Beim Septumdefekt befindet sich in der Wand, die das Herz in eine linke und rechte Hälfte trennt, ein Loch. Vorhofseptumdefekte liegen zwischen den oberen Hohlräumen des Herzens, den Vorhöfen. Ventrikelseptumdefekte befinden sich zwischen den unteren Hohlräumen des Herzens, den Herzkammern. Bei beiden Defekten wird ein Teil des mit Sauerstoff angereicherten Blutes, das für den Körper gedacht ist, nicht richtig durch die Gefäße geleitet. Statt in den Körper gepumpt zu werden, fließt es wieder zurück zur Lunge.