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弹性软镜配有摄像机，可用于观察上消化道——咽部至十二指肠上段，下消化道——肛门至盲肠（有时及末段回肠）。其他诊断及治疗性操作亦可内镜下进行。即便需进行镇静，且费用较为昂贵，进行一次内镜操作可同时完成诊断及治疗，仍使其优于其余影像学检查（如，造影、CT、MRI）。
肠镜检查通常需静脉麻醉，胃镜可予咽部局麻。肛门镜及乙状结肠镜属例外，无需麻醉。内镜检查总体并发症发生率为0.1 % ～ 0.2 %；死亡率为0.03 %。并发症常为麻醉药物相关的（如呼吸抑制）；操作相关并发症（如，误吸、穿孔及严重的出血），后者较为少见。
诊断性胃肠镜
传统内镜检查诊断方法 亦包括：活检刷或活检钳获取细胞及组织学样本。多种不同类型内镜具其他的诊断与治疗功能。超声内镜可评估血流或提供粘膜、粘膜下层，或腔外病变影像。超声内镜可提示病灶的深度和范围，而传统内镜则不能。另外，超声内镜引导下，可进行腔内及腔外病变细针穿刺。传统内镜无法对绝大部分小肠进行检查。推进式小肠镜镜身更长，可进入末端十二指肠或近端空肠。
相比推进式小肠镜，气囊辅助肠镜可对小肠进行进一步检查。内镜外的外套管附有一个或两个可充气气囊。内镜推进至可及最远处时，气囊充气后，其与肠壁相对固定。拉回气囊可借外套管拉直小肠，即可缩短小肠，进一步进镜。可进行顺行（经肛）或逆行（经口）气囊辅助小肠镜，由此进行全小肠检查。
推荐结肠癌高危人群及所有≥50岁者，进行结肠镜筛查。 没有危险因素或无息肉病史的患者，应每10年做一次结肠镜检查。结肠CT检查（{blank} X线及其他消化道造影检查 : 结肠CT）是筛查结肠肿瘤的替代方案。
