经粪便排出时，环孢子虫卵囊没有发生孢子化（即感染性）。因此，不会发生直接粪口传播。

1. 未孢子化卵囊从感染宿主的粪便中排泄。

2–3. 1-2 周后，卵囊在 22 至 32°C 的温度下，在环境中形成孢子。

4. 孢子化卵囊污染食物或水。尚未确定污染的机制。

5. 被污染的食物或水中的孢子化卵囊被人摄入。

6. 卵囊在胃肠道中脱囊，释放子孢子，后者侵入小肠上皮细胞。

7. 在细胞内部，它们无性繁殖，性发育成熟为卵囊，并脱落至粪便中。