El género Salmonella se divide en 2 especies, S. enterica y S. bongori, que incluyen > 2500 serotipos conocidos. Algunos de estos serotipos tienen nombre. En estos casos, es de uso común acortar el nombre científico para incluir sólo el género y el serotipo; por ejemplo, S. enterica, subespecie enterica, serotipo Typhi se acorta como Salmonella Typhi.
El género Salmonella también puede dividirse en 3 grupos en función de la adaptación del microorganismo a los huéspedes humanos:
Los que están extremadamente adaptados a los huéspedes humanos y que tienen huéspedes no humanos: este grupo incluye S. Typhi y S. paratyphi de los tipos A, B (también llamada S. schottmülleri) y C (también llamada S. hirschfeldii), que son patógenos solo para el ser humano y suelen causar fiebre entérica (tifoidea).
Los adaptados a huéspedes no humanos o que causan enfermedades casi exclusivamente en animales. Algunas cepas que pertenecen a este grupo, la S. Dublin (ganado), la S. Arizonae (reptiles) y la S. Choleraesuis (porcinos), también ocasionan enfermedades en el ser humano.
Los que tienen un amplio rango de huéspedes: este grupo incluye > 2.000 serotipos (p. ej., S. enteritidis, S. typhimurium) que causan salmonella gastroenteritis, y son responsables del 85% de todas las infecciones por Salmonella en los Estados Unidos.
