住院的患者可能会有罹患院内感染的风险。人们住院期间存在受到感染的风险，这种感染称为院内感染。在美国，有大约 4-5% 的患者在住院期间感染，每年有大约7 75000 人死于院内感染。（也可参见住院引起的问题。）
感染风险在以下人群中较高
院内感染可能由细菌或真菌引起。细菌和真菌感染有可能是危险甚至致命的。
在医院获得的生物体往往能抵抗许多常见抗生素。在医院频繁使用抗生素会促进耐药菌株的产生。
院内获得性感染包括肺炎、泌尿道感染、手术切口感染和血液感染。
肺部感染
躺在病床上的人不像往常使用肺部来呼吸那么多，时间长了以后控制呼吸的肌肉会变弱。因此，深呼吸会变得困难，如果气道中粘液积聚，患者就不能通过用力咳嗽将其从气管里排除。当粘液积聚，细菌不能从气道中良好排除时，可能引发肺炎。
在下列情况下，肺部感染的风险会增大：
练习深呼吸和咳嗽可以帮助预防肺部感染。这些训练能保持肺部正常工作，而且呼吸肌也不会变弱。
泌尿道感染
有时住院患者在其膀胱中置有引流管（导尿管）。当医生需要密切监测患者尿量时—例如在重症患者中，可以插入导尿管。以前，医生会给失禁的患者使用导尿管。然而，导尿管显著增加泌尿道感染风险，因为它们使得细菌更容易进入膀胱。
因此，为了预防泌尿道感染，医生尽可能减少使用导尿管。当必须使用导尿管时，应该经常检查导尿管是否干净。对于失禁患者，按需换尿布是比使用导尿管时更好的选择。
