once-daily plazomicin for complicated urinary tract infections. N Engl J Med. 2019;380(8):729-740. doi:10.1056/NEJMoa1801467

  9. 9. Urinary Tract Infections in Pregnant IndividualsObstet Gynecol. 2023;142(2):435-445. doi:10.1097/AOG.0000000000005269

  10. 10. Bookstaver PB, Bland CM, Griffin B, Stover KR, Eiland LS, McLaughlin M. A Review of Antibiotic Use in Pregnancy. Pharmacotherapy. 2015;35(11):1052-1062. doi:10.1002/phar.1649

  11. 11. Nicolle LE, Gupta K, Bradley SF, et al. Clinical Practice Guideline for the Management of Asymptomatic Bacteriuria: 2019 Update by the Infectious Diseases Society of America. Clin Infect Dis. 2019;68(10):e83-e110. doi:10.1093/cid/ciy1121

  12. 12. US Preventive Services Task Force, Owens DK, Davidson KW, et al. Screening for Asymptomatic Bacteriuria in Adults: US Preventive Services Task Force Recommendation Statement. JAMA. 2019;322(12):1188-1194. doi:10.1001/jama.2019.13069

Prévention des infections urinaires bactériennes

Chez la femme présentant une infection urinaire récidivante, l'examen clinique doit comprendre un examen pelvien pour détecter des pathologies curables, telles qu'une atrophie vulvovaginale, un diverticule urétral, une incontinence fécale et un prolapsus vaginal. Les hommes qui ont des infections urinaires récidivantes doivent être évalués à la recherche d'une prostatite, d'une urétrite et d'une vidange incomplète de la vessie.

Chez les femmes qui ont 3 infections urinaires/an, des mesures comportementales sont recommandées, notamment augmenter les apports hydriques, éviter les spermicides et les diaphragmes, ne pas retarder la miction, s'essuyer d'avant vers l'arrière après les selles, éviter les irrigations vaginales, et uriner immédiatement après les rapports sexuels. Si ces techniques sont inefficaces, une prophylaxie antibiotique doit être envisagée. Les options habituelles sont une prophylaxie continue et post-coïtale.

L'utilisation de produits à base de canneberge, en plus d'autres mesures comportementales, peut être considérée comme une autre stratégie pour prévenir la cystite récidivante. Cette approche est basée sur des preuves suggérant que les produits à base de canneberge peuvent diminuer le risque de cystite simple chez les femmes ayant des infections urinaires récurrentes, les enfants et les personnes susceptibles de contracter des infections urinaires après une intervention impliquant la vessie (1). Cependant, les données sont insuffisantes en faveur de son utilisation chez les personnes âgées, les femmes enceintes, les patients souffrant de troubles de la vidange vésicale et les patients présentant une altération de la vidange vésicale (2).

Les schémas de prophylaxie continue s'étendent généralement de 6 mois à 2 ans (3). Le choix de l'antibiotique dépend des profils de sensibilité des infections antérieures. Les options habituelles sont le TMP (triméthoprime)/SMX (sulfaméthoxazole) 40/200 mg par voie orale 1 fois/jour ou 3 fois/semaine, la nitrofurantoïne 50 ou 100 mg par voie orale 1 fois/jour, la céphalexine 125 à 250 mg par voie orale 1 fois/jour, et la fosfomycine 3 g par voie orale toutes les 10 jours. Les fluoroquinolones sont efficaces mais ne sont généralement pas recommandées parce que la résistance est en augmentation. De plus, les fluoroquinolones sont contre-indiquées chez la femme enceinte et l'enfant. La nitrofurantoïne est contre-indiqué en cas de clairance de la créatinine < 60 mL/min. L'utilisation à long terme peut rarement causer des lésions des poumons, du foie et du système nerveux. La méthénamine s'est avérée efficace dans la prévention des infections urinaires chez les personnes âgées qui ont une clairance de la créatinine > 30 mL/min (4).

La prophylaxie post-coïtale chez la femme peut être plus efficace si les infections urinaires sont chronologiquement associées aux rapports sexuels. Habituellement, une dose unique de l'un des antibiotiques utilisés pour la prophylaxie continue (autre que la fosfomycine) est efficace (3).

La contraception est recommandée chez la femme utilisant une fluoroquinolone, car ces médicaments sont potentiellement nocifs pour le fœtus. Bien que les antibiotiques puissent semble-t-il diminuer l'efficacité des contraceptifs oraux, les études pharmacocinétiques n'ont pas montré d'effet significatif ou cohérent. Néanmoins, certains experts continuent de recommander à la femme sous contraception orale d'utiliser des contraceptifs de barrière pendant la prise d'antibiotiques.

Chez la femme enceinte, la prévention efficace des infections urinaires repose sur les mêmes mesures que celles utilisées chez les autres femmes, y compris les mesures de prévention postcoïtales. Les patientes cibles de cette prévention sont celles qui ont présenté une pyélonéphrite aiguë pendant la grossesse, les patientes ayant présenté > 1 épisode (malgré le traitement) d'infection urinaire ou une bactériurie pendant la grossesse et les patientes qui doivent suivre une prophylaxie à cause d'infections urinaires récurrentes avant la grossesse.

L'antibioprophylaxie chez la femme ménopausée est la même que celle décrite précédemment. En outre, les œstrogènes par voie topique réduisent de manière importante l'incidence des infections urinaires récidivantes chez les patientes qui présentent une vaginite atrophique ou urétrite atrophique (3).

Références pour la prévention

  1. 1. Jepson RG, Williams G, Craig JC. Cranberries for preventing urinary tract infections. Cochrane Database Syst Rev. 2012;10(10);CD001321. Published 2012 Oct 17. doi:10.1002/14651858.CD001321.pub5

  2. 2. Williams G, Hahn D, Stephens JH, Craig JC, Hodson EM. Cranberries for preventing urinary tract infections. Cochrane Database Syst Rev. 2023;4(4):CD001321. Published 2023 Apr 17. doi:10.1002/14651858.CD001321.pub6

  3. 3. Anger JT, Bixler BR, Holmes RS, Lee UJ, Santiago-Lastra Y, Selph SS. Updates to Recurrent Uncomplicated Urinary Tract Infections in Women: AUA/CUA/SUFU Guideline. J Urol. 2022;208(3):536-541. doi:10.1097/JU.0000000000002860

  4. 4. Chwa A, Kavanagh K, Linnebur ASA, et al. Evaluation of methenamine for urinary tract infection prevention in older adults: A review of the evidence. Ther Adv Drug Saf. 2019;10:2042098619876749. Published 2019 Sep 23. doi:10.1177/2042098619876749

Points clés

  • Les causes les plus fréquentes d'infections urinaires bactériennes et d'infections urinaires globalement sont E. coli et d'autres entérobactéries Gram négatives.

  • Ne pas tester ou traiter la bactériurie asymptomatique, sauf chez les femmes enceintes ou avant une procédure urologique invasive.

  • En général, pratiquer un ECBU en cas de suspicion d'infection urinaire compliquée, mais pas en cas de cystite non compliquée.

  • Tester les patients à la recherche d'anomalies structurelles en cas d'infections récidivantes ou compliquées, si une lithiase rénale est suspectée, en cas d'hématurie indolore ou d'insuffisance rénale récente, ou en cas de fièvre persistant 72 heures.

  • Le cas échéant, tenir compte des profils de résistance locaux lors du choix d'un traitement antibiotique d'une infection urinaire.

  • Dans le cas des femmes qui font 3 infections urinaires/an en dépit des mesures prophylactiques comportementales, envisager une antibioprophylaxie continue ou post-coïtale.

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