Một người khỏe mạnh sống hòa bình với hệ vi khuẩn giúp bảo vệ cơ thể khỏi bị xâm nhập bởi các mầm bệnh, thường được định nghĩa là vi sinh vật có khả năng gây bệnh. Các hệ vi sinh vật chủ yếu là vi khuẩn và nấm và bao gồm các hệ sinh vật thường trú, thường xuyên hiện diện và nhanh chóng tự phục hồi nếu rối loạn, và hệ sinh vật thoáng qua, có thể xâm chiếm vật chủ trong nhiều giờ tới hàng tuần nhưng không tự thiết lập vĩnh viễn. Các sinh vật bình thường trong hệ vi sinh có thể gây ra bệnh tật, đặc biệt là khi hệ thống phòng thủ bị tổn thương.
Ái tính (hấp dẫn đến các mô nhất định) xác định các vị trí cơ thể mà các vi sinh vật cư trú. Hệ vi sinh vật thường bị ảnh hưởng bởi ái tính và nhiều yếu tố khác (ví dụ như chế độ ăn, vệ sinh, điều kiện vệ sinh, ô nhiễm không khí). Ví dụ, lactobacilli phổ biến ở ruột của những người dùng lượng lớn các sản phẩm từ sữa; Haemophilus influenzae cư trú trong cây phế quản ở bệnh nhân COPD (bệnh phổi tắc nghẽn mạn tính). Kết quả là, môi trường sống khác nhau của cơ thể chứa các cộng đồng vi sinh vật, tạo thành các hệ vi sinh vật khác nhau theo thành phần và chức năng của vi sinh vật.