健康人可以与大多数在身体的非无菌部位（如皮肤、鼻子、口腔、咽喉、大肠和阴道）上或其中定居（大批繁殖）的微生物和谐共处。通常占据身体特定部位的微生物，被称为常驻菌群。常驻菌群的细胞数超过人自己的细胞数，两者比例为10:1。微生物定植在宿主仅数小时到数周而未能建立永久性定植者称为暂住菌群。
每个部位的常驻菌群包括各种形式的微生物。某些部位常有数百种不同类型的微生物定植。饮食习惯、抗生素的使用、卫生条件、空气污染和卫生习惯等环境因素都会影响人体常驻菌群的种属组成。如果暂时受到干扰（例如，通过洗皮肤或使用抗生素），常驻菌群通常会快速自我重建。
除了引起疾病，常驻菌群还能保护机体免受致病微生物的侵犯。然而，在某些情况下，部分人体常驻菌群亦可引起疾病。这些情况包括
抗生素的应用
损伤或手术
免疫系统受损（如艾滋病 [AIDS] 或癌症患者、服用皮质类固醇激素者和接受癌症化疗的患者）。
当使用抗生素治疗感染而杀死了常驻菌群某些种类的大部分细菌，其它常住菌或真菌能在不受限制的条件下生长。例如妇女使用抗生素治疗膀胱感染时，可能发生阴道酵母菌感染。
损伤或有时手术可使常驻菌群进入不应该有细菌的区域并导致感染。例如，皮肤上的切口可以使常驻皮肤菌群引起皮下感染。大肠手术有时使肠道内的常驻菌群涌进到腹部无菌区域，引起非常严重的感染。
（也请参见 感染性疾病概述 感染性疾病概述 微生物是非常微小的有生命物体，如细菌和病毒。它们在环境中无处不在。尽管它们的数量大得惊人，但在成千上万种微生物中，仅相对很少的种类能侵入人体并增殖引起疾病。 许多微生物生活在皮肤上和口腔、上呼吸道、肠道和生殖器（尤其是阴道）中，而不会引起疾病（请参见... 阅读更多 。）
