Las infecciones del cerebro están causadas por bacterias, virus, hongos y, a veces, protozoos o parásitos. Otro grupo de trastornos cerebrales, las encefalopatías espongiformes, están causadas por proteínas anómalas llamadas priones Introducción a las enfermedades producidas por priones Las enfermedades producidas por priones son trastornos degenerativos progresivos del encéfalo (y, en muy pocas ocasiones, de otros órganos), poco frecuentes, mortales y no tratables, que aparecen... obtenga más información .
Las infecciones del cerebro suelen afectar otras partes del sistema nervioso central, incluida la médula espinal. El encéfalo y la médula espinal están protegidos contra las infecciones, pero cuando estas se producen, las consecuencias suelen ser muy graves.
Las infecciones pueden causar una inflamación del encéfalo (encefalitis Encefalitis La encefalitis es una inflamación del encéfalo que aparece cuando un virus infecta directamente el encéfalo o cuando un virus, una vacuna o algún otro agente provoca inflamación. A veces también... obtenga más información ). Los virus son la causa más frecuente de las encefalitis. Las infecciones también pueden provocar la inflamación de las capas de tejidos (meninges) que recubren el encéfalo y la médula espinal, la llamada meningitis Introducción a la Meningitis La meningitis es una inflamación de las capas de tejido que cubren el encéfalo y la médula espinal (meninges) y del espacio que contiene el líquido situado entre las meninges (espacio subaracnoideo)... obtenga más información . A menudo la meningitis bacteriana se extiende por todo el encéfalo y provoca la encefalitis. Del mismo modo, las infecciones virales que provocan la encefalitis también provocan la meningitis. Técnicamente, cuando la infección afecta el encéfalo y las meninges, el trastorno se denomina meningoencefalitis. Sin embargo, la infección que afecta principalmente las meninges se denomina meningitis, mientras que la infección que afecta principalmente el encéfalo se suele denominar encefalitis.
Por lo general, en la encefalitis y la meningitis, la infección no queda limitada en una zona. La infección puede afectar a todo el encéfalo o bien afectar a las meninges de la médula espinal y del encéfalo.
Sin embargo, en algunos trastornos la infección queda limitada a una única zona (localizada) en forma de bolsa de pus, denominada empiema o absceso, según la ubicación:
Los empiemas Absceso epidural intracraneal y empiema subdural Un absceso epidural intracraneal es una bolsa de pus que se desarrolla entre el cráneo y la capa superior de los tejidos (duramadre) que recubre el encéfalo. Un empiema subdural es una bolsa... obtenga más información se forman en espacios existentes en el cuerpo, como el espacio entre los tejidos que recubren el encéfalo (meninges) o los pulmones.
Los abscesos Absceso cerebral Un absceso cerebral es una bolsa de pus localizada en el cerebro. Se forma un absceso en el cerebro cuando las bacterias de una infección de otra parte de la cabeza, o del torrente sanguíneo... obtenga más información , que parecen forúnculos, se forman en cualquier parte del organismo, incluso dentro del encéfalo.
Los hongos (como los aspergillos Aspergilosis La aspergilosis es una infección, principalmente de los pulmones, causada por el hongo Aspergillus. En los pulmones o en los senos paranasales puede formarse una bola de micelios (fibras... obtenga más información 
), los protozoos (como Toxoplasma gondii Toxoplasmosis La toxoplasmosis es una infección causada por el parásito protozoico Toxoplasma gondii. La infección se produce cuando las personas ingieren, sin saberlo, quistes de toxoplasma procedentes... obtenga más información ) y los parásitos (como Taenia solium, la tenia del cerdo Infección por tenia La infección del intestino por tenia suele ocurrir cuando las personas comen carne cruda o poco cocida contaminada, sea de cerdo o de vacuno, o bien peces de agua dulce; en caso de la tenia... obtenga más información 
) pueden provocar la formación de quistes en el encéfalo. Estas infecciones cerebrales localizadas consisten en un grupo de organismos envueltos por una pared de protección.
A veces, una infección cerebral, una vacuna, un cáncer u otro trastorno desencadena una reacción inmunitaria equivocada que provoca que el sistema inmunológico ataque a las células normales del cerebro (una reacción autoinmunitaria Trastornos autoinmunitarios Un trastorno autoinmunitario es una disfunción del sistema inmunitario del organismo, que provoca que éste ataque a sus propios tejidos. No se sabe con certeza qué desencadena un trastorno autoinmunitario... obtenga más información ). Como resultado, el encéfalo se inflama. Este trastorno se llama encefalitis postinfecciosa.
Las bacterias y otros microorganismos infecciosos alcanzan el encéfalo y las meninges de varias maneras:
Siendo transportados por la sangre
Penetrando en el encéfalo directamente desde el exterior (por ejemplo, a través de una fractura craneal o durante una cirugía cerebral)
Propagándose a partir de estructuras cercanas infectadas, como los senos paranasales o el oído medio
