En las diversas formas de hiperplasia suprarrenal congénita, hay alteración de la producción de cortisol (un glucocorticoide), aldosterona (un mineralocorticoide) o ambos debido a un defecto genético autosómico recesivo en una de las enzimas suprarrenales que interviene en la síntesis de hormonas esteroides suprarrenales a partir del colesterol. Puede haber ausencia o deficiencia de la enzima, que altera parcial o completamente la síntesis de cortisol o aldosterona. En las formas en las que hay ausencia o disminución de la síntesis de cortisol, se observa liberación excesiva de ACTH (corticotropina o adrenocorticotropic hormone), normalmente inhibida por el cortisol.
Las formas más frecuentes de la hiperplasia suprarrenal congénita son la deficiencia de 21-hidroxilasa Hiperplasia suprarrenal congénita causada por una deficiencia de la 21-hidroxilasa La deficiencia de 21-hidroxilasa (CYP21A2) causa conversión defectuosa de precursores suprarrenales a cortisol y, en algunos casos, a aldosterona, lo que provoca a veces, hiponatremia e hiperpotasemia... obtenga más información y la deficiencia de 11beta-hidroxilasa Hiperplasia suprarrenal congénita causada por deficiencia de la 11beta-hidroxilasa La deficiencia de 11beta-hidroxilasa (CYP11B1) implica la producción defectuosa de cortisol, con la acumulación de los precursores de mineralocorticoides, lo que da lugar a hipernatremia, hipopotasemia... obtenga más información . En estas formas, se acumulan los precursores proximales al bloqueo enzimático, que son derivados a la síntesis de andrógenos suprarrenales. El consiguiente exceso de secreción de andrógenos causa diversos grados de virilización de los genitales externos femeninos afectados; no hay ningún defecto evidente en los masculinos.
En algunas formas menos frecuentes que afectan a enzimas distintas de 21-hidroxilasa y 11beta-hidroxilasa, el bloqueo enzimático altera la síntesis de andrógenos (dehidroepiandrosterona [DHEA] o androstenodiona). En consecuencia, la virilización masculina es inadecuada, pero no hay un defecto evidente en el género femenino.