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用于评估直肠或肛门的症状（例如，直肠出血，出血，突出，疼痛）时肛门镜检查和乙状结肠镜检查。此外，乙状结肠镜检查可进行结肠活检、进行治疗，如止血或腔内支架置入。除定期内镜检查禁忌外，无绝对禁忌症 。 心律失常或近期心肌缺血的患者应推迟手术直至病情改善；否则，患者需要进行心电监护。 根据美国心脏协会指南的变更，这些手术不再需要预防心内膜炎。
可以用7厘米肛门镜检查肛周区域和远端直肠，并且可以用25厘米硬质或60厘米纤维镜检查直肠和乙状结肠。纤维乙状结肠镜对患者来说更加舒适，并且容易进行内镜摄片及活检。需要相当的技巧才能使乙状结肠硬镜通过直肠乙状结肠交界（15厘米）而不会引起不适。
乙状结肠镜术前需进行灌肠。通常无需静脉注射药物。 病人采取左侧卧位。 肛周检查和直肠指诊后，将润滑的器械轻轻插入肛门括约肌上方3〜4 cm处。此时，取下硬式乙状结肠的闭孔器，直视下继续推进镜身。
肛门镜检查前无需准备。患者左侧卧位，按如上述乙状结肠镜操作方法，将镜身全长插入。恰当操作肛门镜，极少有并发症发生。
