显微镜检查

革兰染色需进行以下操作

可以根据这些特征最终确定抗生素治疗方案。 革兰染色后发现具有多种形态及染色特征的微生物混合物，提示样本受到污染或多种微生物细菌感染。在痰标本中发现许多鳞状细胞，表明标本被唾液污染，因此诊断作用有限。

革兰染色是将标本通过热固定于载玻片上，相继用革兰紫色晶体、碘、脱色剂和复染剂（具有代表性的是番红精）处理。

这些染色方法用于检测以下病原：

分枝杆菌在痰液中的含量达到10,000个/mL就能被检测出，但是因为它常常在标本中以更低的浓度水平存在，检测的灵敏度因此受限。 通常，数mL的痰液用氢氧化钠去污染后经过离心浓缩，才进行抗酸染色。尽管一些中等抗酸的微生物很难从分枝杆菌中区分出来，但是这种方法的特异度仍较可信。

荧光染色可用于检测更低浓度的标本（<1×10⁴细胞数/mL）。例子

病原菌抗体和荧光剂偶联（直接或间接免疫荧光）理论上可以提高检测的灵敏度和特异度。 然而由于这些试验结果的解读和解释有一定的困难，因此商业上仅极少数方法有利用价值而常规使用（如Pneumocystis and Legionella直接荧光抗体试验）。

湿载的未染色样品可用于在暗场显微镜下检测以下物质：

为了提高真菌的可分辨度，可用10%氢氧化钾（KOH）溶解周围的组织和非真菌病原体。

印度墨汁染色主要用于检测 新型隐球菌 隐球菌病 隐球菌病是人体吸入被新生或格特隐球菌污染的尘土所引起的肺部或播散性感染性疾病Cryptococcus neoformans or C. gattii。临床上出现肺炎、脑膜炎的相应症状或由皮肤、骨骼或内脏受累及所出现的相关症状。临床上结合临床表现以及显微镜检查结果进行诊断，再通过真菌培养或组织染色加以确认。如果需要治疗，则使用唑类抗真菌药物或两性霉素B，加或不加用氟胞嘧啶进行治疗。... Common.TooltipReadMore 和其他在细胞悬浮液（如CSF沉淀物）中具有包囊的真菌标本。该方法主要是使背景视野被染色而不是微生物本身被染色，染色后使微生物的荚膜呈晕轮状而易被观察到。在CSF中其灵敏度不如隐球菌抗原检测。特异度也受到限制：白细胞也可能呈现包囊状。

这些银染色是用来使细菌可视如

这些染色方法用于检测以下微生物：

这些染色方法用于检测肠道内的原虫。

果莫里-Wheatley染色用于检测微孢子虫。它可能遗漏蠕虫卵和幼虫，并且用于检测隐孢子虫也不可靠 Cryptosporidium。真菌和人的细胞会被染色。

铁苏木精染色可以鉴别染色的细胞、细胞包含物和细胞核。当用于对蠕虫卵进行染色时，应避免染得太深而难以检测。